派大欣的实验笔记

乌龟与兔子进行赛跑，跑场是一个矩型跑道，跑道边可以随地进行休息。乌龟每分钟可以前进3米，兔子每分钟前进9米；兔子嫌乌龟跑得慢，觉得肯定能跑赢乌龟，于是，每跑10分钟回头看一下乌龟，若发现自己超过乌龟，就在路边休息，每次休息30分钟，否则继续跑10分钟；而乌龟非常努力，一直跑，不休息。假定乌龟与兔子在同一起点同一时刻开始起跑，请问T分钟后乌龟和兔子谁跑得快？

拿到一张全切片病理图像时，我们可以用QuPath查看，如下图：随着鼠标滚轮的滑动，我们可以看到更加具体的细胞状态，如下图：当然，我们也可以在看到当前全切片图像的一些信息，如下图：如果是10张以内的图像还好，我们可以一张一张打开查看，但是我们在实验中通常都是几百几千例的数据，因此，我们需要一种可以批量化的获取全切片病理图像信息的方法。我自己在实验中是用python进行处理，下文也仅展示python的代码。

python里的flatten(dim)表示，从第dim个维度开始展开，将后面的维度转化为一维.也就是说，只保留dim之前的维度，其他维度的数据全都挤在dim这一维。

【代码】torch.cat()

将张量广播到新的形状。

创建可训练的参数（权重和偏置），这些参数会在模型训练过程中自动更新。

【代码】torch.zeros()

从dim维度开始以后的维度都变成一维的。

【代码】nn.Conv2d()

参考https://blog.csdn.net/qq_34616741/article/details/134733568感谢大佬们的分享，本博客只用作学习笔记，侵删！

将当前工作目录更换到指定目录下。

Vial，把样原始本分成了若干份，每份也都有编号。Tissue Source Site，样本机构来源。Portion，用于具体的测序。Participant，项目参与者。Sample，样本组织来源类型。Project，项目名称。就是这张WSI的病人编号。，对照组为20-29。

检查文件是否存在，返回值是True或者False。

【代码】【Python-OS】os.remove()

原因：PIL版本过高，降低版本即可。

【代码】【Pytorch】模型权重保存与上传。

下载过TCGA数据库中数据的都知道，下载后数据都是在多个文件夹下的，但是这样会使得后续的数据处理和分析工作非常繁琐。因此，本人用Python写了一个程序，可以将原数据移动到一个文件夹下。本程序以WSI为例，其他形式的数据同理，改个后缀即可。

【代码】【解决error】KeyError: “＜COMPRESSION.JPEG: 7＞ requires the ‘imagecodecs‘ package“

作用：新建多层文件夹。

对输入数据排序，返回两个值，即排序后的数据values和其在原矩阵中的坐标indices。