GEO、TCGA数据下载慢 下载中断解决办法

已于 2022-04-28 11:02:18 修改
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于 2022-04-03 09:53:29 首次发布
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博客介绍了如何使用西柚云代理下载工具解决GEO和TCGA数据库下载慢或中断的问题。该工具提供免费的代理服务，用户只需复制数据链接到指定邮箱，即可通过邮件接收下载链接。对于tar格式文件，需要额外提取下载链接。此外，还提供了TCGA数据下载的教程链接。
摘要由CSDN通过智能技术生成

很多同学下载GEO数据库的数据和TCGA的数据网速特别的慢，或者总是中断，生信之路的第一个跟头就摔在了数据下载

下面给大家分享一个下载神器——西柚云代理下载！

https://fileproxy.xiyoucloud.net/#/

首先在GEO数据库上面找到您所需要的数据，然后页面往下拉

找到Series Matrix File(s)，点进去

 找到您要下载的文件，右键-复制链接地址

打开我们的代理下载网站

https://fileproxy.xiyoucloud.net/#/

输入您用于接收下载链接的邮箱

把上一步复制的链接粘贴到下载地址

点提交信息

下载完成后会自动发送到预留邮箱里面

tar数据直接复制粘贴进去会提示url非法，这个是因为还需要进一步提取下载链接才能下载，具体方法可以参考网站里面的教程

 TCGA的使用教程可以看网站里面的教程，篇幅有限就不一一列举了。

最重要的是！！！这个代理下载服务是完全免费的！！！

西柚云
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TCGA下载数据的3种方法
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8秒完成2万个基因的生存分析 运行速度太慢怎么办 批量单基因生存回归 tcga geo数据分析策略
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TCGA 数据下载
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TCGA TCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上，还体现在多组学数据，包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。 数据下载 肿瘤研究经常需要下载相关数据，目前可以通过官网（http://www.cbioportal.org/）直接下载，或者xenabrowser 下载。 xena下载比较简单，选择需要研究的癌症种类，直接下载所需的文件就可以了。 https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https
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tcga数据下载_TCGA数据下载出现0KB！！
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除了之前提到的，使用GDC 官方提供的gdc-client.exe对TCGA数据进行下载外(TCGA数据分析(1))，还可以使用R包对TCGA数据进行下载，这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。注: 它下载数据成功率非常低，官方API中也未推荐，所以这也是我没用它的原因，但是做出的分析结果相当丰富01 TCGAbiolinks 安装与加载运行如下命令即可if (!requireNa...
外网下载数据集非常慢的解决办法
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外网下载数据集非常慢的解决办法
TCGA数据下载速度慢
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### 提高TCGA数据下载速度的方法 当遇到TCGA数据下载缓慢或中断的情况时，可以采取多种策略来优化下载过程并确保顺利完成下载任务。 #### 使用专门的下载工具 为了更高效地管理大文件传输，建议采用专业的下载管理器。这类软件能够支持断点续传功能，在网络不稳定情况下尤为有用。此外，部分工具还提供批量下载选项，允许一次性提交多个URL请求[^1]。 #### 获取有效的直接下载链接 有时简单的复制粘贴官方提供的tar格式资源地址并不能成功发起下载操作，这是因为实际可用的下载路径可能隐藏于页面内部或是经过加密处理后的形式存在。此时应当依照官方网站指南说明去解析出确切可访问的HTTP(S) URL字符串再尝试获取目标文件。 #### 利用第三方服务加速 考虑到个人计算机性能差异以及带宽限制因素影响较大，借助外部服务商的力量不失为明智之举。某些机构或团队专注于生物信息学领域研究工作多年积累下来的经验和技术优势可以帮助用户更快捷稳定地取得所需资料。例如，“SCI狂人团队”就提供了付费辅助下载的服务方案供有需求者选择使用[^2]。 #### 合理规划时间避开高峰时段 互联网流量分布具有周期性特点，通常白天尤其是上班时间段内网速相对较慢；而夜晚至凌晨则相对宽松些。因此可以根据自身实际情况灵活安排下载作业执行时机以获得更好的体验效果。 ```bash # 示例命令：设置定时任务在夜间自动启动下载程序 echo "0 2 * * * wget -c http://example.com/large_dataset.tar.gz" | crontab - ```
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