北京大学吴晓磊教授、聂勇博士团队的文章“Substrate availability and toxicity shape the structure of microbial communities engaged in metabolic division of labor”于2022年6月30日在mLife 正式上线。“代谢分工”是微生物相互作用和群落代谢策略的常见形式之一，但“代谢分工”群落如何构建与调控仍不清楚。该研究采用“自下而上”的合成生态学手段，提出了底物浓度和毒性强度调控代谢分工群落构建的定量预测原理，为“代谢分工”群落的构建机制与合成微生物组的理性设计提供了新的理论支持。
背景介绍
微生物代谢驱动着全球生物地球化学循环。在微生物群落中，一条代谢途径既可以由单一微生物种群来执行，也可以由不同种群间的分工合作来完成，即代谢分工（metabolic division of labor, MDOL），如氨氧化、厌氧甲烷氧化等重要代谢过程。然而，自然群落的复杂性为我们理解这种群体代谢行为带来了极大的困难。该研究采用“自下而上”的合成生态学方法，从理性的科学假设和简化的合成微生物群落出发，结合定量模型与实验推演，着手解析代谢分工群落构建的基本规律，为理解微生物互作如何驱动群落构建提供了新的角度。
研究假设
该研究以污染物降解过程中的两步代谢分工为例，构建了一种代谢分工的基本形式，即底物通过两种微生物的顺序代谢后，产生群落可利用的唯一营养物。在此框架下，该研究提出了底物浓度和毒性强度驱动群落构建的两个基本假设（图1）：(1) 提高底物浓度可促进整个代谢途径的代谢通量，增加代谢最终产物（微生物用于生长的碳源）的生产和泄漏，从而提高执行代谢分工第一步菌株的相对丰度（图1A）；(2)第一步菌株可通过底物转化而降低胞内的底物浓度，因此底物毒性的存在也会提高第一步菌株的相对丰度（图1B）。
图1 底物浓度和毒性强度驱动代谢分工群落构建的两个基本假设
科学发现
该研究首先构建了描述均质（well-mixed）环境中两菌代谢分工群落动态的常微分方程模型。通过大量的数学仿真分析验证了上述两个科学假设，并提出了基于底物浓度（s0）和毒性强度（θ）预测群落结构（第一步菌株的相对丰度，DF）的数学公式：
该研究进一步构建了降解毒性底物水杨酸的两菌合成微生物群落（图2A）。共培养实验结果表明，由数学分析获得的简单公式可精确预测合成群落在不同底物浓度下的构建情况（图2B和2C）。为了进一步探究代谢分工群落在具有空间结构（spatially structured）环境中的构建特征，该研究构建了基于个体的数学模型（individual-based model; 图3），并通过合成群落的空间表面培养实验进行验证。结果表明，上述简单公式也可推广应用于具有空间组装特征的微生物群落结构预测。
图2 数学规律可准确预测合成代谢分工微生物群落构建
图3 使用基于个体的模型（individual-based model）模拟代谢分工群落的群落动态
总结展望
将一条复杂代谢途径分配到不同微生物种群中，利用代谢分工实现高效、稳定代谢既是自然界常见的微生物代谢形式，也是一种重要的合成微生物组构建策略。定量预测和调控微生物群落（组）结构，对于合成微生物组的理性构建至关重要。该研究的结果表明，代谢分工群落的结构可以由简单的环境因子（如底物浓度与毒性）进行定量预测。这一发现为合成代谢分工微生物群落（组）的定向调控和从头构建提供了科学指导。
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https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mlf2.12025
引用本论文：Wang M, Chen X, Tang YQ, Nie Y, Wu XL. Substrate availability and toxicity shape the structure of microbial communities engaged in metabolic division of labor. mLife. 2022; 1: 131–145.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12025
作者信息
第一作者
王淼啸
作者单位：北京大学工学院，苏黎世联邦理工学院（ETH Zürich），瑞士联邦供水、废水处理与水体保护研究所（Eawag）
作者简介：王淼啸博士2021年毕业于北京大学工学院，现在瑞士苏黎世联邦理工学院“微生物系统生态学”(Microbial System Ecology)实验室从事博士后研究。主要研究方向包括：微生物间相互作用机制及其生态学意义，微生物群落构建及演化机制，合成微生物组的理性设计与构建原理。近5年作为科研骨干参与国家重点研发计划项目1项，国家重点研发计划课题1项，国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项目2项，国家自然科学基金面上项目2项。在ISME Journal, ISME Communications, mLife, Microbiology Spectrum等学术期刊上发表论文12篇，其中第一或通讯作者署名5篇，并获得3项发明专利授权。受邀在国际微生物生态学会（ISME in Diversity）会议、国际微生物生态与演化研讨会(Microbial Ecology and Evolution)等学术会议上作口头报告。
通讯作者
聂勇 助理研究员
作者单位：北京大学工学院
作者简介：北京大学工学院助理研究员。主要从事微生物石油烃代谢途径和调控分子机制、微生物群落构建理论与微生物相互作用机制研究。近年来利用定量生物学、合成生物学等方法研究微生物相互作用对复杂群落时空稳定性与功能的调控机制。曾获得“简浩然环境微生物基金”优秀论文奖、教育部自然科学二等奖、环保部“环境保护科学技术奖”三等奖。主持国家自然科学基金青年基金项目、面上项目3项；参与完成多项国家重点研发计划、“973”、“863”等项目。已在PNAS，ISME J，Energy and Environmental Science，mLife，Environmental Microbiology，Applied Environmental Microbiology，mSystems，Molecular Microbiology等期刊发表论文70余篇，获得授权发明专利8项。
通讯作者
吴晓磊 教授
作者单位：北京大学工学院
作者简介：北京大学工学院教授，博士生导师。杰出青年基金获得者。长期从事环境微生物群落结构分析与定向调控，环境微生物资源开发与污染治理与环境修复，污水治理与资源化，微生物采油等理论和技术的研究、开发和应用。已在Nature Communications, PNAS, The ISME Journal, Environmental Microbiology, Applied and Environmental Microbiology, Molecular Microbiology等杂志上发表论文180余篇。
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关于mLife
作为中国微生物学领域第一本综合性高起点英文期刊，mLife及时报道国内外微生物学领域高水平科研成果和前沿进展，为微生物学科研工作者搭建一个高水平的学术交流平台。
期刊网站：
http://mlife.im.ac.cn/
https://wileyonlinelibrary.com/journal/mLife
投稿网站：https://mc.manuscriptcentral.com/mlife
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