学术速运|利用分子动力学来模拟洗脱溶液中的环肽构象

​题目：Elucidating Solution Structures of Cyclic Peptides Using Molecular Dynamics Simulations

文献来源：Chem. Rev. 2021, 121, 2292−2324

代码：无（综述）

简介：蛋白质-蛋白质相互作用对生物过程至关重要，但它们界面的形状和大小使它们难以使用小分子靶向。环状肽已显示出作为蛋白质-蛋白质相互作用调节剂的前景，因为它们可以以高亲和力和特异性结合蛋白质表面。数十种环肽已经获得FDA批准，更多的环肽处于免疫抑制剂，抗生素，抗病毒药物或抗癌药物的各个发育阶段。然而，到目前为止，大多数环肽药物都是天然产物或其衍生物，从头设计已被证明具有挑战性。一个关键障碍是结构表征：环状肽在溶液中常常具有多种构象，这些构象难以使用NMR光谱等技术解析。缺乏解决方案结构信息阻碍了对环肽序列-结构-功能关系的全面理解。在这里，作者回顾了分子动力学模拟的最新发展和应用-增强采样以研究环状肽的溶液结构。作者描述了能够对环肽的构象空间进行采样的新计算方法，并提供了将肽的序列和结构与生物活性相关联的计算研究实例。本文证明分子动力学模拟已经从一种解释性技术发展成为一种全面的工具，可以用于环肽治疗设计前沿的系统研究。

主要内容(英文图片)：

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