生物信息
zch_Cooper
拖延症患者
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下载国外数据速度太慢,可尝试这样解决
最近发现一个非常棒的RNAseq教程,链接在这里。在Linux用wget下载测试数据,那速度一看吓一跳,动不动1kb/s,甚至几十b/s。后来尝试了换各种网,家里wifi,联通,电信,更换vp(此处省略1个字母)代理都不行,然后尝试阿里云服务器下载怎么样。下载速度有240kb~300kb/s,不错,提高了几百倍,满足了。...原创 2020-02-06 23:55:45 · 13574 阅读 · 3 评论 -
Mac中docker的安装与使用
安装perl写的软件简直是一场灾难!这两天帮组里的人安装一个寻找转座子的软件,由于这个软件是由perl写的,而且这个软件的依赖关系贼多,搞定一个又来一个,一直僵持了5个小时,最后,I quit.主要原因是我不会perl。。去软件主页看,居然有docker版本,哈哈!一直知道docker很有用,正好借此机会学习下。Docker简介由于我只是用docker,所以对docker只有简单的理解。简...原创 2019-12-17 15:58:15 · 307 阅读 · 0 评论 -
转录组测序(RNA-seq)详细建库步骤与原理
1.实验设计考虑生物体中总RNA=(~90%)rRNA+ (1~2%)mRNA+(8~9%)其他RNA对于真核生物,可通过 oligo dT磁珠富集mRNA来进行建库而如果想研究lncRNA、全转录组或原核生物转录组,可以通过去除rRNA的方法进行建库建库另一个要考虑的方面:链特异性与非特异性(stranded or un-stranded)建库过程本文以Illumina的NEBNe...原创 2019-12-08 23:02:20 · 65924 阅读 · 0 评论 -
转录组系列——RNA-seq数据分析软件的安装
如果有人看,请跳过纯吐槽:最近脑子比较乱,忙的还不是自己喜欢做的东西,还发生了一些事,所以比较丧。之前还给老板保证了若这一年做不出成果就不毕业了,现在想想,只想对自己呵呵。数据还没挖出来,坑倒先挖了一个。反思一下,还是自己太急于求成,对数据理解的不够深,只会跑跑流程,嗯,那就重头来过吧。顺便治治拖延症了,先给自己立个flag:周更!环境准备我的是Mac,自带Unix环境。用Mac终端神器hom...原创 2019-12-01 21:46:59 · 3040 阅读 · 2 评论