生物蛋白质数据库类型【总结】

蛋白质数据库

蛋白质数据库的类型有：UniProtKB、PDB、Pfam、CATH、SCOP2、KEGG、OMIM。

UniProtKB

属于一级蛋白质数据库。网址为：

http://www.uniprot.org/

其三个层次数据库：

1. UniPrac：收录所有UniProt数据库子库的蛋白质序列，数量大。
2. UniRef：归纳UniProt几个主要数据库并重复系列去除后的数据库。
3. UniProtKB: 详细注释并与其他数据库有链接的数据库，又分为UniProtKB、Swiss-Prot和UniProtKB、TrEMBL。其中Swiss-Prot中的数据是实验所得，经过人工检查后的完成的注释，而TrEMBL是自动完成的注释。

使用方法：

搜寻所要查找的蛋白质，会出现如下图所示：

在注释标签当中有很多列，包括功能、名称、蛋白质亚细胞定位信息、翻译后修饰/加工信息、基因在mRNA水平上的表达信息、蛋白质互作的信息、蛋白质二级/三级结构信息（只有经过实验测验后）、蛋白质家族和结构域信息、蛋白质序列、相关文献等。

PDB

属于一级蛋白质结构数据库。网址为：

http://www.rcsb.org/

搜索部分显示有关蛋白质的基本信息，如果要看其他信息则下载PDB format的一个.pdb文件，文件可用记事本打开，文件当中包括：分子类别、关键词、测定结构采用的方法、一级结构信息、氨基酸序列、对标准残基的修饰、二级结构、残基间的化学键、3D坐标（原子坐标）、原子键信息等。

Pfam

属于二级蛋白质数据库，蛋白质结构家族的集合。网址为：

http://pfam.xfam.org/

CATH

属于二级蛋白质结构库。网址为：

http://cathdb.info/

CATH名字分别是数据库中四种结构的分类层次的首字母，即蛋白质种类（class,C），蛋白质二级结构的构架（architecture，A），蛋白质的拓扑结构（topology[fold]，T），蛋白质同源超家族（homologous superfamily，H）。

SCOP2

属于二级蛋白质结构数据库。
SCOP2分类基于四个层次：类（二级结构成分）、家族（空间几何关系）、超家族（远源的蛋白质进化关系）和折叠（相近的蛋白质进化关系）。

KEGG

属于一个专用数据库，关于基因、蛋白质、生化反应以及通路的综合生物信息数据库，可提供方方面面的信息。

生物总代谢的信息图KO：蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，打上KO的标签。

OMIM

专用数据库，提供遗传疾病及相关基因位点的信息。网址为：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim