GEO、TCGA数据下载慢 下载中断解决办法

已于 2022-04-28 11:02:18 修改
阅读量1.2w 收藏 37
点赞数 9
文章标签： r语言
于 2022-04-03 09:53:29 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_64316191/article/details/123932910
版权

很多同学下载GEO数据库的数据和TCGA的数据网速特别的慢，或者总是中断，生信之路的第一个跟头就摔在了数据下载

下面给大家分享一个下载神器——西柚云代理下载！

https://fileproxy.xiyoucloud.net/#/

首先在GEO数据库上面找到您所需要的数据，然后页面往下拉

找到Series Matrix File(s)，点进去

 找到您要下载的文件，右键-复制链接地址

打开我们的代理下载网站

https://fileproxy.xiyoucloud.net/#/

输入您用于接收下载链接的邮箱

把上一步复制的链接粘贴到下载地址

点提交信息

下载完成后会自动发送到预留邮箱里面

tar数据直接复制粘贴进去会提示url非法，这个是因为还需要进一步提取下载链接才能下载，具体方法可以参考网站里面的教程

 TCGA的使用教程可以看网站里面的教程，篇幅有限就不一一列举了。

最重要的是！！！这个代理下载服务是完全免费的！！！

西柚云
关注
  • 9
    点赞
  • 踩
  • 37
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 6
    评论
R 下载GEO数据总是超时
MrCharles在CSDN
08-27 3665
没办法，试了很多，只能自己手动下载。
TCGA数据分析.mp4
06-18
TCGA数据分析
快速下载GEO补充数据的方法
m0_58549466的博客
02-19 413
西柚云快速下载GEO数据
GEO数据下载方法
weixin_56845253的博客
02-19 8398
GEO数据下载方法
傻瓜式快速下载TCGA数据（win x86版本）
heart_6662的博客
08-16 841
1）Exploration：在页面右边勾选自己想要的数据，然后点击 view Files in Repository，跳转到Repository页面进一步筛选.建议大家先从Exploration页面筛选数据再到Repository页面筛选，最后下载Manifest文件。2、下载好的Manifest 打开软件傻瓜操作快速下载数据。1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件。速度比官网下载快了不知道几倍（之前下了2个小时）3）体验速度（一分钟下载完100m文件）............
OSGeo4W百度网盘下载地址.txt
07-15
国内二次开发编译qgis,需要使用osgeo4w下载器下载依赖库，但是速度很慢很慢，我这里分享一个OSGeo4W64下载好的库，基于qgis3.10的二次编译，其他的依赖环境自己网上下载吧。 提前声明：如果侵权，请联系我删除。 下载链接为百度网盘。
geochina下载中出现的问题
weixin_44822107的博客
02-03 1463
【代码】geochina下载中出现的问题。
TCGA的gdc-client的下载优化
XIAOFEI@IDO
02-11 1920
1、背景 最近，在使用TCGA数据，需要从TCGA下载数据。当数据文件数量较少的时候，为了偷懒（其实也麻烦），可以一个一个的下载。但又有时候为了获取更多的数据，我们可以通过 gdc-client 程序，基于manifest进行批量下载。 问题来了：采用gdc-client（linus）/ gdc-client.ext（Windows）download -m gdc-manifest.txt下载的时候，时常中断？？？ 2、解决办法 修改 gdc-client download 的配置文件。 2.1 查看默认配
GEO2R数据下载速度慢、基因注释、差异分析、火山图、热图及后续处理
weixin_46587777的博客
05-11 3273
GEO2R数据分析 首先感谢生信技能树大神jmzeng1314提供的github包，由于我这边访问github比较困难，因此我已经导入到我的 gitee 托管平台 https://gitee.com/swcyo， 特别声明：正版托管地址是https://github.com/jmzeng1314 由于GEO官网下载网址的服务器均位于美国，在国内访问下载麻烦，因此，国内大神jmzeng1314开发了“GEOmirror和AnnoProbe两个神包，二者结合起来可迅速下载GEO数据，并且可以直接注释基因。极力推
下载TCGA工具
03-26
下载TCGA数据用，这个优点我觉得在于下载数据的实时性有保证，并且它也是从官网下载的，最主要它支持断点下载。。。就算你网再不稳定。。睡一觉总能下好了
新版TCGA数据整理，通过R语言实现TCGA数据整理
04-05
新版TCGA数据的整理，将TCGA单个转录组数据整理成列为患者，行为基因的矩阵。可以通过修改参数整理Count、FPKM、TPM数据，根据自己的需要进行选择。
tcga官方下载工具
11-04
tcga官方下载工具 最近服务器不稳定 有时候下载很慢 如果很难下载可以试试从这里下载
结直肠癌TCGA+GEO数据库临床资料
10-18
结直肠癌TCGA+GEO数据库临床资料 实时更新TCGA和GEO中结直肠癌的数据
TCGA数据下载及全流程分析（更新中）
01-20
一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace...下载好之后运行，以COAD数据为例，下载： library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma
TCGA简易下载工具
08-31
该工具可以简化TCGA数据库的下载步骤，合并TCGA数据库中下载的文件
R可视化：分组频率分布直方图和密度图
H20230717的博客
04-24 413
ggplot2绘制分组频率分布直方图和密度图
一个联合均值与方差模型的R包——dglm
最新发布
统计学小王子的博客
04-24 607
使其适用于处理具有复杂异方差性（方差随均值变化）的数据。dglm 包提供了一个强大的框架，能够扩展传统的广义线性模型（GLM）以包含额外的分布族（这里，predict() 函数使用拟合后的模型和新数据进行预测，type = “response” 表示预测的是响应变量的值。下面的代码生成了响应变量 y，其均值由 x 控制，方差由另一个预测变量 z 控制。这个例子将使用模拟数据，包括响应变量和两个预测变量，来模拟和解释使用过程。下面，我将提供一个实例，演示如何在正态分布假设下使用 dglm 包拟和。
R语言下载GEO数据
08-06
在R语言中下载GEO数据可以使用GEOquery包。首先，你需要安装GEOquery包，如果已经安装了可以跳过这一步。接下来，你可以使用getGEO函数来下载数据。例如，对于实验GSE53408，你可以使用下面的代码来下载表达矩阵数据和平台信息: gse = getGEO("GSE53408", GSEMatrix = TRUE, destdir = ".", getGPL = TRUE, AnnotGPL = TRUE) 通过上述代码，你可以获取GSE53408实验的表达量矩阵数据和平台信息。此外，在处理数据时，你可能需要对重复的基因进行处理，可以使用一些处理方法，如去除重复基因的平均值。你还可以根据需要对探针对应的多个基因进行处理。处理完成后，你可以得到最终的处理结果。 需要注意的是，在使用上述代码前，你需要安装R语言中的GEOquery包。如果已经安装了GEOquery包，可以直接使用上述代码来下载GEO数据。在RStudio中，你可以在右上角的环境变量中的"gset"后面的括号中看到数据集的元素数量，以判断是否包含多个GPL。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 6
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值