C语言经典算法之BWT（Burrows-Wheeler Transform）变换

JJJ69

于 2024-03-06 09:54:18 发布

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分类专栏： C语言经典算法文章标签：算法 c语言开发语言

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前言

A.建议:

1.学习算法最重要的是理解算法的每一步，而不是记住算法。

2.建议读者学习算法的时候，自己手动一步一步地运行算法。

B.简介:

Burrows-Wheeler 变换（BWT，Burrows-Wheeler Transform）是一种用于数据压缩的预处理步骤，它通过重新排列输入文本来构建新的序列，以便于后续进行高效的压缩。

一代码实现

以下是一个简化的C语言实现BWT变换算法的概述：

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

// 假设我们有一个字符数组表示文本
#define CHAR_SET_SIZE 256 // ASCII字符集大小，如果是DNA序列，则可能为4（A,C,G,T）
typedef char TChar;

// 定义一个结构体用于存储轮转后的字符串及其索引
struct StringIndexPair {
    TChar *rotatedString;
    int index;
};

// 函数：对输入文本执行BWT变换
void burrowsWheelerTransform(TChar* input, int length, TChar* output) {
    // 初始化工作区，保存所有轮转后字符串和它们对应的原始索引
    struct StringIndexPair* stringPairs = malloc(length * sizeof(struct StringIndexPair));
    
    // 创建一个新的数组保存每个轮转后的字符串
    for (int i = 0; i < length; ++i) {
        // 轮转字符串
        TChar* rotated = malloc((length + 1) * sizeof(TChar)); // 额外空间存放结束符'\0'
        strncpy(rotated, input + i, length - i);
        strncat(rotated, input, i + 1); // 字符串拼接
        
        // 存储轮转字符串及对应原始位置
        stringPairs[i].rotatedString = rotated;
        stringPairs[i].index = i;
    }

    // 对轮转后字符串按照字典序排序
    qsort(stringPairs, length, sizeof(struct StringIndexPair), compareRotatedStrings);

    // 输出最后一列作为BWT结果
    for (int i = 0; i < length; ++i) {
        output[i] = stringPairs[i].rotatedString[length - 1];
    }
    output[length] = '\0'; // 添加结束符

    // 清理工作区
    for (int i = 0; i < length; ++i) {
        free(stringPairs[i].rotatedString);
    }
    free(stringPairs);
}

// 比较函数，用于qsort排序
int compareRotatedStrings(const void* a, const void* b) {
    const struct StringIndexPair* sa = (const struct StringIndexPair*)a;
    const struct StringIndexPair* sb = (const struct StringIndexPair*)b;
    return strcmp(sa->rotatedString, sb->rotatedString);
}

// 示例使用
int main() {
    TChar input[] = "AGCCAT";
    int length = strlen(input);
    TChar output[length];

    burrowsWheelerTransform(input, length, output);
    printf("Original: %s\n", input);
    printf("BWT:      %s\n", output);

    return 0;
}

这个示例中，首先创建了一个StringIndexPair结构体数组来存储每次字符串右移一位后得到的新字符串以及该字符串在原输入中的起始索引。接着对这些新字符串按字典序排序，最后输出排序后数组中每个字符串的最后一个字符，这就是BWT变换的结果。

请注意，在实际应用中，为了节省内存，通常不会直接创建全部轮转字符串，而是采用更高效的数据结构或算法（如Fenwick树、Rank-Select数据结构等）来间接实现字符串轮转和排序的操作。此外，上述代码未包含解码部分，BWT是可逆的，但解码过程涉及LF表或第一列的恢复。

二时空复杂度

A.时间复杂度：

在最朴素的实现中，BWT变换的主要瓶颈在于对所有可能的字符串轮转进行排序。对于长度为n的输入字符串，需要生成n个不同的轮转版本并对其进行排序。由于经典的排序算法如快速排序、归并排序等具有平均时间复杂度为 $O(n log_2n)$ 的特性，因此对这n个元素进行排序的总时间复杂度通常为 $O(n log_2n)$ 。

然而，在实际应用中，如bzip2这样的压缩工具并不直接创建和存储所有的轮转字符串，而是使用更高效的方法来计算排序顺序，从而避免了额外的空间开销。即便如此，核心的排序操作仍然决定了主要的时间复杂度。