最近做单细胞数据分析时,发现了一个R包scCancer,发表在Briefings in Bioinformatic
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简单尝试了一下,还是比较好用的,参数很简单,可以很方便的对数据进行分析,但是由于该工具只支持cellranger count输出的文件,个人觉得有点遗憾。
因此,对该包一部分参数进行了简单的修改,让该工具可以支持其他类型数据的输入。
所有代码已经放在这里了,有兴趣的可以看一下。最重要的,如果该工具对你的论文有帮助,请引用原文
代码地址:基于R包scCancer修改的单细胞分析基础代码-数据集文档类资源-CSDN下载
需要注意:如果使用修改后的工具,请不要加载scCancer包,个人偷懒,没有完全修改函数名,会冲突,后续有改进会继续分享出来。
工作流程: