R语言与临床模型预测——LASSO回归,单因素多因素cox,差异表达分析,Venn图,森林图,列线图,矫正曲线,ROC全套代码及解析——第十部分 验证集验证 本专栏可免费答疑

本博客介绍了使用R语言进行临床模型预测,包括LASSO回归、Cox比例风险模型、差异表达基因分析、验证集验证、列线图、矫正曲线和ROC曲线。通过LASSO回归筛选预后相关基因,验证集结果显示模型具有较好的预测性能。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.下载数据

2. 匹配基因

3. 基因去重复

4.匹配临床数据

5.批量cox回归分析

6.差异表达基因筛选

7.取交集,选出预后相关的差异表达基因

8.森林图绘制

9.lasso回归进一步排除具有共线性的基因

10.验证集验证,数据合并验证

11.多因素cox回归建模

12.列线图

13.矫正曲线

14.ROC曲线分析

上次我们在训练集中训练了风险评分,公式为:0.38353284*data$LAMP1-0.09076670*data$BNIP3+0.17786484*data$EIF4EBP1-
  0.03640619*data$FOXO1-0.36590890*data$PINK1-0.05398547*data$ITPR1-0.13377712*data$CHMP2B-
  0.25142852*data$ZFYVE1-0.12728886*data$PARK2-0.30799367*data$CX3CL1

下面我们在测试集中进行测试:

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