Amber分子动力学模拟学习日志（一）

        在使用cpptraj进行rmsd分析的时候，初始构象和稳定后的构象相差较大的时候，可以看到rmsd虽然很大，但基本上趋于平缓，就比如我这次分析的胶原和对应的受体蛋白。

初始构象

稳定构象

        因此我思考有没有办法可以让rmsd显示得比较小。期间我试错很多次，包括尝试以第400ns轨迹的最后一帧作为参考，来计算rmsd：

reference ../prod4.nc 10000

# 读取拓扑文件
parm cpx_solvated.prmtop

# 读取轨迹文件
trajin ../prod1.nc 1 last 100
trajin ../prod2.nc 1 last 100
trajin ../prod3.nc 1 last 100
trajin ../prod4.nc 1 last 100

# 对轨迹进行处理
autoimage
strip :WAT
strip :Na+
strip :Cl-

# 提供参考结构，假设你想使用第 10000 帧作为参考
reference ../prod4.nc 10000

# 计算 RMSD
rms reference out 100-400ns_cpx_rmsd.txt :1-1007@CA,C,N
rms reference out 100-400ns_protein_rmsd.txt :1-944@CA,C,N
rms reference out 100-400ns_COLLEGAN_rmsd.txt :945-1007 nofit

# 计算 RMSF
atomicfluct reference out 100-400_collegan_rmsf.dat :945-1007 byres

# 输出处理后的轨迹
trajout prod_100_400ns_noWAT.pdb

但出现了跳跃的情况，不管加不加autoimage都没有用

但是一开始我以tleap溶剂化的pdb文件作为参考的时候没有出现跳跃的情况

所以我开始尝试将稳定后的pdb文件导出

parm ../cpx_solvated.prmtop
trajin ../prod1.nc 1 last 500
trajin ../prod2.nc 1 last 500
trajin ../prod3.nc 1 last 500
trajin ../prod4.nc 500 500 1
autoimage
reference ../cpx_solvated.pdb
#rms reference out 100-400ns_cpx_rmsd.txt :1-1007@CA,C,N
#rms reference out 100-400ns_protein_rmsd.txt :1-944@CA,C,N
#rms reference out 100-400ns_COLLEGAN_rmsd.txt :945-1007 nofit
#atomicfluct reference out 100-400_collegan_rmsf.dat :945-1007 byres
trajout prod_0_400ns_noWAT.pdb

然后通过VMD将prod_0_400ns_noWAT.pdb的最后一帧导出为stable.pdb

同时，通过rmsf发现稳定结合的残基是960-987号，将胶原的rmsd选择范围设置为960-987

trajin prod1.nc 1 last 100
trajin prod2.nc 1 last 100
trajin prod3.nc 1 last 100
trajin prod4.nc 1 last 100

autoimage
strip :WAT
strip :Na+
strip :Cl-
reference stable.pdb

rms reference out 400ns_cpx_rmsd_3.txt :1-1007@CA,C,N
rms reference out 400ns_protein_rmsd_3.txt :1-944@CA,C,N
rms reference out 400ns_COLLEGAN_rmsd_3.txt :960-987 nofit
atomicfluct reference out 400_all_rmsf_3_stable.dat :960-987 byres
trajout prod_0_400ns_noWAT_3.pdb

最后得到的rmsd如下

可以看到在250ns后变得很低了