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原创 【GEOquery包学习】

上面两种的区别在于,第一种是一个GSE文件,包含list(包含一些附注)、另一个list(包含所有GSM文件)也就是说、一堆GPL。第二种是一个只有一个元素的list,元素是expressionSet(内含MIAME文件、AnnotatedDataFrame、Version),这些文件格式均来自biobase包。要注意,上面的2553恰好所有对象都是一个GPL,如果一个GSE有多个GPL要先过滤然后取出里面的表达矩阵、分组信息,自己创建一个ExpressionSets。1、GDS是GDS文件,

2024-04-11 14:40:34 349

转载 【生信技能树】生信服务器配置全攻略笔记1

购买硬盘——分区——格式化——挂载到某个目录下面——修改/etc/fstab让开机自动挂载。服务器(先买8核16G、睿频3.7GHz、带宽2mb、有公网IP)上述的两个东西下载慢,也可以从一台服务器拷贝到另一台服务器,apt安装net-tools来查看你的服务器IP地址。拷贝完需要先安装一些R包,才能安装Rstudio,第一列是硬盘名称,最后一列是挂载在什么目录下面。apt安装openssh-server。最关键参数是线程(核)、内存、硬盘。安装R包之前需要安装一些库,然后安装Rstudio,

2024-04-11 10:35:08 254

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