PLIP，openbabel安装避坑 PLIP以及openbabel的安装：`安装PLIP踩过的坑有一台ubuntu服务器，安装PLIP直接使用pip install plip就成功了，另外台服务器使用opensuse 15.4系统，结果各种bug，最终花了一下午时间，在两台服务器上面分别正确安装了PLIP，特此纪念一下。
深度学习框架pytorch RNN,LSTM,GRU Recurrent layersclass torch.nn.RNN( args, * kwargs)(source)将一个多层的 Elman RNN，激活函数为tanh或者ReLU，用于输入序列。对输入序列中每个元素，RNN每层的计算公式为 ht=tanh(wihxt+bih+whhht−1+bhh) h_t=tanh(w_{ih} x_t+b_{ih}+w_{hh} h_{t-1}+b_...
DGL官方教程--异构图 Note:Click here to download the full example codeWorking with Heterogeneous GraphsAuthor: Quan Gan, Minjie Wang, Mufei Li, George Karypis, Zheng Zhang在此教程中，我们将要学到以下内容：异构图形数据的示例和典型应用。在DGL中创建和处...
DGL官方教程--图分类 Note:Click here to download the full example codeGraph Classification TutorialAuthor: Mufei Li, Minjie Wang, Zheng Zhang.在本教程中，您将学习如何使用DGL批处理多个大小和形状可变的图形。 本教程还演示了为简单的图分类任务训练图神经网络。图分类是生物信息学，化学信息...
DGL官方教程--信息传递 Note:Click here to download the full example codeMessage Passing TutorialAuthor: Minjie Wang, Quan Gan, Yu Gai, Zheng Zhang在本教程中，您将学习如何在小图上将不同级别的PageRank消息传递API。 在DGL中，消息传递和特征转换是用户定义的函数（UDFs）。T...
DGL官方教程--DGL图和节点/边的特征 Note:Click here to download the full example codeDGLGraph and Node/edge FeaturesAuthor: Minjie Wang, Quan Gan, Yu Gai, Zheng Zhang在本教程中，您将学习如何创建图形以及如何读写节点和边以及他们的表示。Creating a graphDGLGraph的设计受...
DGL教程--DGL概览 Note:Click here to download the full example codeDGL at a GlanceAuthor: Minjie Wang, Quan Gan, Jake Zhao, Zheng ZhangDGL是一个Python软件包，致力于在图上进行深度学习，并在现有的张量DL框架（例如Pytorch，MXNet）之上构建，并简化了基于图的神经网络的实现...
DGL官方教程--Transformer tutorial Note:Click here to download the full example codeTransformer tutorialAuthor: Zihao Ye, Jinjing Zhou, Qipeng Guo, Quan Gan, Zheng Zhang在本教程中，您将学习Transformer模型的简化实现。您可以看到最重要的设计要点的亮点。例如，只有单头注意力。完整的...
DGL官方教程--Capsule network tutorial Capsule network tutorial[paper] [tutorial] [PyTorch code]: This new computer vision model has two key ideas. First, enhancing the feature representation in a vector form (instead of a scalar) called ...
DGL官方教程--Tree-LSTM in DGL Note：Click here to download the full example codeTutorial: Tree-LSTM in DGLAuthor: Zihao Ye, Qipeng Guo, Minjie Wang, Jake Zhao, Zheng Zhang在本教程中，您将学习使用Tree-LSTM网络进行情感分析。Tree-LSTM是长短期内存（LSTM）网络到...
DGL官方教程--图注意力网络（GAT） Note:Click here to download the full example codeGraph attention networkAuthors: Hao Zhang, Mufei Li, Minjie Wang Zheng Zhang在本教程中，您将学习图注意力网络（GAT）以及如何在PyTorch中实现它。您还可以学习可视化并了解注意力机制所学到的知识。图卷积网络...
DGL官方教程--随机稳态嵌入 (SSE) Note:Click here to download the full example codeStochastic steady-state embedding (SSE)Author: Gai Yu, Da Zheng, Quan Gan, Jinjing Zhou, Zheng Zhang在本教程中，您将学习如何通过MXNet使用深度图库（DGL）来实现以下功能：具有随机稳...
DGL官方教程--线性图神经网络（Line graph neural network） Note:Click here to download the full example codeLine graph neural networkAuthor: Qi Huang, Yu Gai, Minjie Wang, Zheng Zhang在本教程中，您将学习如何通过实现折线图神经网络（LGNN）解决社区检测任务。社区检测或图聚类包括将图中的顶点划分为群集，在群集中节点之间更加...
DGL官方教程--Relational graph convolutional network Relational graph convolutional networkAuthor: Lingfan Yu, Mufei Li, Zheng Zhang在本教程中，您将学习如何实现关系图卷积网络（R-GCN）。这种类型的网络是一种通用化GCN的工作，旨在处理知识库中实体之间的不同关系。要了解有关R-GCN背后的研究的更多信息，请参阅使用图卷积网络对关系数据建模。简单的图卷积网络（GCN...
DGL官方教程--图卷积神经网络（GCN） Graph Convolutional NetworkAuthor: , Minjie Wang, Yu Gai, Quan Gan, Zheng Zhang这是使用DGL实施图卷积网络的简要介绍(Kipf & Welling et al., Semi-Supervised Classification with Graph Convolutional Networks)。我们以DG...
DGL官方教程——图生成模型 DGL官方教程——图生成模型官方教程链接：https://docs.dgl.ai/tutorials/models/3_generative_model/5_dgmg.htmlIntroductionDGMG：The main flowDGMG: Optimization objectiveDGMG:The implementationThe DGMG classEncoding a dynami...
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