wrf-hydro环境部署

wrf-hydro环境实现

项目的编译器检查

该项目将使用到三种编译器gcc，g++，gfortran

原因是：WRF-Hydro模型是使用Fortran语言开发的。而环境中对依赖库使用到了C、Fortran和C++。

which gcc
which g++
which gfortran

使用which来检查自己是否安装了相关的编译器。

没有返回结果的可以使用包管理器安装

apt-get install xxx

接着安装依赖项

主要有三个依赖大项需要安装：MPI，Fortran netCDF，CMake

MPI：一种通信标准，相关依赖项用于实现mpi程序在多计算结点环境下的正确执行和高效通信

Fortran netCDF：Fortran接口，使得Fortran程序能够方便地使用NetCDF数据格式（一种能够高效组织多维数据的数据格式）

1、CMake好说，可以用包管理器简单搞定。

2、对于剩下的两个依赖项，主要步骤为

• 下载对应依赖项的压缩包
• 解压进入对应文件目录
• make编译，install安装
• vim编辑器添加环境变量（将可执行文件的根目录添加到环境变量PATH）

MPI依赖项的安装

wget https://www.mpich.org/static/downloads/4.2.2/mpich-4.2.2.tar.gz
tar zxvf mpich-4.2.2.tar.gz
cd mpich-4.2.2
./config --prefix=/xxx/mpich   %检查编译是否满足编译条件，选择安装路径

xxx指安装mpich的路径，可以创建一个lib来存放依赖项。

网络下载的依赖项可能特别慢，可以通过远程连接或者先下好直接用U盘拷贝。

配置好后，编译+安装：

sudo make
make make install 

修改环境变量，将生成的可执行目录的根目录添加进环境变量

vim ~/.bashrc
export PATH=xxx/mpich/bin:$PATH %这个xxx就是上面安装mpich的目录
#保存退出后
source ~/.bashrc #刷新环境变量

接着是Fortran netCDF依赖项的安装

安装该依赖项需要先后安装其他的小的依赖项，分别是zlib、hdf5、netcdf-c、netcdf-fortran

zlib用于提供无损高效的压缩和解压缩算法

hdf5是一种数据存储和管理库，能够实现大量数据、不同类型数据的处理，并提供封装使用接口。

netcdf-c提供一种组织管理多维数据的方法以高效处理科学数据。

netcdf-fortran同理于netcdf-c

依赖项的安装大同小异：下载、解压、检查编译环境、编译、安装、配置环境变量，本次直接下好依赖项的安装包，一口气传到虚拟机里开始安装。

zlib：

tar zxvf zlib-1.2.7.tar.gz
cd ./zlib-1.2.7
./configure --prefix=/xxx/zlib   %同理于前面，都安装在lib目录下
make
make install

hdf5：

tar zxvf hdf5-1.12.2.tar.gz
cd ./hdf5-1.12.2
./configure --prefix=/xxx/hdf5 --with-zlib=/xxx/zlib --enable-fortran --enable-cxx
make
make install
vim ~/.bashrc
export PATH=/xxx/hdf5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/xxx/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
%第二个环境配置的路径，会让程序在运行时，会在该目录下寻找所需对应的动态链接库文件

这里出现过一些失败的情况，鉴于网上的经验分享，升级为最高版本就能解决了。
netcdf-c:

tar zxvf netcdf-4.4.1.1.tar.gz
cd ./netcdf-4.4.1.1
export LD_LIBRARY_PATH=/xxx/zlib/lib:/xxx/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export CPPFLAGS="-I/xxx/zlib/include -I/xxx/hdf5/include"
%包含了两个-I选项，分别指向zlib和HDF5的头文件目录。
export LDFLAGS="-L/xxx/zlib/lib -L/xxx/hdf5/lib"
%包含了两个-L选项，分别指向zlib和HDF5的库文件目录。
./configure --prefix=/xxx/netcdf --disable-dap--enable-netcdf4 --enable-shared
%禁用DAP，启用NetCDF-4格式，编译和安装共享库
make
make install

netcdf-fortran:

