SN的博客

原创 DARPA’s 23 mathematical questions

DARPA 正在征集 DARPA 数学挑战领域的创新研究提案，其目标是彻底改变数学，从而加强国防部的科技能力。为此，该机构确定了下面列出的 23 项数学挑战，并在 2007 年 DARPA 技术大会上宣布了这些挑战。DARPA 寻求解决这些数学挑战的创新提案。提案应该为与这些挑战中的一项或多项相关的重大数学突破提供巨大的潜力。对多项挑战的应对措施应在单独的提案中单独解决。仅仅承诺对现有技术进行渐进改进的提交将被视为无反应。

原创 哈密顿函数和正则方程

https://www.bilibili.com/video/BV1rb411A7YU?p=94&spm_id_from=pageDriver&vd_source=f4c7dcac0ad5ae8189bd414a3b23020d

原创 勒让德变换

https://www.bilibili.com/video/BV1rb411A7YU?p=93&vd_source=f4c7dcac0ad5ae8189bd414a3b23020d

原创 生信数据库

生信数据库ID大总结-想踏入生信大门的你值得拥有_entrez检索系统入口-CSDN博客

原创 评估单细胞数据聚类指标 AvgBIO

从scGPT的报告中看到的：从ChatGPT到scGPT 生成式AI助力单细胞生物学_哔哩哔哩_bilibili

原创 大数据和机器学习在气象预报中的应用-张平文院士

报告链接：张平文院士 -- 大数据和机器学习在气象预报中的应用_哔哩哔哩_bilibili

原创 manifold learning--新加坡国立大学姚志刚主讲

总结：manifold fitting ---> 聚类：ARI评估。

原创 博后期间各种计划

（5）香江学者计划、澳门青年学者计划、中德博士后交流项目以及其他各类国家博士后引进、派出项目（博士后。（1）国家自然科学基金（青年项目）、（2）博士后创新人才支持计划（（2’）B（18w*2年）、C档（12w*2年）人员计划。申请人提交申请材料（2月15日至3月15日）；每年资助400多人；（4）中国博士后科学基金（面上项目）设站单位审核（3月16日至3月22日）唯分数、唯升学、唯文凭、唯论文、唯帽子。唯论文、唯职称、唯学历、唯奖项。（3）博后特助(站前、站中)2023年2月6日发布信息；

原创 2024年基金委项目类型

面上项目、重点项目、重点国际（地区）合作研究项目、青年科学基金项目、地区科学基金项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金延续资助项目、创新研究群体项目、基础科学中心项目、外国学者研究基金项目、数学天元基金项目、国家重大科研仪器研制项目（自由申请）和部分联合基金项目。

原创 定量评估batch correction质量的方法：混合分数

43–49 (2019). 被引次数：297。

原创 Phenograph聚类方法

Louvain 算法是一种用于发现网络中社区结构的方法，它可以将图中的节点划分成不同的社区，使得社区内部的连接紧密而社区之间的连接稀疏。Phenograph是一种用于深度分析的算法，主要评估单细胞RNA测序数据的深度。该算法的特点是能够在需要预先设定深度的情况下，自动地识别和分离出潜在的可能的细胞亚群。图中的节点表示细胞，边表示细胞之间的相似性。对于给定的单细胞RNA测序数据，首先计算每一对细胞之间的相似性。最后，根据 Louvain 算法的结果，将细胞划分为不同的聚类，每个聚类代表一个潜在的细胞亚群。

原创 Principal Convex Hull Analysis (PCHA) Method

代码：GitHub - ulfaslak/py_pcha: Python package that implements the PCHA algorithm for Archetypal Analysis by Mørup et. al.论文举例：https://arxiv.org/pdf/1901.09078.pdf(PDF) Take ACTION to characterize the functional identity of single cells

原创 博士后应该怎么度过【博文+关键词摘录】

（1）青基：和老板多次深入讨论，各种熬夜写作，打磨了无数次，整整写了2个月（all in），终于中了；（提早规划和构思青基的内容，多和过来人请教，多和老板和单位的大牛们请教！在设定短期目标时，尝试为自己堆积高质量的发表论文，至少以第一或第二作者的身份发表一到两篇论文到。（3）身份转变：合理安排自己的时间，学会使用零碎时间进行工作，学会和学生打交道以及管理学生。2，多参加学术会议，和领域内的专家形成长久的合作关系或私人关系。写很多很多的本子，市里的省里的国家的。情况1：论文，专利，基金项目；

