Geographic summary of fossil collections（采集记录的地理摘要）
描述
此操作与 occs/geosum 基本相同。它通过将所选集合集映射到地理群集来汇总这些集合集。其目的是提供显示化石收藏地理分布的地图的生成。您可以指定可用于上述 occs/list 操作的任何参数。提供多个级别的地理分辨率。
用法
{
"elapsed_time":0.00399,
"records": [
{"oid":"clu:2090048","nco":11,"noc":97,"lng":1.406183,"lat":6.427360},
{"oid":"clu:2090050","nco":1,"noc":1,"lng":1.520000,"lat":11.490000},
{"oid":"clu:2091048","nco":10,"noc":349,"lng":3.145236,"lat":6.561719},
{"oid":"clu:2092047","nco":1,"noc":1,"lng":5.504167,"lat":5.036111},
{"oid":"clu:2092051","nco":4,"noc":6,"lng":5.614556,"lat":13.443914},
{"oid":"clu:2093045","nco":1,"noc":3,"lng":6.742000,"lat":0.317000},
{"oid":"clu:2093047","nco":30,"noc":541,"lng":7.542572,"lat":5.406494},
{"oid":"clu:2093048","nco":29,"noc":215,"lng":7.474400,"lat":6.439259},
{"oid":"clu:2094045","nco":48,"noc":167,"lng":9.512556,"lat":0.422020},
{"oid":"clu:2094046","nco":1,"noc":1,"lng":9.569167,"lat":3.939444},
{"oid":"clu:2094047","nco":76,"noc":419,"lng":9.242912,"lat":4.647558},
{"oid":"clu:2094048","nco":27,"noc":115,"lng":8.305247,"lat":6.624198},
{"oid":"clu:2094049","nco":8,"noc":25,"lng":9.146875,"lat":8.316042},
{"oid":"clu:2094052","nco":26,"noc":38,"lng":8.852725,"lat":14.970588},
{"oid":"clu:2095046","nco":2,"noc":41,"lng":10.043000,"lat":3.922500},
{"oid":"clu:2095047","nco":1,"noc":10,"lng":10.000000,"lat":4.000000},
{"oid":"clu:2095049","nco":43,"noc":204,"lng":11.168333,"lat":9.450814},
{"oid":"clu:2095050","nco":54,"noc":271,"lng":11.335968,"lat":10.629015},
{"oid":"clu:2096049","nco":7,"noc":19,"lng":13.103489,"lat":9.452363},
{"oid":"clu:2096050","nco":1,"noc":12,"lng":12.740000,"lat":10.162222},
{"oid":"clu:2096051","nco":25,"noc":630,"lng":13.145000,"lat":12.076944},
{"oid":"clu:2097049","nco":9,"noc":35,"lng":14.662556,"lat":8.343245}
]
}
{
"elapsed_time":7.1e-05,
"records": [
{"cfg":"clu","lvl":"1","deg":"6.00000","cnt":"821","mco":"5670","moc":"43550"},
{"cfg":"clu","lvl":"2","deg":"2.00000","cnt":"3808","mco":"2205","moc":"16165"},
{"cfg":"clu","lvl":"3","deg":"0.50000","cnt":"17919","mco":"932","moc":"12081"}
]
}
参数
以下必需参数从可用的分辨率级别中进行选择
您可以获取可用分辨率级别的列表。
- level：从指定的集群级别返回记录。（必填）
如果要检索数据库中输入的整个匹配项集的地理摘要，则可以使用以下参数
- all_records：选择在数据库中输入的所有匹配项，具体取决于您可能指定的任何其他参数。此参数不需要任何值。
您可以使用以下参数按各种条件查询产出记录
