Nature子刊 | 空间转录组技术及其发展方向

2022年10月《Nature Biotechnology》发表了一篇空间转录组（ST）技术的综述文章，详细描述了现有的ST技术及其发展方向。

检测生物分子的新技术一直是生物进步的关键驱动力。在检测生物分子时，研究人员在选择实验方法时一直面临着关键的权衡。一方面，“组学”工具可以对纯化样本中的许多生物分子进行广泛而全面的检测。另一方面，一套靶向工具（如免疫染色或原位杂交），可以在完整的细胞和组织中定位特定分子（通常数量较少）。因此，研究项目通常将这两个阶段结合在一起：研究人员首先使用“组学技术”提出假设，然后进行有针对性的、假设驱动的工作，以描述特定基因或蛋白质在感兴趣的完整组织中的作用。

最近ST技术的快速发展正在颠覆这种方法学上的历史分歧。这些工具能够对完整组织切片中转录组的RNA进行量化。广义而言，ST最适合回答三种生物问题：首先可以阐明组织的细胞类型组成；第二类问题与细胞相互作用有关；最后可以帮助阐明组织成分之间的分子相互作用。

ST 解决的三大类生物学问题

ST技术

两类ST技术的总结：基于序列和基于成像的方法

“基于测序的ST”（sST）

sST技术通常从构建空间索引表面开始，其中每个pixel都包含一个条形码DNA引物，该引物在二维空间中唯一标记pixel的位置。然后将组织放在表面的顶部，通过RNA从组织扩散到表面或条形码引物扩散到组织，使驻留的