TSNAdb:肿瘤新抗原数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

TSNAdb是一个肿瘤特异性新抗原的数据库，从TCGA和TCIA数据库中收集了16种肿瘤共7748个肿瘤样本的体细胞突变和HLA alleles信息，然后分别使用NetMHCpan v2.8和NetMHCpan v4.0两款软件来预测突变的肽段与HLA之间的亲和力，对应的文章链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6203688/

数据库的网址如下

http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb

构建的pipeline 图示如下

在原始分析结果的基础上，提供了浏览，检索，验证和下载的功能。

1. Browser

通过基因名称来查看相关的肿瘤新抗原，可以指定分析的软件和肿瘤类型，检索框示意如下

结果示意如下

2. Search

通过基因名称进行检索，检索框示意如下