Update existing specimen records(更新现有标本记录)
描述
此操作允许您更新现有样本和测量记录。
此操作允许您更新数据库中的样本和测量记录。要更新的记录应该以JSON格式作为对象列表出现在请求体中。
任何包含measurement_id的记录都将更新指定测量记录的指定属性,只要它存在并且您有权限这样做。任何包含specimen_id但不包含measurement_id的记录都将更新指定样本记录的指定属性,前提是它存在并且您有权限这样做。记录中未包含的任何属性将保持不变。
默认情况下,此操作返回更新的记录。
参数
以下参数会影响此操作的执行方式
以下参数指定了此操作应该返回的内容
- show:选择要返回的其他信息。此参数的值必须是以下一项或多项,以逗号分隔。
1. full:这是包含定义此记录的所有信息的快捷方式。目前,这包括以下块:attr, class, plant, ecospace, taphonomy abund, coll, coords, loc, paleoloc, prot, stratext, lithext, geo, methods, rem, refattr。如果我们随后将新的数据字段添加到样本记录中,则 full 也将包括这些字段。因此,如果您要发布 URL,最好包含 show=full。
2. acconly:禁止显示每个标本的确切分类标识,并仅显示接受的名称。
3. attr:该标本的公认名称的属性(作者和年份)。
4. class:标本的分类学分类:门、纲、目、科、属。
5. classext:与class类似,但也包括相关的分类标识符。
6. genus:对应于每个标本的属,如果标本已被鉴定为属级别。如果使用class或classext扩展,则此块是多余的。
7. subgenus:对应于每个标本的属,如果有的话,加上亚属。这可以添加到 class或classext 中以显示亚属,或者代替属来显示属和亚属(如果有)。
8. plant:与该标本相关的植物器官(如果有)。除非标本是植物化石,否则这些字段将是空的。
9. abund:有关其集合中相关事件的丰度(如果有)的信息
10. ecospace:有关该生物所占据或占用的生态空间的信息。这只被填补了相对较少的分类群。参见Ecological and taphonomic vocabulary(生态学和埋葬学术语)
11. taphonomy:有关该生物体的埋葬学信息。参见Ecological and taphonomic vocabulary(生态学和埋葬学术语)
12. etbasis:注释输出块生态空间,指示在哪个分类级别输入每条信息。
13. coll:在其中找到关联事件的集合的名称,以及输入的任何其他备注。
14. coords:关联事件的纬度和经度(如果有)。
15. loc:有关相关事件的地理位置的附加信息(如果有的话)。
16. paleoloc:根据参数pgm指定的模型评估的相关产状的古地理位置信息。
17. strat:化石产出记录的地层背景基本信息。
18. stratext:化石产出记录的地层背景详细信息。包含strat及额外字段。
19. lith:化石产出记录的岩性背景基本信息。
20. lithext:化石产出记录的岩性背景详细信息。包含lith及额外字段。
21. methods:采集时使用的方法。
22. env:化石产出记录的古环境。
23. geo:化石产出记录的地理背景信息(包含env)。
24. ref:化石产出记录的原始文献,格式化文本。如果没有原始文献,那么显示相关采集记录的原始文献。
25. refattr:原始文献的信息,作者和年份。
26. resgroup:化石产出记录和采集记录的研究团队。
27. ent:命名、录入和编辑化石产出记录的人员ID。
28. entname:录入和编辑化石产出记录的人名。
29. crmod:化石产出记录的created和modified时间戳。
当然还可以使用任何特殊参数,请参阅PBDB Data Service:Special parameters(特殊参数)。
主体
没有为这个操作给出主体定义。
方法
此数据服务接受以下HTTP方法:GET、POST、PUT
响应
使用此操作对HTTP请求的响应将包含以下列表中的字段。basic块总是存在的。其他的可以使用参数show来选择。
1:basic
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
specimen_no | oid | 该样本在数据库中的唯一标识符 |
record_type | typ | 对象的类型:spm表示化石标本 |
_label | rlb | 对于新添加或更新的记录,此字段将报告与每条记录一起提交的记录标签值(如果有)。 |
flags | flg | 对于大多数记录,此字段将为空。否则,它将包含以下一个或多个字母:N——该标本无相关产出记录。D——为该样本输入的标识与为相应事件输入的标识不同。R——此标识已被最近的标识所取代。换句话说,这个标本已经被重新鉴定了。I——遗迹分类群。F——此标识是一个形式分类单元。对于大多数记录,此字段将为空。表示与发生事件无关的样本的记录在该字段中将具有N。代表一个样本的记录,其标识不同于其相关的出现,将在该字段中具有I。 |
occurrence_no | qid | 与该样本相关的产状的标识符(如果有的话) |
reid_no | eid | 如果关联的事件被重新标识,则为重新标识提供唯一标识符。 |
collection_no | cid | 与该标本相关联的标本集的标识符(如果有的话) |
permissions | prm | 此记录的可访问性。如果为空,则该记录是公共的。否则,这条记录的值将是以下之一:members:只有数据库成员才能访问该记录;authorizer:该记录可被其授权组以及获得许可的任何其他授权组访问;group(…):该记录仅供指定研究小组的成员查阅。 |
specimen_id | smi | 根据其保管机构,该标本的识别标签 |
is_type | smt | 指示此标本是正模还是副模 |
specelt_no | els | 样本元素层次结构中最能描述此样本的标识符 |
specimen_side | sms | 与样本部分相对应的身体一侧 |
specimen_part | smp | 构成这个标本的身体部分 |
specimen_sex | smx | 标本的性别,如果知道的话 |
n_measured | smn | 测量的样品数量 |