tar zxvf netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz
cd ./netcdf-fortran-4.4.4
export LD_LIBRARY_PATH=/xxx/netcdf/lib:/xxx/zlib/lib:/xxx/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
%将/xxx/netcdf/lib、/xxx/zlib/lib和/xxx/hdf5/lib这三个目录添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中，以便在运行时系统能够在这几个目录下搜索动态链接库
CPPFLAGS="-I/xxx/netcdf/include" LDFLAGS="-L/xxx/netcdf/lib" 
%它告诉编译器在编译时包含/xxx/netcdf/include目录下的头文件
%它告诉链接器在链接时搜索/xxx/netcdf/lib目录下的库文件.
./configure --prefix=/xxx/netcdf
make
make install

添加环境变量：

vim ~/.bashrc
export NETCDF=/xxx/netcdf  %设置环境变量NETCDF
export PATH=/xxx/netcdf/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/xxx/netcdf/lib:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc

安装wrf-hydro

tar zxfv wrf_hydro_nwm_public-5.2.0.tar.gz 
cd wrf_hydro_nwm_public-5.2.0/trunk/NDHMS
cp template/setEnvar.sh ./   %复制该环境变量至当前目录
vim setEnvar.sh  %进入该环境变量添加：
export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1 
%刷新，检查并编译
source setEnvar.sh   
./configure 
./compile_offline_NoahMP.sh setEnvar.sh

出现：

编译成功，生成可执行文件，在RUN目录下可以找到对应的可执行文件

测试:

下载测试数据包https://github.com/NCAR/wrf_hydro_nwm_public/releases/download/v5.2.0/croton_NY_training_example_v5.2.tar.gz

并对其进行解压,将其存放在xx(xxx目录即lib目录的父目录下)

wget https://github.com/NCAR/wrf_hydro_nwm_public/releases/download/v5.2.0/croton_NY_training_example_v5.2.tar.gz
tar zxvf croton_NY_training_example_v5.2.tar.gz

在xxx的父目录(假设为xx,比lib少了个x)下创建测试数据存放目录

mkdir example_case && cd example_case
mkdir NWM
mkdir FORCING
mkdir Gridded_no_lakes
mkdir Reach
mkdir supplemental
mkdir Gridded && cd Gridded
mkdir DOMAIN
mkdir RESTART

cp -r example_case/FORCING/ /xx/example_case/Gridded
cp -r example_case/NWM/DOMAIN /xx/example_case/Gridded
cp -r example_case/NWM/RESTART /xx/example_case/Gridded
cp -r example_case/NWM/nudgingTimeSliceObs/ /xx/example_case/Gridded
cp -r example_case/NWM/namelist.hrldas /xx/example_case/Gridded
cp -r example_case/NWM/hydro.namelist /xx/example_case/Gridded

在之前的run目录下,将所有TBL文件和wrf_hydro.exe这个可执行文件copy到Gridded文件夹

cd xx
cp wrf_hydro_nwm_public-5.2.0/trunk/NDHMS/Run/*.TBL example_case/Gridded
cp wrf_hydro_nwm_public-5.2.0/trunk/NDHMS/Run/wrf_hydro.exe example_case/Gridded

运行:

cd ~/wrf/example_case/Gridded
mpirun -np 2 ./wrf_hydro.exe
%启用并行程序，指定处理器数量
tail -1 diag_hydro.00000
%显示文件 diag_hydro.00000 的最后一行内容即：
%The model finished successfully.......

将里面所有需要刷新的内容打包成一个脚本就不用一个个刷新了,每次开启就运行该脚本:

%netcdf-c：
export LD_LIBRARY_PATH=/xxx/zlib/lib:/xxx/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export CPPFLAGS="-I/xxx/zlib/include -I/xxx/hdf5/include"
export LDFLAGS="-L/xxx/zlib/lib -L/xxx/hdf5/lib"

%netcdf-fortran:
export LD_LIBRARY_PATH=/xxx/netcdf/lib:/xxx/zlib/lib:/xxx/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
CPPFLAGS="-I/xxx/netcdf/include" LDFLAGS="-L/xxx/netcdf/lib" 

参考

wrf-hydro环境部署