38篇单细胞组学大模型相关文献汇总！有需自取！

于 2024-09-07 17:41:07 发布
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分类专栏： 单细胞转录组大模型 文章标签： 单细胞大模型 单细胞
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简单整理了一下单细胞大模型相关的文章，也方便自己刷手机的时候浏览下。

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1.iSEEEK

[Briefings in Bioinformatics]

https://doi.org/10.1093/bib/bbab573

代码：https://github.com/lixiangchun/iSEEEK

数据：scRNA-seq，11.9 million

下游任务：基因调控网络、扩散拟时序、细胞聚类、细胞亚型biomarker鉴定

2.scBERT

[nature machine intelligence]

https://doi.org/10.1038/s42256-022-00534-z

代码：https://github.com/TencentAILabHealthcare/scBERT

数据：scRNA-seq，1 million

下游任务：细胞类型注释、发现新细胞亚型

3.BIOFORMERS

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.11.29.569320

代码：https://github.com/BiostateAI/Bioformers-BERT

数据：scRNA-seq

下游任务：基因调控网络、细胞聚类、分子表达建模

4.TOSICA

[Nature Communications]

https://doi.org/10.1038/s41467-023-35923-4

代码：https://github.com/JackieHanLab/TOSICA

数据：scRNA-seq

下游任务：细胞类型注释、发现新细胞类型、基于模型的数据挖掘

5.scPoli

[nature methods]

https://doi.org/10.1038/s41592-023-02035-2

代码：http://github.com/theislab/scPoli_reproduce

数据：scRNA-seq，7.8 million

下游任务：数据整合、细胞类型注释

6.CellPolaris

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.09.25.559244

代码：https://github.com/xCompass-AI/CellPolaris

数据：scRNA-seq，RNA-seq，ATAC-seq

下游任务：基因调控网络

7.scInterpreter

[BMC Bioinformatics]

https://doi.org/10.1186/s12859-023-05579-4

代码：无

数据：scRNA-seq

下游任务：细胞类型注释

8.scHyena

[arXiv]

https://doi.org/10.1186/s12859-023-05579-4

代码：https://github.com/scHyena2023/scHyena

数据：scRNA-seq

下游任务：细胞类型分类，scRNA-seq插值

9.SCimilarity

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.07.18.549537

代码：https://github.com/Genentech/scimilarity

数据：scRNA-seq，22.7 million

下游任务：结合了细胞语料库数据，能够查询细胞类型及状态信息

10.scTransSort

[biomolecules]

https://www.mdpi.com/2218-273X/13/4/611

代码：https://github.com/jiaojiao-123/scTransSort

数据：scRNA-seq

下游任务：细胞类型注

11.scCLIP

[OpenReview.net]

https://openreview.net/forum?id=KMtM5ZHxct&referrer=%5Bthe%20profile%20of%20Tianlong%20Chen%5D(%2Fprofile%3Fid%3D~Tianlong_Chen1)

代码：https://github.com/jsxlei/scCLIP

数据：scRNA-seq，scATAC-seq，377k

下游任务：多模态嵌入

12.Cell2Sentence

[OpenReview.net]

https://openreview.net/forum?id=EWt5wsEdvc&referrer=%5Bthe%20profile%20of%20Josue%20Ortega%20Caro%5D(%2Fprofile%3Fid%3D~Josue_Ortega_Caro1)

代码：https://github.com/vandijklab/cell2sentence-ft

数据：scRNA-seq，40k

下游任务：细胞类型注释

13.scTranslator

[bioRxiv]

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.04.547619v2.full

代码：https://github.com/TencentAILabHealthcare/sctranslator

数据：scRNA-seq，CITE-seq，bulk RNA-seq

下游任务：跨模态预测、基因调控网络、细胞聚类

14.scELMo

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.12.07.569910

代码：https://github.com/HelloWorldLTY/scELMo

数据：scRNA-seq，CITE-seq

下游任务：细胞类型注释、遗传扰动效应预测、其他扰动模型中的细胞和基因嵌入

在这里插入图片描述

15.UCE

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.11.28.568918

代码：https://github.com/snap-stanford/uce

数据：scRNA-seq，36 million

下游任务：细胞类型注释、发现新细胞类型

16.seq2cells

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.07.26.550634

代码：https://github.com/lucidrains/enformer-pytorch for seq2emb module

数据：scRNA-seq

下游任务：DNA 序列预测基因表达、细胞变异效应预测

17.tGPT

[iScience]

https://www.cell.com/iscience/pdf/S2589-0042(23)00613-2.pdf

代码：https://github.com/deeplearningplus/tGPT

数据：scRNA-seq，22 million

下游任务：细胞聚类、轨迹推断

18.CellLM

[arXiv]

https://arxiv.org/abs/2306.04371

代码：https://github.com/PharMolix/OpenBioMed

数据：scRNA-seq，1.8 million

下游任务：非疾病与癌症预测、细胞类型注释、药物反应预测

19.scMoFormer

[ACM]

https://dl.acm.org/doi/10.1145/3583780.3615061

代码：https://github.com/OmicsML/scMoFormer

数据：scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq

下游任务：跨模态预测

20.GeneformerNature

[Nature]