measurement_source | mms | 测量结果是如何获得的,如果知道的话 |
magnification | mmg | 测量中使用的放大倍数(如果已知) |
comments | smc | 对这个标本的评论,通常是作者和出版年份 |
identified_name | idn | 标识此事件的分类名称。如果该字段与 accepted_name 的值相同,则对于紧凑词汇表中的响应,该字段将被忽略。 |
identified_rank | idr | 已识别名称的分类等级(如果可以确定的话)。如果该字段与 accepted_rank 的值相同,则紧凑词汇表中的响应将被省略。 |
identified_no | iid | 已识别的分类名称的唯一标识符。如果为空,则该名称从未进入存储在该数据库中的分类层次结构,并且我们没有关于该化石产出记录分类的进一步信息。 |
difference | tdf | 如果标识的名称与接受的名称不同,则此字段给出原因。例如,如果标识的名称是初级同义词或命名,或者物种被重新组合,或者标识的拼写错误,则会出现此字段。 |
accepted_name | tna | 该字段的值将是与标识的名称相对应的可接受的分类名称。 |
accepted_rank | rnk | 公认名称的分类等级。如果识别的名称是一个名词或无效的,或者识别的名称没有完全输入到这个数据库的分类层次结构中,那么这可能与识别的等级不同。 |
accepted_no | tid | 此数据库中接受的分类法名称的唯一标识符。 |
early_interval | oei | 与此化石产出记录相关的特定地质时间范围(不一定是标准区间),或者如果给出了late_interval,则是该范围开始的区间 |
late_interval | oli | 结束与此化石产出记录相关的特定地质时间范围的区间,如果与early_interval的值不同 |
max_ma | eag | 与此发生相关的地质时间范围的早期界值(Ma) |
min_ma | lag | 与此发生相关的地质时间范围的晚期界限(Ma) |
reference_no | rid | 输入此数据的引用的标识符 |
2:attr
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
accepted_attr | att | 接受名的属性(作者和年份) |
3:refattr
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
ref_author | aut | 输入该数据的参考文献的作者。 |
ref_pubyr | pby | 输入该数据的参考文献发表的年份 |
4:class
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
phylum | phl | 分类阶元:门 |
class | cll | 分类阶元:纲 |
order | odl | 分类阶元:目 |
family | fml | 分类阶元:科 |
genus | gnl | 分类阶元:属 |
5:classext
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
phylum_no | phn | 门的ID |
class_no | cln | 纲的ID |
order_no | odn | 目的ID |
family_no | fmn | 科的ID |
genus_no | gnn | 属的ID |
subgenus_no | sgn | 亚属的ID |
6:genus
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
genus | gnl | 分类阶元:属 |
7:plant
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
plant_organ | pl1 | 与化石记录有关的植物器官,如果有的话。这个字段将是空值,除非记录的是植物化石。 |
plant_organ2 | pl2 | 与化石记录相关的附加植物器官。 |
8:abund
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
abund_value | abv | 化石记录在其采集记录中的丰度 |
abund_unit | abu | 丰度单位 |
9:ecospace
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
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taxon_environment | jev | 发现这种生命形式的一般环境或环境。参阅生态学和埋葬学术语 |
environment_basis | jec | 指定从其中继承环境信息的分类。 |
motility | jmo | 生物是否有运动、附着和/或附生,以及它的运动方式(如果有的话)。参阅生态学和埋葬学术语 |
life_habit | jlh | 这种生物的一般生活方式和位置。参阅生态学和埋葬学术语 |
vision | jvs | 这种生物拥有的视觉程度。参阅生态学和埋葬学术语 |
diet | jdt | 这种生物的一般饮食或摄食方式。参阅生态学和埋葬学术语 |
reproduction | jre | 这种生物的繁殖方式。参阅生态学和埋葬学术语 |
ontogeny | jon | 简要描述这种生物的个体发生。参阅生态学和埋葬学术语 |
ecospace_comments | jcm | 如果有其他关于生态空间的评论的话。 |
10:etbasis
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
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motility_basis | jmc | 指定为其设置运动信息的分类群。埋藏学和生态空间信息继承自父类群,除非设置了特定的值。 |
life_habit_basis | jhc | 指定为其设置生活习惯信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
vision_basis | jvc | 指定为其设置视觉信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
