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原创 如何使用Cell Ranger处理10x 单细胞转录组测序数据

进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。

原创 10x单细胞转录组数据bam格式转为fastq格式

在下载NCBI等公共数据库中的单细胞测序数据，发现仅提供了处理后的bam文件时，可以用来将bam转为fastq文件进行重新分析，实现不同数据集上游分析的统一，比如参考基因组的一致等。

原创 如何下载NCBI上的10X单细胞测序原始数据并用于Cell Ranger分析

根据参考文献提供的GEO数据链接，直接在浏览器打开，或者NCBI官网检索GSE号，在数据网址的最下方点击SRA Run Selector链接跳转至新的页面，该页面包含原始fastq文件的SRR编号，和样本的一些基本信息。

原创 conda HTTPError踩坑经历