RNA-seq通用代码-生物信息学pipeline001

让学习成为一种生活方式

于 2024-09-27 21:20:52 发布

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分类专栏：生物信息学转录组 linux 文章标签：服务器 linux 运维

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## alignment
fastp -i sample.R1.fastq.gz -I sample.R2.fastq.gz -o sample.r1.fq.gz -O sample.r2.fq.gz --detect_adapter_for_pe -w 4 --compression 9 -h sample.html -j sample.json 


hisat2 -x genome -p 8 -5 10 --min-intronlen 20 --max-intronlen 4000 -1 sample.r1.fq.gz -2 sample.r2.fq.gz 2> sample.hisat2.log | samtools view -bS -q 20 -@ 8 | samtools sort - -o sample.sorted.bam

## reads count
featureCounts -T 16 -t 'CDS' -p -P -B -C -g 'gene_id' -a genome.gtf -o feacount.txt *.sorted.bam