使用R包ggbio画单个基因的 autoplot转录本信息图

佛系盼毕业

已于 2022-09-29 11:02:06 修改

阅读量1.1k

点赞数

文章标签： r语言前端服务器

于 2022-09-29 10:57:51 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_51192038/article/details/127102719

版权

autoplot转录本信息for循环画图并保存

话不多说，直接上代码

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggbio",force = TRUE)
rm(list=ls())
library(ggbio)   #安装ggbio这个包

#BiocManager::install("EnsDb.Mmusculus.v79")
BiocManager::install("EnsDb.Mmusculus.v75") #下载小鼠的注释ensDB包并加载

#library(EnsDb.Mmusculus.v79)
library(EnsDb.Mmusculus.v75)

注释包的下载地址：
https://bioconductor.org/packages/3.15/data/annotation/
在这里插入图片描述

# hg38
#BiocManager::install("EnsDb.Hsapiens.v86")
#library(EnsDb.Hsapiens.v86)
#ensdb <- EnsDb.Hsapiens.v86
#ensdb <- EnsDb.Mmusculus.v79
ensdb <- EnsDb.Mmusculus.v75

#基因名字的大小写，一定要和ensembl上的对应物种的对应起来，不然会报错
#如果用的是人的ensdb数据库，则基因名全部都是大写，如CDC45，在小鼠里面是Cdc45（小鼠里面，首字母大写）
#基因名一定不能错，不然会报错，和ensdb数据库里面的信息匹配不上

#panel.border() = element_blank() 去掉图片的黑色边框
#panel.background = element_blank() 去掉背景颜色
#axis.line.x = element_line(colour = "black", size = 1, lineend = "square") 给横轴添加颜色和横线

setwd("C:\\Users\\gaoshuang\\Desktop\\结果文件\\基因的转录本图\\results") #设置工作保存图的路径

开始画图

#画染色体的图，染色体X,Y，这个字母是需要大写的
#IRanges 里面放的是染色体位点信息
library(GenomicRanges)
p.ideo <- Ideogram(genome = "mm10")
p.ideo + xlim(GRanges("chrX", IRanges(161202097, 161209198)))  #X Y染色体都要大写

在这里插入图片描述


#画单个基因的转录本剪切信息
autoplot(ensdb,GeneNameFilter('Scml2'),gap.geom = "chevron",label.color = "black", color = "brown",fill = "brown") + 
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(colour = "black", size = 1, lineend = "square"))

在这里插入图片描述

#把各个转录本的id换为基因名
autoplot(ensdb, ~ symbol == "Scml2", names.expr="gene_name") + 
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(colour = "black", size = 1, lineend = "square"))

在这里插入图片描述

#画单个基因的转录本信息
autoplot(ensdb,GeneNameFilter("Scml2")) + 
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(colour = "black", size = 1, lineend = "square")) 

#画单个基因的转录本剪切信息(限制染色体位点信息的)
autoplot(ensdb,GeneNameFilter('Scml2'),label.color = "black",fill = "#1b9e77") + 
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(colour = "black", size = 1, lineend = "square"))+
  scale_x_continuous(limits = c(161234696,161237492),
                     breaks = c(seq(161234696,161237492,by=1000)),
                     position = "top")