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RSS订阅原创 【2023-06-07】关于kraken2运行时的内存问题
第2种方法属于无奈之举，使用这种方法就只能一个一个样本跑，无法进行批量分析了。我的能力暂时也想不出可以灵活分配的分析策略来实现小样本运行时保存缓存中的数据库，大样本运行时释放缓存中的数据库。希望有大神有好的思路可以交流一下！kraken2 命令有一个参数是 --memory-mapping，据我观察，该参数会根据参考数据库的大小和系统内存大小来选择是否将数据库读入内存。
2024-03-13 15:36:21
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原创 2020.08.01-08.15学习小结
ggpubr包统计数据导出Rdocumentation：compare_meansusagecompare_means( formula, data, method = "wilcox.test", paired = FALSE, group.by = NULL, ref.group = NULL, symnum.args = list(), p.adjust.method = "holm", ...)formula：公式，x~group，x为数值变量，表
2020-08-26 17:41:24
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原创 2020.07.15-07.31学习小结
TBM学院肿瘤免疫相关的组学数据分析肿瘤组学智能分析与应用主题月第二期华中科技大学 郭安源教授团队（红色字体为该团队研发工具）一、 肿瘤表达生存分析1、GSCALite：Gene Set Cancer Analysis基因集泛癌多组学分析http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/功能肿瘤组织与癌旁组织的差异表达基因表达生存分析基因组变异（单核苷酸位点变异SNV和拷贝数变异CNV）基因表达相关的癌症通路活性miRNA的基因调控网络药物敏
2020-08-11 09:15:19
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原创 2020.07.01-07.15学习小结
ggplotimmunedeconvxcellTCGA数据下载TCGAbiolinks包介绍：可用于检索，下载，并准备TCGA数据用于下游分析的R包优点：具备一体化的下载整合，无需再使用复杂的方法对下载的单个数据重新进行整合。引用：注明在R中使用“TCGAbiolinks”使用：不同的数据来源 Legacy 与 harmonizedGDC Legacy Archive:以前在CGHUB和TCGA数据门户中存储的数据的原始数据，由TCGA数据协调中心（DCC）托管，在该门户中用GRCH
2020-08-03 09:02:11
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原创 wc的R语言笔记
R、R包更新install.packages("installr") library(installr) //更新RupdateR(fast=TRUE,cran_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") //更新R包 update.packages(repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/",ask='graphics',checkBuilt=TRUE)ggplot颜色色板扩充//22色CIBER
2020-06-30 17:01:07
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空空如也
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