单细胞测序数据分析python工具库Scanpy

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论文

 工作流

Step 1：创建annData对象

​编辑 annData 数据结构

R中的Seurat object

获取数据基本信息

编辑annData对象

质控QC

Step 2：数据标准化

Step 3：特征选择-->寻找高变基因 ​编辑

Step 4：数据归一化 ​编辑

Step 6: 聚类分群 

Step 7：寻找差异基因，并且可视化

举例实战

补充说明：遇到问题怎么办

​总结

参考链接

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论文

Wolf, F. Alexander, Philipp Angerer, and Fabian J. Theis. "SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis." Genome biology 19 (2018): 1-5. 

 工作流

Step 1：创建annData对象

 annData 数据结构

 

 

 

 

 

R中的Seurat object

 

获取数据基本信息

编辑annData对象

 

质控QC

 

Step 2：数据标准化

 

Step 3：特征选择-->寻找高变基因 

Step 4：数据归一化 

 

 Step 5：数据降维

Step 6: 聚类分群 

 Leiden分群方法 

Step 7：寻找差异基因，并且可视化

 

 

 

 

举例实战

 

 

每个细胞类型对应的marker

 

 

 

 

 

 

 

补充说明：遇到问题怎么办

 总结

 参考链接

B站教学视频：Python语言生态下的单细胞数据探索：Scanpy_哔哩哔哩_bilibili