原创 常见荣誉奖励 英文翻译【转载】

常见荣誉奖励英文翻译简析 - 乔布简历

原创 博士后可以申请的基金、资助有哪些？

博士后可以申请的基金、资助有哪些？-中国矿业大学 党委教师工作部 人力资源部

原创 记录2023年第3次重感冒

又感冒了，支原体肺炎阳性。感觉从10月份开始身体一直不好，免疫力一直很低。每个月来一次重度感冒，烧的我眉眼不睁。11月份的那次肺炎让我一直咳嗽咳痰不断，寻思去一趟北医三院查查肺功能啥的，啥事没有，结果把自己又折腾感冒了。咳嗽咳痰、流涕嗓子疼，晚上睡不着，白天没精神。这次我一定要根治我的感冒！之后坚持去健身房锻炼身体。让自己状态渐渐回来！

原创 常见的基因表达度量单位（ChatGPT）

这些度量单位的选择取决于研究的具体需求和数据的性质。例如，FPKM、TPM、RPKM 等考虑了库大小和基因长度的因素，使得在不同样本之间进行比较更具可行性。在实际分析中，常根据研究的目的和具体的数据集选择合适的度量单位。

原创 RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。请注意，这只是一小部分可用的RNA-seq数据库。领域中仍然存在其他专门化的数据库，以及不断有新的数据库涌现。因此，你可能需要查看最新的文献和资源以获取更新的信息。

原创 研究论文 2022-Oncoimmunology：AI+癌RNA-seq数据 识别细胞景观

被引次数：5。2022年分区：大类医学2区；小类免疫学2区，肿瘤学 3区。

原创 R软件包ConsensusCluster进行共识聚类（Consensus Clustering）

从下面论文看到这个方法：这篇论文基于 AI 方法对 bulk RNA-seq 数据识别肿瘤微环境中的细胞景观。

原创 人类基因组版本：hg19和hg38

是于2013年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh38（Genome Reference Consortium human genome build 38）。是于2009年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh37（Genome Reference Consortium human genome build 37）。（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。有一些改进，包括更好地解决了基因组的一些难以映射的区域、更全面的注释等。（人类基因组版本19）和。

原创 研究论文 20231123-Genome Biology：零样本学习预测细基因表达顺式调控模式

2023年11月23日见刊待解决问题：顺式-调控序列与靶基因连接 Linkingcis。

原创 scanpy常用命令

计算邻域图：scanpy.pp.neighbors。聚类方法：scanpy.tl.leiden。降维：scanpy.tl.pca。流形近似和可视化：umap。

原创 综述 2021-Journal of the American Medical Informatics Association：用EHR衡量医生和护士的临床记录负担

我们确定了 15 个测量特征，包括 7 个工作量结构：EHR 使用和工作量、临床记录/审查、下班后和远程的 EHR 工作、管理任务、认知繁琐的工作、工作流程碎片化和患者互动。根据系统评价和荟萃分析的首选报告项目 (PRISMA) 范围界定审核扩展 (ScR) 指南，我们对 MEDLINE、Embase、Web of Science 和 CINAHL 从开始到 2020 年 4 月期间调查文件负担的研究进行了范围界定审核在门诊或住院环境中的医生和护士中。尽管存在明确的分类和经过验证的倦怠衡量标准，但记录。

原创 综述 2022-Egyptian Informatics Journal：电子健康记录的安全和隐私

22.2 (2021): 177-183. 被引次数：207。

原创 综述 2022-Nature Medicine ：AI+生物医学

被引次数：210。

原创 综述 2022-Briefings in Bioinformatics：多模态AI+生物医学数据（主要集中于多组学数据）

Stahlschmidt, Sören Richard, Benjamin Ulfenborg, and Jane Synnergren. "Multimodal deep learning for biomedical data fusion: a review." Briefings in Bioinformatics 23.2 (2022): bbab569. https://doi.org/10.1093/bib/ bbab569被引次数：124生物医学领域数据类型：bulk RNA-seq、scR

