在学习单细胞转录组的时候,10X是绕不开的技术,在分析数据时cellranger可以为下游的seurat包提供整合数据,还是选择自行分析,它都是一个非常好用的工具
在学习过程中,单细胞天地的文章是非常详细的介绍了cellranger的各项事宜,但是对于新人而言,有许多地方会看不懂或者是跑程序的时候出现错误,我在这里就把我遇到的一些事情分享出来,水平有限,以供大家参考
本文章数据方法参照文章如下
本次测试的数据就是单细胞实战(一)的示例数据,下载前的准备可以参考文章。进入
SRA数据选择后可以看到本次需要下载的目的数据为
点击
会得到一个有6个SRR ID号的文本文件
下载代码参考文章,等待下载成功即可
wkd=/home/.../.../...
cd $wkd/raw
# for patient 2586-4
cat >SRR_A