*除了特别说明外，您可以任意组合使用它们。*生成的列表将映射到所选分辨率级别的汇总聚类。
- occ_id：以逗号分隔的化石产出记录标识列表。选择指定的产出记录，前提是它们满足此请求的其他参数。您也可以使用参数名称 id。您还可以将此参数与任何其他参数一起使用，以根据其他条件筛选已知的匹配项列表。
- coll_id：以逗号分隔的采集记录标识列表。选择与指定采集记录相关的所有化石产出记录，前提是采集记录满足此请求的其他参数。
- clust_id：返回仅与指定地理集群相关的记录。您可以指定一个或多个集群 ID，以逗号分隔。
- coll_match：返回与collection_name和collection_aka字段匹配的字符串。仅返回属于匹配的采集记录的产出记录。字符串可以包含通配符 % 和 _ 。事实上，除非你在字符串的开头和/或结尾加上%，否则你不会匹配到任何结果。
- coll_re：与coll_match相似，唯一不同在于此项接收正则表达式。你可以使用 | 二者或多者择一，可以使用包括 \ 在内的所有标准正则表达式。
- base_name：仅返回与特定分类名相关的记录，包括所有亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个名称。您可以使用 ^ 排除掉任意名称。例如，Osteichthyes^Tetrapoda 将会选择除Tetrapoda外的所有Osteichthyes记录。
- taxon_name：仅返回与特定分类名相关的记录，包括所有异名。您可以用逗号分隔来指定多个名称。名称可以包含通配符，但如果匹配到了不止一个名称，那么只会使用数据库中产出记录数量最多的那个。
- match_name：仅返回与特定分类名相关的记录。您可以用逗号分隔来指定多个名称。名称可以包含通配符 % 和 _ ，所有与匹配到的名称相关的产出记录都会返回。将会忽略掉异名。此项比起分类学匹配而言，更像是语法匹配。
- immediate：您可以与base_name，base_id或taxon_name一起设置此项。设置此项会忽略掉指定名称的异名。此参数不需要值，在请求中包含此参数即可。
- base_id：仅返回与特定分类名相关的记录，包括所有亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个ID。请注意，您最多可以指定taxon_name、taxon_id、base_name和 base_id之一。
- taxon_id：仅返回与特定分类名相关的记录，不包括亚类群和异名。您可以用逗号分隔来指定多个ID。
- exclude_id：排除掉与指定类群ID相关的分类名称或其下级名称。这是 **^**的另一种方式。
- idreso：选择与指定分类阶元匹配的产出记录，或将同属/同科的产出记录合并。可接受的值有：
species：仅选择鉴定为种的产出记录
genus：仅选择鉴定到属或种的产出记录
family：仅选择鉴定到科或属或种的产出记录
lump_genus：仅选择鉴定到属或种的产出记录，并将同一采集记录中同属的所有产出记录合并为单条记录
lump_gensub*：仅选择鉴定到属或种的产出记录，并将同一采集记录中同属/亚属的所有产出记录合并为单条记录 - idtype：本参数决定如何处理重新鉴定的产出记录。可接受的值包括：
latest：仅选择每项产出记录的最新鉴定，忽略掉其余鉴定。此值为默认值。
orig：仅选择每项产出记录的原始鉴定，忽略掉其余鉴定。
reid：选择被重新鉴定的产出记录的所有鉴定，包括原始鉴定。忽略数据库中没有重新鉴定记录的产出记录。这可能造成每项产出记录返回多条记录。注意，如果您指定了一个分类名称，那么不符合该名称的鉴定将被忽略。您可以通过按ID专门查询您感兴趣的产出记录来找到它们，加上idtype=all。
all：选择所有匹配其他搜索参数的鉴定。这可能会导致为给定产出记录返回多条记录。 - idqual：此参数根据其分类修饰符选择或排除产出记录。允许的值包括：
any： 选择所有匹配项，而不考虑修饰符。这是默认值。
certain：排除用以下任何修饰符标记的所有匹配项：aff. / cf. / ? / “” / informal / sensu lato.
genus_certain：类似certain，但只看属/亚属，忽略物种修饰符。
uncertain：选择用以下任何修饰符标记的所有匹配项：aff. / cf. / ? / “” / informal / sensu lato.
new：仅选择标有以下项之一的匹配项：n. gen. / n. subgen. / n. sp. - idmod：此参数根据分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。如果您需要选择无法通过 idqual 获得的修饰符组合，则可以使用此参数和/或 idgen 和 idspc。您可以指定以下一个或多个代码，以逗号分隔。如果第一个前面是 ！那么他们被排除在外。否则，仅包括标有至少一个的产出记录：
ns：n. sp.
ng：n. gen. or n. subgen.
af：aff.
cf：cf.
sl：sensu lato
if：informal
eg：ex gr.
qm：question mark（?)