原创 电子病历数据的研究方向

同时，需要重视数据隐私、伦理等问题，确保电子病历数据的合理使用和保护。将电子病历数据与其他健康信息系统（如影像学、实验室数据、基因组学数据等）集成，以全面了解患者的健康状况。利用NLP技术从电子病历文本中提取关键信息，如诊断、症状、治疗方案等，以便进行进一步的分析。利用电子病历数据开发智能系统，为医生提供实时的临床决策支持，以改善患者诊断和治疗的准确性。推动电子病历数据的标准化，以促进不同医疗系统之间的数据互操作性，实现医疗信息的共享与交流。在流行病学领域，利用电子病历数据来研究疾病的传播、流行趋势等。

原创 常见统计量

衡量两个变量之间线性关系的强弱和方向。取值范围为 -1 到 1，0 表示无线性关系，-1 和 1 分别表示完全负相关和完全正相关。这些统计量在数据分析和解释中帮助研究者更好地理解数据的分布、趋势和变异性。数据集中的中间值，将数据从小到大排列后的中间数。在回归分析中，衡量自变量对因变量的影响程度。衡量数据集各数据值与均值的偏离程度。数据集中最大值与最小值的差异。数据集中每个数值出现的次数。数据集中所有数值的平均值。数据集中出现频率最高的值。数据的上25%百分位数。数据的下25%百分位数。表示数据中的中间值。

原创 宏基因组相关

原创 AI+高通量生物数据构造精准靶向肿瘤的人工合成病毒

合成生物AI模型。

原创 综述 2020-Bioinformatics and biology insights：多组学数据整合和研究方法

ICGC数据协调中心（DCC）运营ICGC数据门户，其中包含数据的公开和限制访问部分。http://molonc.bccrc.ca/aparicio-lab/research/metabric/）是一个加拿大-英国的项目，包含从乳腺肿瘤中得到的临床特征、表达、单核苷酸多态性（SNP）和CNV数据。TARGET（https://ocg.cancer.gov/programs/target）类似于TCGA，由国家癌症研究所（https://www.cancer.gov/）推动，旨在确定推动儿童癌症的分子事件。

原创 综述 2022-Genome Biology：“AI+癌症multi-omics”融合方法benchmark

被引次数：34红色高亮表示写论文中可以借鉴的地方。

原创 综述 2017-Genome Biology：疾病的多组学方法

被引次数：1752。

原创 综述 2017-Genome Biology：Alignment-free sequence comparison

被引次数：476。

原创 综述 2019-Genome Biology：非比对方法的benchmark

被引次数：170；分子进化分析、基因功能和调控区预测、序列组装、同源性搜索、分子结构预测、基因发现、蛋白质结构与功能关系分析。

原创 综述 2023-IEEE-TCBB：生物序列聚类方法比较

(2023).

原创 评估聚类效果的指标

要求：需要每个序列的真实标签（分类信息）归一化互信息（NMI）

原创 综述 2022-IEEE-TCBB：alignment free sequence comparison

刊：影响因子 3.702；JCR Q1；中科院大类（工程技术）3区，小类（）3区序列 --> 数值编码、特征生成 --> 问题特异性度量衡量相似性标记蓝色说明是近5年发表在比较好的期刊上的论文。

原创 研究基因共表达 gene co-expression 的意义

这有助于理解基因之间的相互作用，揭示生物学系统中的关键调控因子和信号传导通路。通过观察与已知功能相似的基因共表达的模式，可以推测目标基因的功能。基因共表达分析有助于理解个体之间的基因表达变异，为个性化医学提供信息。它可以帮助鉴别疾病相关的基因集，从而深入了解疾病的发病机制和潜在治疗靶点。通过分析药物处理后的基因共表达，可以识别潜在的药物靶点和了解药物的作用机制。通过研究与特定生理或病理状态相关的基因共表达，可以发现潜在的生物标志物，这对于疾病诊断、治疗和监测非常重要。揭示基因之间的相互关系。