diet_basis | jdc | 指定为其设置饮食信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
reproduction_basis | jrc | 指定为其设置繁殖信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
ontogeny_basis | joc | 指定为其设置个体发育信息的分类单元。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
taphonomy_basis | jtc | 指定为其设置埋葬信息的分类。参见上面的motitiy_basis。只有在ecospace区块也包含的情况下,这些字段才会被包含。 |
11:taphonomy
12:coll
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
collection_name | cnm | 标识采集记录的任意名称,不一定是唯一的 |
collection_subset | cns | 如果此记录是另一记录的一部分,此字段指明是哪一部分 |
collection_aka | aka | 化石记录的替代名称,或关于它的附加注释。 |
13:coords
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
lng | lng | 化石记录的经度(度) |
lat | lat | 化石记录的纬度(度) |
14:loc
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
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cc | cc2 | 该化石记录所在的国家,编码为ISO-3166-1 alpha-2 |
state | stp | 化石记录所在的州或省(如果已知) |
county | cny | 化石记录所在的县或市,如果知道的话 |
latlng_basis | n/a | 所报告的化石记录位置的基础 |
latlng_precision | n/a | 化石记录坐标的精度。按上面的链接查看代码值列表。 |
n/a | prc | 表示地理坐标的基础和精度的两字母代码。在使用紧凑术语表的响应中,将报告此字段,而不是latlng_basis和latlng_precision。按上面的链接查看代码值列表。 |
geogscale | gsc | 化石记录的地理刻度 |
geogcomments | ggc | 关于化石记录地理位置的附加注释 |
15:paleoloc
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
paleomodel | pm1 | 由参数pgm指定的主要模型。此字段仅在指定多个模型时包含。 |
geoplate | gpl | 根据参数pgm所表示的初级模型来评价化石记录所在的地质板块的标识符。这可能是一个数字或一个字符串。 |
paleoage | ps1 | 指示这些古坐标是否在每个化石记录的年龄范围的早期、中期或晚期计算 |
paleolng | pln | 根据参数pgm*所表示的原始模型,对化石记录的古经度进行了计算。 |
paleolat | pla | 根据参数pgm表示的原始模型,对化石记录的古纬度进行了计算。 |
paleoage_b | ps1_b | 交互年龄选择器 |
paleolng_b | pln_b | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat_b | pla_b | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
paleoage_c | ps1_c | 交互年龄选择器 |
paleolng_c | pln_c | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat_c | pla_c | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
paleomodel2 | pm2 | 由参数pgm指定的替代模型。此字段仅在指定多个模型时包含。也可能有paleomodel3等。 |
geoplate2 | gp2 | 一个替代的地质板块标识符,如果pgm参数表明一个以上的模型。也可能有geoplate3等。 |
paleoage2 | ps2 | 指示第二个古坐标是在每个化石记录的早期、中期还是晚期计算的 |
paleolng2 | pln2 | 如果pgm*参数表明有多个模型,则为集合提供一个替代的古经线。也可能有paleolng3等。 |
paleolat2 | pla2 | 如果pgm参数表明有多个模型,则为集合提供一个替代的古纬度。也可能有paleolat3等。 |
paleoage2_b | ps2_b | 交互年龄选择器 |
paleolng2_b | pln2_b | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat2_b | pla2_b | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
paleoage2_c | ps2_c | 交互年龄选择器 |
paleolng2_c | pln2_c | 对应于交互年龄选择器的古经度 |
paleolat2_c | pla2_c | 对应于交互年龄选择器的古纬度 |
16:strat
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
formation | sfm | 化石记录所在的地层(如果已知) |
stratgroup | sgr | 化石记录所在的地层组(如果已知) |
member | smb | 化石记录所在的地层成员(如果已知) |
17:stratext
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
stratscale | ssc | 该采集记录涵盖的地层范围 |
zone | szn | 采集记录所在的地层带(如果已知) |
localsection | stratext | 采集记录所在的地层部分(如果已知) |
localbed | slb | 采集记录所在的岩床(如果已知) |