qu：quotes（“”) - idgenmod：此参数根据属和/或亚属名称上的分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。请参阅上面的 idmod。
- idspcmod：此参数根据物种名称上的分类修饰符的任意组合选择或排除产出记录。请参阅上面的 idmod。
- abundance：此参数仅选择具有特定种类丰度值的产出记录。接受的值为：
count：仅选择丰度类型为’individuals’, ‘specimens’ ‘grid-count’, ‘elements’, or 'fragments’的产出记录
coverage：仅选择丰度类型为“%-…”的产出记录
any：仅选择具有某种类型丰度信息的产出记录
您也可以附加一个冒号，后跟一个十进制数。这将仅选择丰度至少为指定最小值的产出记录。 - lngmin
- lngmax：仅返回当前经度在给定边界内的记录。如果指定其中一个参数，则必须同时指定这两个参数。如果提供的边界超出 -180° 到 180° 的范围，它们将被收缩到适当的范围内。例如，如果您指定 lngmin=270 和 lngmax=360，则查询将lngmin=-90 和 lngmax=0 进行处理。在这种情况下，查询结果中的所有经度值都将调整为落在您指定的实际数值范围内。
- latmin：仅返回当前纬度至少为给定值的记录。
- latmax：仅返回当前纬度最多为给定值的记录。
- loc：仅返回当前位置（经度和纬度）属于指定范围的记录，必须以 WKT 格式给出，坐标为经度和纬度值。
- plate：仅返回位于指定地质板块上的记录。如果此参数的值以 ！ 开头，则排除指定板块上的所有记录。如果此参数的值继续以 G 开头，则这些值将被解释为 GPlates 模型中的板块编号。如果是S，则这些值将被解释为 Scotese 模型中的板块编号。否则，它们将根据参数 pgm 的值进行解释。该值的其余部分必须是板块编号。
- pgm：指定返回古坐标时要使用的古地理模型。您可以从以下列表中指定一个或多个，以逗号分隔。如果未为此参数指定值，则默认模型为 gplates。
gplates：Wright et. al., 2013; Towards community-driven paleogeographic reconstructions
scotese：Scotese, C.R., 2021. An Atlas of Paleogeographic Maps: The Seas Come In and the Seas Go Out, Annual Reviews of Earth and Planetary Sciences, v. 49, p. 669-718
seton：Seton et. al., 2012; Global continental and ocean basin reconstructions since 200 Ma - pgs：指定是返回每个采集记录的年龄范围的开头、中间还是结尾的古坐标。可接受的值为：early, mid, late。您可以指定多个作为逗号分隔的列表。
- cc：仅返回位置在指定地理区域内的记录。此参数的值应为一个或多个双字符国家/地区代码和/或三个字符的洲代码作为逗号分隔的列表。如果参数值以 ！ 开头，则属于这些区域的记录将被排除而不是包括在内。任何以 ^ 开头的国家/地区代码都将从过滤器中减去。例如：
ATA,AU：选择来自南极洲和澳大利亚的产出记录
NOA,SOA,^AR,^BO：选择来自北美和南美的实例，但不包括阿根廷或玻利维亚
!EUR,^IS：排除来自欧洲的产出记录，但来自冰岛的除外 - state：仅从指示为属于指定州或省的采集记录中返回产出记录。此信息不会记录所有采集记录，并且未检查其准确性。鉴于国家/地区之间有时会重复州名称，因此建议也使用 cc 参数指定国家/地区。
- county：仅返回指定属于指定县或其他次州级行政区划的采集记录中的产出记录。此信息不会记录所有采集记录，并且未检查其准确性。鉴于县名经常在州和国家/地区之间重复，建议您同时使用 state 参数指定州，并使用 cc 参数指定国家/地区。
- continent：仅返回地理位置在一个或多个指定大陆内的记录。此参数的值应为以逗号分隔的洲代码列表。此参数已弃用;请改用cc。
- strat：仅返回属于指定地质地层或地层内的记录。您可以指定多个，用逗号分隔。名称可以包括标准的SQL通配符 % 和 _ ，并且可以跟着’fm’，‘gp’，'mbr’中的任何一个。如果未给出这些后缀，则将选择所有匹配的地层名称。如果参数值以 ！ 开头，则与此层或地层关联的记录将被排除而不是包括在内。请注意，此参数仅通过字符串匹配进行解析。地层命名法目前在数据库中没有标准化，因此可能会出现拼写错误。
- formation：仅返回属于指定地层构造内的记录。此参数已弃用，请改用 strat。
- stratgroup：仅返回属于指定地层组内的记录。此参数已弃用，请改用 strat。
- member：仅返回属于指定地层成员的记录。此参数已弃用，请改用 strat。
