不打开markdown文件运行其中的代码

Rmarkdown 

Rmd to R scripts

Rmd 文件转化为 R 脚本，不运行 R 代码。

knitr::purl("test.Rmd","test.R", documentation = 2)

# doucumenation：0、不输出注释

#                             1、输出函数外注释

#                             2、输出所有注释

运行 R 代码并输出 html 等等

rmarkdown::render(input="path_to_your_file.rmd",

                                quiet = TRUE,    # 不输出编译的过程

                                output_format =  “html_document”  #“pdf_document”  “word_document”

                                 output_file='output.html'    # 默认输出 html

                                output_dir = './path/to/')

通过 bash 运行 Rmd

Rscript -e "rmarkdown::render('report.Rmd', output_dir='path/to/output_directory')"

# 会生成 report.html 文件

Jupyter Notebook

ipynb to scripts

提取 ipynb 中的代码为脚本

jupyter nbconvert --to script your_notebook.ipynb

运行脚本并输出 html

jupyter nbconvert --execute --to html your_notebook.ipynb

jupyter nbconvert --to notebook --execute your_notebook.ipynb --output executed_notebook.ipynb