【Python实例第12讲】谱系共聚类法

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这个例子演示如何产生一个数据集，并且用谱系共聚类法(Spectral Co-Clustering algorithm)对它进行双向聚类。所谓“双向聚类”，是指对变量和实例同时聚类。

这里，使用函数make_biclusters产生双向聚类的数据集。该函数产生的矩阵元素较小，但嵌入的双向类bicluster具有较大的值。然后随机重排矩阵的行和列，作为参数传递给算法。再重新排列这个随机重排的矩阵，使得biclusters邻接。这样一来就可以看出算法的准确程度了。

实例详解

首先，导入必需的库。

print(__doc__)

# Author: Kemal Eren <[email protected]>
# License: BSD 3 clause

import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt

from sklearn.datasets import make_biclusters
from sklearn.datasets import samples_generator as sg
from sklearn.cluster.bicluster import SpectralCoclustering
from sklearn.metrics import consensus_score

调用函数make_biclusters, 产生一个300行，300列的数据数组，该数组有一个用于双向聚类的固定对角块结构。预置5个biclusters, 5个标准差的高斯误