- lithology：仅返回记录为来自任何指定岩性和/或岩性类型的记录。如果参数值字符串以 ！然后，将改为排除匹配的记录。如果符号 ^ 出现在任何岩性名称的开头，则所有后续值将从过滤器中减去。例如：carbonate,^bafflestone。
- envtype：仅返回记录为属于任何指定环境和/或环境区域的记录。如果参数值字符串以 ！然后，将改为排除匹配的记录。如果符号 ^ 出现在任何环境代码的开头，则将从筛选器中减去所有后续值。例如：terr,^fluvial,lacustrine or !slope,^carbonate。您可以指定以下一个或多个值作为逗号分隔的列表：
terr：任何陆相环境
marine：任何海相环境
carbonate：碳酸盐环境
silicic：硅碎屑环境
unknown：未知或不确定的环境
lacust：湖区
fluvial：河流区
karst：喀斯特地带
terrother：其他陆地区域
marginal：边缘海洋区
reef：礁石区
stshallow：浅潮下带
stdeep：深潮下带
offshore：近海区
slope：斜坡/盆地区
marindet：海洋不确定区 - interval_id：仅返回其时间在给定的地质时间间隔内（由数字标识符指定）的记录。如果指定多个间隔，则使用的时间范围将从最早指定间隔的开始到最晚指定间隔的结束的连续时间段。
- interval：仅返回其时空位置在命名的地质时间间隔内（由名称指定）内的记录。您可以指定多个间隔，用逗号或短划线分隔。如果指定多个间隔，则使用的时间范围将从最早指定间隔的开始到最晚指定间隔的结束的连续时间段。
- min_ma：仅返回其时间位置至少为此的记录，单位为Ma。
- max_ma：仅返回其时间位置至多为此的记录，单位为Ma。
- timerule：根据指定的规则解析时空位置，如下所示。对于多样性输出，此规则应用于将每个匹配项放入一个或多个时态条柱中，或者在与任何条柱不匹配时忽略该项。可用的规则包括：
contain：仅选择其时空位置严格包含在指定时间范围内的记录。这是最严格的规则。对于多样性输出，此规则保证每个匹配项最多落入一个时态图格，但许多实例将被忽略，因为它们的时间位置太宽而无法落入任何条柱中。
major：仅选择至少 50% 的时态位置范围落在指定时间范围内的记录。对于多样性输出，此规则还保证每个匹配项最多落入一个时态条柱。许多匹配项将被忽略，因为它们的时间位置宽度是任何重叠条柱的两倍多，但忽略的次数少于contain规则。这是默认时间规则，除非您专门选择一个时间规则。
buffer：仅选择其时间位置与指定时间范围重叠且完全位于此范围周围的“缓冲区”内的记录。这个缓冲区默认为古生代和中生代的1200万年，新生代的默认值为500万年。您可以使用参数timebuffer和late_buffer覆盖缓冲区宽度。对于多样性输出，某些事件将计为落入多个箱中。某些事件仍将被忽略，但比上述规则要少。
overlap：仅选择其时态位置与指定时间范围重叠任意数量的记录。这是最宽松的规则。对于多样性输出，将计算所有产出记录。许多人将被计入多个条箱中。 - timebuffer：解析时间局部性时覆盖默认缓冲期。该值必须以数百万年为单位给出。仅当timerule设置为buffer时，此参数才相关。
- latebuffer：解析时间局部性时，覆盖时间范围结束时的默认缓冲期。这允许缓冲区在间隔的后期与在早期结束时不同。该值必须以数百万年为单位给出。仅当timerule设置为buffer时，此参数才相关。
以下参数筛选结果集
如果您希望使用其中之一，并且尚未指定上面列出的任何选择参数，请使用 all_records。
- occs_created_before：仅选择与在指定日期或日期/时间之前创建的事件关联的记录。
- occs_created_after：仅选择与在指定日期或日期/时间之后创建的事件关联的记录。
- occs_modified_before：仅选择与在指定日期或日期/时间之前修改的事件关联的记录。
- occs_modified_after：仅选择与在指定日期或日期/时间之后修改的事件关联的记录。
- occs_authorized_by：仅选择与指定人员授权的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示。
- occs_entered_by：仅选择与指定人员输入的由名称或标识符指示的事件关联的记录
- occs_modified_by：仅选择与指定人员修改的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示
- occs_touched_by：仅选择与指定人员授权、输入或修改的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示
- occs_authent_by：仅选择与由指定人员授权或输入的事件关联的记录，这些事件由名称或标识符指示
- colls_authorized_by：仅选择与指定人员授权的集合关联的记录，这些集合由名称或标识符指示
- colls_entered_by：仅选择与指定人员输入的集合关联的记录，这些集合由名称或标识符指示
