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RSS订阅原创 寻找影响免疫浸润细胞的基因（一)
目录前言一、immunedeconv包的安装二、数据的前期处理1.基因ID的转换以及数据格式的处理2.数据的前期处理3.计算免疫浸润程度总结前言目前已经有许多的算法可以根据RNA-seq计算免疫细胞的浸润，其中代表性的R包是immunedeconv。接下来这个系列文章将根据通过这个包计算RNA-seq数据中的免疫浸润程度，并通过这个数据计算影响免疫浸润的相关基因。一、immunedeconv包的安装immunedeconv不太好安装，建议使用从gi..
2021-11-05 14:24:39
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原创 批量富集分析气泡图的画法
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言 一、pandas是什么？ 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、pandas是什么？示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分
2021-09-22 22:47:42
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原创 p-value，p-adjust，q-value三者的定义与使用
p-value是通过T检验产生的一个参数，它代表了两组样本之间的差异性。一般来说，当p-value<0.05时，我们认为这两组样本差异显著。一般情况下，看p-value即可判断样本差异性，但是事实情况并非如此。有时候我们会在样本中发现许多0值，然后少量其它值，这种情况就会对p-value的可靠性造成影响，往往这种情况p-value会很显著，但很明显这样不符合现实。这种时候我们就需要对p-value进行校正，校正的流程这里不细说了，我们可以简单理解为，p-adjust是用来判断p-value
2021-09-15 00:18:33
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原创 metascape与clusterProfiler包的富集通路的结果比较，以及组间差异通路比较
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言 一、pandas是什么？ 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结前言metascape是一个非常方便的在线富集通路的网站，并且能一键生成富集通路的图，同时给出蛋白互作网络。clusterProfiler包是Y叔开发的富集分析R包，同时包含了很强的可视化能力，是一个经典的富集通路的方法。但是这两个方法结果的差异是未知的，所以我们本次将比较下这两种方法在大体相同的参数条件下的结果差异。
2021-09-12 11:05:26
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原创 GO/KEGG/自定义通路的富集方法
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档目录文章目录前言一、clusterProfiler 进行GO、KEGG、Canonical Pathways二、使用步骤1.加载所需的R包2.读入数据与处理表格3.enrichGO函数进行GO富集前言clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、以及GSEA富集分析等，并且对富集分析结果进行可视化。这里将使用clusterProfiler包对
2021-09-09 17:05:41
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空空如也
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