localbedunit | slu | 计算岩床时使用的计量单位 |
localorder | slo | 描述当地岩床的顺序(如果已知) |
regionalsection | srs | 采集记录所在的局部地层(如果已知) |
regionalbed | srb | 采集记录所在的局部岩床(如果已知) |
regionalbedunit | sru | 计算局部岩床时使用的计量单位 |
regionalorder | sro | 描述局部岩床的顺序(如果已知) |
stratcomments | scm | 关于采集记录地层背景的其他评论(如果有的话) |
18:lith
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
lithdescript | ldc | 对采集记录地点岩性方面的详细说明 |
lithology1 | lt1 | 为采集记录地点描述的第一个岩性;该数据库每个化石记录最多可以代表两种不同的岩性 |
lithification1 | lf1 | 为该遗址描述的第一个岩性的岩化状态 |
minor_lithology1 | lm1 | 与该遗址描述的第一个岩性相关的次要岩性 |
lithology2 | lt2 | 为采集地点描述的第二种岩性(如果有) |
lithification2 | lf2 | 为该地点描述的第二岩性的岩化状态。有关值,请参见上文。 |
minor_lithology2 | lm2 | 与该遗址描述的第二种岩性相关的次要岩性(如果有的话) |
19:lithext
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
lithadj1 | la1 | 描述第一种岩性的形容词 |
fossilsfrom1 | ff1 | 化石是否取自第一个描述的岩性 |
lithadj2 | la2 | 描述第二岩性的形容词(如果有的话) |
fossilsfrom2 | ff2 | 化石是否取自第二个描述的岩性 |
20:methods
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
collection_type | cct | 化石记录的类型或用途。 |
collection_methods | ccx | 所采用的一个或多个方法。 |
museum | ccu | 收藏标本的博物馆。 |
collection_coverage | ccv | 存在但未具体列出的化石。 |
collection_size | ccs | 实际收集的化石数量。 |
rock_censused | ccr | 岩石数量。 |
collectors | ccc | 采集人的名字 |
collection_dates | ccd | 收集完成的日期。 |
collection_comments | ccm | 关于收集方法的评论。 |
taxonomy_comments | tcm | 关于发现内容的分类的评论。 |
21:env
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
environment | env | 与采集地点相关的古环境 |
22:geo
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
environment | env | 采集遗址的古环境 |
tectonic_setting | tec | 采集地点的构造环境 |
geology_comments | gcm | 关于收集地点地质的一般评论 |
23:ref
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
primary_reference | ref | 与此记录关联的主要引用(作为格式化文本) |
24:resgroup
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
research_group | rgp | 与此馆藏相关的研究小组(如果有)。 |
25:ent
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
authorizer_no | ati | 授权输入此记录的人员的标识符 |
enterer_no | eni | 实际输入此记录的人员的标识符。 |
modifier_no | mdi | 上次修改此记录的人员的标识符(如果已修改)。 |
26:entname
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
---|
authorizer_no | ati | 授权输入此记录的人员的标识符 |
enterer_no | eni | 实际输入此记录的人员的标识符。 |
modifier_no | mdi | 上次修改此记录的人员的标识符(如果已修改)。 |
authorizer | ath | 授权输入此记录的人员的姓名 |
enterer | ent | 实际输入此记录的人员的姓名 |
modifier | mdf | 上次修改此记录的人员的姓名(如果已修改)。 |
27:crmod
字段名(pbdb) | 字段名(com) | 描述 |
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created | dcr | 创建此记录的日期和时间。 |
modified | dmd | 上次修改此记录的日期和时间。 |
格式
以下响应格式可用于此操作。必须通过向 URI 路径添加适当的后缀来为请求选择所需的格式。
术语表
术语表 | 名称 | 默认格式 | 描述 |
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PaleobioDB field names | pbdb | txt, csv, tsv | PBDB词汇表来自数据库中的基础字段名和值,并增加了一些新字段。在大多数情况下,使用此词汇表的响应将直接与从PBDB Classic接口下载的响应相比较。此词汇表是Text格式响应的默认词汇。 |
Compact field names | com | json | Compact词汇表是一组3个字符的字段名,旨在将响应消息的大小最小化。这是JSON格式响应的默认值。一些字段值被类似地简化,而其他字段值则被完整地传递。 |