- colls_modified_by：仅选择与由指定人员修改的集合关联的记录，这些集合由名称或标识符指示
- colls_touched_by：仅选择与指定人员授权、输入或修改的集合关联的记录，这些集合由名称或标识符指示
- colls_authent_by：仅选择与由指定人员授权或输入的集合关联的记录，这些集合由名称或标识符指示
以下参数可用于根据所选匹配项的分类进一步筛选所选内容
- taxon_status：仅选择标识到分类群且具有指定状态的产出记录。默认值为all。可接受的值包括：
all：选择与其他指定条件匹配的所有分类名称。这是默认值。
valid：仅选择分类有效的名称
accepted：仅选择不是初级同义词的分类有效名称
junior：仅选择作为初级同义词的分类有效名称
invalid：仅选择分类无效的名称，例如 nomina dubia - pres：此参数指示是选择标识为遗迹分类群、形式分类群还是常规分类群的产出记录。默认值为 all，这将选择满足其他指定条件的所有记录。可以将以下一个或多个值指定为列表：
regular：选择常规分类群
form：选择形式分类群
ichno：选择遗迹分类群
all：选择所有分类群 - extant：仅选择已确定为现存或非现存分类群的产出记录。接受的值为：yes, no。
您可以使用以下参数请求基本汇总集群记录以外的其他信息
- show：此参数用于选择要与每个集群的基本记录一起返回的其他信息。其值应为以下一项或多项，以逗号分隔：
bin：此群集所属的大规模群集的列表。
ext：有关每个聚类的地理范围的其他信息。
time：有关群集时态范围的其他信息。
当然还可以使用任何特殊参数，请参阅PBDB Data Service：Special parameters（特殊参数）。
方法
这个数据服务接受以下HTTP方法：GET，HEAD。
响应结果
使用此操作对HTTP请求的响应将包含以下列表中的字段。区块basic是一直显示的。其他的可以使用参数show来选择。
1：basic
| 字段名（pbdb） | 字段名（com） | 描述 |
|---|---|---|
| bin_id | oid | 群集的唯一标识符。 |
| record_type | typ | 此对象的类型：clu表示采集记录的群集 |
| n_colls | nco | 所选集中映射到此群集的集合数 |
| n_occs | noc | 所选集中映射到此分类的出现次数 |
| lng | lng | 此聚类的质心的经度 |
| lat | lat | 此聚类的质心纬度 |
2：bin
| 字段名（pbdb） | 字段名（com） | 描述 |
|---|---|---|
| bin_id_3 | lv3 | 包含 3 级群集的标识符（如果有） |
| bin_id_2 | lv2 | 包含 2 级群集的标识符（如果有） |
| bin_id_1 | lv1 | 包含 1 级群集的标识符（如果有） |
3：ext
| 字段名（pbdb） | 字段名（com） | 描述 |
|---|---|---|
| min_lng | lx1 | 此群集中集合的最小经度 |
| max_lng | lx2 | 此群集中集合的最大经度 |
| min_lat | ly1 | 此群集中集合的最小纬度 |
| max_lat | ly2 | 此群集中集合的最大纬度 |
| std_dev | std | 此聚类中坐标的标准差 |
4：time
| 字段名（pbdb） | 字段名（com） | 描述 |
|---|---|---|
| cx_int_no | cxi | 所选时间刻度中最具体的单个间隔的标识符，涵盖与集合或群集关联的整个时间范围。 |
格式
以下响应格式可用于此操作。必须通过向 URI 路径添加适当的后缀来为请求选择所需的格式。
| 格式 | 后缀 | 文档 |
|---|---|---|
| JSON | .json | JSON format |
| Comma-separated text | .txt | Text formats |
| Comma-separated text | .csv | Text formats |
| Tab-separated text | .tsv | Text formats |
术语表
| 术语表 | 名称 | 默认格式 | 描述 |
|---|---|---|---|
| PaleobioDB field names | pbdb | txt, csv, tsv | PBDB词汇表来自数据库中的基础字段名和值，并增加了一些新字段。在大多数情况下，使用此词汇表的响应将直接与从PBDB Classic接口下载的响应相比较。此词汇表是Text格式响应的默认词汇。 |
| Compact field names | com | json | Compact词汇表是一组3个字符的字段名，旨在将响应消息的大小最小化。这是JSON格式响应的默认值。一些字段值被类似地简化，而其他字段值则被完整地传递。 |
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