【小白学生信】cell ranger 初使用

最新推荐文章于 2024-04-20 23:37:27 发布
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分类专栏： 生信小白试错之路 文章标签： 生物信息学
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在学习单细胞转录组的时候，10X是绕不开的技术，在分析数据时cellranger可以为下游的seurat包提供整合数据，还是选择自行分析，它都是一个非常好用的工具

在学习过程中，单细胞天地的文章是非常详细的介绍了cellranger的各项事宜，但是对于新人而言，有许多地方会看不懂或者是跑程序的时候出现错误，我在这里就把我遇到的一些事情分享出来，水平有限，以供大家参考

本文章数据方法参照文章如下

单细胞实战(一)数据下载

单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项

单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探

单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览

本次测试的数据就是单细胞实战（一）的示例数据，下载前的准备可以参考文章。进入

SRA数据选择后可以看到本次需要下载的目的数据为

点击

会得到一个有6个SRR ID号的文本文件

下载代码参考文章，等待下载成功即可

wkd=/home/.../.../...

cd $wkd/raw
# for patient 2586-4
cat >SRR_A
最低0.47元/天 解锁文章
晓楽
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专栏目录
单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记
leo12354的博客
09-11 6770
参考： 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探 把sra文件转化成fastq格式，并对fastq格式的文件进行质控。 find ./10X -name "*R1*.gz">id-1.txt find ./10X -name "*R1*.gz">id-2.txt cat id-1.txt id-2.txt >id-all.txt cat id-all.txt| xargs fastqc -t 20 -o ./ 得到质控结果。 基本上可以用于下游分析。 接下来就是用 cell
cellranger安装以及使用
m0_59974475的博客
04-24 993
接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵，并且进行标准化去掉测序深度的影响。但是由于病毒基因组太小了，且注释结果只有CDS没有exon，所以曲线救国，将CDS整体替换为exon，也不进行过滤了，直接下一步。虽然安装完毕，但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。自动执行这个命令，需要将“
10X单细胞测序分析软件:Cell ranger，从拆库到定量
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撰文：周运来，一个读序列天书的公子哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。大型测序工厂的螺丝钉，统计草原上的游牧者。(https://www.jianshu.com/u/06ae70ef31bc)...
如何使用Cell Ranger处理10x 单细胞转录组测序数据
weixin_47890536的博客
04-20 1739
进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。
SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger
weixin_41368414的博客
08-09 2194
单细胞转录组 之 cellranger
利用cellranger对（人）单细胞数据进行上游分析(实验室日记day1和day2)
Recordarse的博客
11-08 950
如果测到的细胞数多，但是每个细胞里面的平均reads数少，那么饱和度就不高，反之，饱和度高。但也不是越高越好，背后原理是抽样的原理，到达80%左右就可以代表整个样本。下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。Estimated number of cells - 样本测到的细胞数。Mean reads per cell - 每个细胞测到的平均reads。三、对人的参考基因组和注释进行下载和解压（ensembl官网）一、Cellranger以及参考基因组的下载。
cellranger 操作笔记-2：构建绵羊单细胞转录组参考基因组
人间飞羽
05-30 3337
cellranger 操作笔记-2：构建绵羊单细胞转录组参考基因组
利用Cellranger对单细胞数据进行上游分析
weixin_52660253的博客
08-04 1177
当我们从NCBI上下载好相应文章的转录组数据后，便需要对其进行上游分析和下游分析的探究。而由于我们现在测序通常采用10×Genomics单细胞转录组测序技术，其公司开发的Cellranger便成为现在不可或缺的单细胞测序分析软件，在此我们便对其用法进行相应介绍和学习。
Cell Ranger
ZHIDIHUAYUAN的博客
06-29 4634
Cell Ranger可处理Chromium single-cell RNA-seq 的输出： （1）align reads, （2）generate feature-barcode matrices （3）perform clustering and gene expression analysis 其包括四个与单细胞基因表达实验相关的pipelines。 cellranger mkfastq cellranger mkfastq将Illumina sequencer生成的raw base call (B
play-cellranger：使用10x cellranger cmd播放以读取对齐
02-12
下载cellranger 请按照此下载适用于您的环境的工具。 例如，我得到的是cellranger-5.0.1。 要验证您的下载，请运行cellranger testrun ：在一个小的测试数据集上执行“计数”管道。下载实验室数据对于概念验证测试，...
cell_ranger：用于单个单元格数据的cell_ranger
02-11
介绍 mpozuelo / MGI_demux是一种生物信息学分析管道，用于将i5和i7的Illumina数据多路分解。 工作流处理来自FastQ输入（ ， ）的原始数据以进行多路分解，有关结果的更多详细信息，请参见。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 快速开始 一世。 安装 ii。 安装 ， 或 iii。 开始运行您自己的分析！ 您需要按照“ working_directory / data / fastq / run_id / lane / run_id_lane_read {1,2} .fq.gz”的方式组织fastq文件。 然后从工作目录运行以下指令。 nextflow run mpozuelo/MGI_demux -profile < docker/s
cellranger_job_templates:快速为Cellranger功能生成SLURM作业脚本
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cellranger_job_templates 为10x Genomics的Cellranger管道生成SLURM作业脚本 免费软件：BSD许可证 文档： : 。 用法 Usage: cjt [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... Options: --install-completion [bash|zsh|fish|...
3M-february-2018:Cellranger 3.0.2条码白名单
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获得了一批新的scRNA-seq的fastq.gz文件，每个样本的数据形式为： 我打算使用10X cellranger处理fastq.gz文件，下载及安装方式在官网：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/2.0这个网址写了10X cellranger处理fastq.gz文件的命名规则https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expr
cellranger使用
weixin_57830892的博客
12-19 1077
cellranger cellranger -h cellranger cellranger-6.1.2 Process 10x Genomics Gene Expression, Feature Barcode, and Immune Profiling data USAGE: cellranger <SUBCOMMAND> FLAGS: -h, --help Prints help information -V, --version Prin.
如何安装Cellranger
05-11
Cellranger是10x公司开发的一个软件，用于处理单细胞RNA测序数据。您可以按照以下步骤安装Cellranger： 1. 首先，您需要在10x Genomics网站上注册一个账号，并且购买Cellranger的许可证。 2. 下载适合您操作系统的Cellranger安装包。 3. 解压缩下载的安装包，进入解压缩后的目录。 4. 打开终端或命令行窗口，切换到解压缩后的目录。 5. 运行以下命令安装Cellranger： ``` ./cellranger-xxx/cellranger ``` 其中，`xxx`是Cellranger版本号，例如`cellranger-6.0.0`。 6. 安装完成后，您可以通过运行以下命令检查Cellranger是否成功安装： ``` cellranger --version ``` 如果返回了Cellranger的版本号，则说明安装成功。 请注意，安装Cellranger前需要确保您的系统满足其要求，例如操作系统版本、内存和硬盘空间等。您可以在10x Genomics网站上查看Cellranger的详细要求。

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