lammps
lammps命令使用及后处理方法
yl--炼气
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能量单位的换算:kcal/mol 与 eV
【代码】能量单位的换算:kcal/mol 与 eV。原创 2024-08-24 19:46:16 · 372 阅读 · 0 评论 -
lammps中有关能量的默认单位
即所有参数都被无量纲化。为了确保参数的正确性,你需要根据你所使用的单位系统设定ϵ\epsilonϵ的值。命令中的ϵ\epsilonϵ(势能深度)的默认单位取决于你在LAMMPS输入脚本中使用的单位系统。如果你在输入脚本中没有明确设置单位系统,LAMMPS默认使用的是。原创 2024-08-24 19:42:38 · 220 阅读 · 0 评论 -
lammps已经运算结束,有数据忘记算:rerun 命令
2、加上需要补充计算的数据的命令(fix 、compute)1、模拟运算的所有文件(模型 、in文件、力场文件)2、模拟计算所得到的dump文件(原子轨迹文件)1、删除or注释掉 输出dump文件的那一行命令。3、把run命令改成rerun命令。原创 2024-06-27 21:48:20 · 493 阅读 · 0 评论 -
lammps variable命令
在LAMMPS中,variable命令用于定义变量,这些变量可以用于控制模拟过程中的各种参数和设置。variable命令可以定义多种类型的变量,包括常量、公式、循环变量、文件变量等。以下是variable。原创 2024-08-07 16:57:33 · 834 阅读 · 0 评论 -
lammps--将msi2lmp转化后的模型文件只保留原子坐标信息Python实现
【代码】lammps-----reaxff 将模型文件只保留原子坐标信息。原创 2024-06-01 15:28:21 · 118 阅读 · 0 评论 -
fix nvt命令 给系统内原子施加速度的错误使用
错误原因:新添加的单个原子无法影响到整个体系的温度,所以fix nvt也就不会立即对新添加原子的速度产生影响。需要跑一段时间,新添加的原子才会达到体系温度所对应的速度。如果希望立刻添加初始速度,依然需要使用初速度命令。为了给新添加的原子一个初始速度,我使用fix all nvt,希望给新添加的原子一个温度T下的初始速度,但是并没有任何反应。in文件中写了一个label loop循环,每一次循环使用向系统内添加4个碳原子。记录一个今天遇到的错误。原创 2024-08-19 21:48:14 · 369 阅读 · 0 评论 -
lammps区域region运算
分别使用group命令区分原子组,然后对group进行substract运算。region不支持substract运算。原创 2024-08-09 10:08:21 · 144 阅读 · 0 评论 -
lammps 确定碳烟颗粒种碳氢原子比例---Python实现
3、计算所有原子与soot列表内新加入原子的距离。#一直循环,直到soot列表内的元素不再变化。1、确定一个基准原子,计算所有原子与它的距离。#一直循环,直到soot列表内的元素不再变化。#确定一个基准原子,计算所有原子与它的距离。4、把所有距离小于2的原子加入soot列表。#计算所有原子与soot列表内原子的距离。#把所有距离小于2的原子加入soot列表。2、把距离小于2 的原子加入soot列表。#把距离小于2 的原子加入soot列表。原创 2024-05-30 08:22:11 · 308 阅读 · 0 评论 -
lammps统计六元环(非苯环)个数--Python实现
2、六个碳原子的集合中,每个碳原子彼此之间都只成两个C-C键的情况。只有一种可能————碳原子之间首尾相连连成六元环。3、哪一个合集中的六个原子满足彼此之间都恰好成两个键,则这一个合集能够组成一个苯环。2、在列表中随机取六个原子,建立一个小的合集,穷尽这种合集(排列组合C6/n)1、找出距离目标原子距离原创 2024-05-29 20:08:56 · 1448 阅读 · 2 评论