单细胞测序数据分析python工具库Scanpy

最新推荐文章于 2024-09-26 20:04:43 发布
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文章标签： python 笔记 数据分析 scanpy 单细胞转录组测序数据分析
原文链接：https://www.bilibili.com/video/BV1UP4y1R71m/?spm_id_from=333.788.recommend_more_video.8&vd_source=f4c7dcac0ad5ae8189bd414a3b23020d
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本文详细介绍了如何在R中利用Scanpy库进行单细胞RNA-seq数据分析，包括创建annData对象、数据预处理、特征选择、标准化、聚类和差异基因检测。提供了Leiden分群方法示例，并给出了解决常见问题的提示。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目录

论文

 工作流

Step 1：创建annData对象

​编辑 annData 数据结构

R中的Seurat object

获取数据基本信息

编辑annData对象

质控QC

Step 2：数据标准化

Step 3：特征选择-->寻找高变基因 ​编辑

Step 4：数据归一化 ​编辑

Step 6: 聚类分群 

Step 7：寻找差异基因，并且可视化

举例实战

补充说明：遇到问题怎么办

​总结

参考链接

论文

Wolf, F. Alexander, Philipp Angerer, and Fabian J. Theis. "SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis." Genome biology 19 (2018): 1-5. 

 工作流

Step 1：创建annData对象

 annData 数据结构

 

 

 

 

 

R中的Seurat object

 

获取数据基本信息

编辑annData对象

 

质控QC

 

Step 2：数据标准化

 

Step 3：特征选择-->寻找高变基因 

Step 4：数据归一化 

 

 Step 5：数据降维

Step 6: 聚类分群 

 Leiden分群方法 

Step 7：寻找差异基因，并且可视化

 

 

 

 

举例实战

 

 

每个细胞类型对应的marker

 

 

 

 

 

 

 

补充说明：遇到问题怎么办

 总结

 参考链接

B站教学视频：Python语言生态下的单细胞数据探索：Scanpy_哔哩哔哩_bilibili

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

素材积累
关注
Scanpy 单细胞测序基因分析
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使用Scanpy的filter_genes函数过滤掉在少于3个细胞中表达量为0的基因，使用normalize_per_cell函数对每个细胞的基因表达数据进行标准化，使用log1p函数对基因表达数据进行log转换。3、降维: 使用Scanpy的tl.pca函数对数据进行降维，将高维的基因表达数据映射到二维或三维空间中。5、可视化: 使用Scanpy的pl.pca函数对降维后的数据进行可视化。4、聚类: 使用Scanpy的tl.louvain函数对数据进行聚类。
Scanpy（3）单细胞数据分析常规流程
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文章参考至，做了一个更详细的解读。本教程探讨了 scanpy 的可视化可能性，分为三个部分：嵌入的散点图（例如 UMAP、t-SNE）使用已知标记基因鉴定簇差异表达基因的可视化在本教程中，我们将使用来自 10x 的数据集，其中包含来自PBMC的 68k 个细胞。Scanpy 在其分布中包括该数据集的简化样本，该数据集仅包含 700 个细胞和 765 个高度可变的基因。该数据集已经过预处理和 UMAP 计算。在本教程中，我们还将使用以下文献标记：B细胞：CD79A、MS4A1。
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