https://www.nature.com/articles/s41586-023-06139-9

代码：https://huggingface.co/ctheodoris/Geneformer

数据：scRNA-seq, 36 million

下游任务：基因功能预测，细胞注释，细胞聚类，基因调控网络推断

21.MuSe-GNN

[arXiv]

https://arxiv.org/abs/2310.02275

代码：https://github.com/HelloWorldLTY/MuSe-GNN

数据：scRNA-seq, scATAC-seq，spatial data

下游任务：跨模态功能相似性的基因表示，基因功能预测

22.CellPLM

[ICLR]

https://openreview.net/forum?id=BKXvPDekud

代码：https://github.com/OmicsML/CellPLM

数据：scRNA-seq, Spatial transcriptomics，11 million

下游任务：基因表达估算、细胞类型注释、遗传扰动效应预测细胞聚类、scRNA-seq 去噪

23.GeneCompass

[bioRxiv]

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.26.559542v1

代码：https://github.com/xCompass-AI/GeneCompass

数据： scRNA-seq，126 million

下游任务：细胞类型注释、药物反应预测、基因功能预测跨物种整合、遗传扰动效应预测、基因调控网络推断

24.scMulan

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2024.01.25.577152

代码：https://github.com/SuperBianC/scMulan/tree/main

数据： scRNA-seq，10 million

下游任务：细胞类型注释，细胞meta数据注释（训练中也用到），数据整合

25.GENEPT

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.10.16.562533

代码：https://github.com/yiqunchen/GenePT

数据： scRNA-seq

下游任务：基因功能预测细胞聚类、基因调控网络推断

26.GENEPT

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2024.01.30.578115

代码：无

数据： scRNA-seq

下游任务：命名实体识别 (NER)、细胞-生物标志物句子分类

27.CELLama

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2024.05.08.593094

代码：https://github.com/portrai-io/CELLama

数据： scRNA-seq， spatial transcriptomics，

下游任务：细胞类型注释

28.scGPT

[nature methods]

https://www.nature.com/articles/s41592-024-02201-0

代码：https://github.com/bowang-lab/scGPT

数据： scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq, Spatial transcriptomics，33 million

下游任务：细胞类型注释、基因扰动效应预测、逆扰动预测、细胞聚类、多模态嵌入、基因功能预测细胞聚类、基因调控网络推断、模拟、基因表达归纳

29.GET

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2023.09.24.559168

代码：https://huggingface.co/get-foundation

数据： scRNA-seq, scATAC-seq

下游任务：零样本预测lentiMPRA，鉴定细胞类型特异性调节元件和上游转录因子（转录因子），转录因子-转录因子相互作用及因果推断。

30.scFoundation

[nature methods]

https://www.nature.com/articles/s41592-024-02305-7

代码：https://github.com/biomap-research/scFoundation

数据： scRNA-seq，50 million

下游任务：药物反应预测，基因扰动效应预测，读取深度增强，细胞聚类

31.scPRINT

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2024.07.29.605556

代码：https://github.com/cantinilab/scPRINT

数据： scRNA-seq，50 million

下游任务：细胞标签预测（这些监督任务是预训练的一部分），读取深度增强，基因表达插补，批次整合，细胞聚类，细胞标签预测，基因调控网络推理

32.scMAE

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2024.02.13.580114

代码：无

数据： single-cell flow cytometry，6.5 million

下游任务：细胞类型注释、蛋白质表达估算

33.SATURN

[nature methods]

https://doi.org/10.1038/s41592-024-02191-z

代码：https://github.com/snap-stanford/saturn

数据： scRNA-seq，蛋白质序列

下游任务：跨物种细胞类型注释，差异表达宏基因鉴定，确认跨物种之间的细胞类型标签，鉴定差异蛋白

34.Nicheformer

[bioRxiv]

https://doi.org/10.1101/2024.04.15.589472

代码：https://github.com/theislab/nicheformer

数据： spatial transcriptomics ，110 million

下游任务：空间标签预测、空间细胞类型组成

34.LangCell

[arXiv]

https://arxiv.org/abs/2405.06708

代码：https://github.com/PharMolix/LangCell

数据：scRNA-seq，27.5 million

下游任务：细胞鉴定

35.SpaFormer

[advance science]

https://doi.org/10.48550/arXiv.2302.03038

代码：https://github.com/wehos/CellT

数据：Spatial transcriptomics

下游任务：基因表达插值，细胞聚类

36.scFormer

[OpenReview.net]

https://openreview.net/forum?id=7hdmA0qtr5

代码：https://github.com/bowang-lab/scFormer

数据：scRNA-seq

下游任务：细胞类型注释，遗传扰动效应预测，细胞聚类

37.GPT-4

[nature methods]

https://doi.org/10.1038/s41592-024-02235-4

代码：https://github.com/Winnie09/GPTCelltype

数据：scRNA-seq

下游任务：非（条件序列生成、提示）、细胞类型注释

38.CellWhisperer

[nature methods]

https://openreview.net/forum?id=yWiZaE4k3K

代码：无

数据：Bulk/scRNA-seq

下游任务：转录组感知问答，无参考细胞特性预测（细胞类型和状态、疾病状态、细胞来源器官……）

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