分子动力学软件安装[AMBER，GROMACS，PLUMD，biosimspace]

最新推荐文章于 2024-04-28 00:12:30 发布

VIP文章平湖片帆

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文章标签：分子动力学模拟 amber gromacs

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amber安装

安装openmpi
./configure --prefix=/path/
make
make install
解压
tar xvfj AmberTools18.tar.bz2
tar xvfj Amber18.tar.bz2
声明路径
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export AMBERHOME=/home/myname/amber18
export MPI_HOME=/soft/openmpi/3.1.5
export PATH=/soft/openmpi/3.1.5/bin: $KaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: \dotsib64/openmpi/:{$ LD_LIBRARY_PATH}
安装：
./configure gnu (单线程版本)
./configure -mpi gnu（多线程版本）
./configure -cuda gnu （GPU版本）
三个版本需要单独安装，才可以拥有全部功能
test
make
make install

Gromacs安装

openmpi安装

同amber中的openmpi安装
cuda安装，cuda安装需要比较纯净的环境，最好使用root登录安装，或者清空一下~/.bashrc下面的内容。
指定MPI_HOME
export MPI_HOME=/soft/openmpi/3.1.5
export PATH=/soft/openmpi/3.1.5/bin: $KaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: \dotsib64/openmpi/:{$ LD_LIBRARY_PATH}

安装gromacs

解压：
tar -zxvf gromacs-2018.4.tar.gz
cd gromacs-2018.4
mkdir build
cd build
mkdir /home/shiyu/software/gromacs_test/gromacs (建立目标安装目录)
cmake … -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_D