生信媛养成记—实验汪自学生信之路-biostar handbook

写在前面

我是生物专业背景,接触生信近十年,碰到过无数朋友説要跟我学生信,我每次都是推荐入门先学《小骆驼》+《鸟哥私房菜》+《ggplot2图形艺术》,然后就没有然后了。

虽然其中大部分人知道生信有用,有心想学,但每天实验到半夜累成狗,那有心情和时间自学编程,基本都没有读我推荐的书超过三页。此外,我要反思的是我推荐教材并不适多数人,反而把大家吓到了,不敢再学我生信。
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今天讲一个故事,“从入门到走火入魔,一个做湿实验的生物汪自学生物信息嬗变为生信媛的故事”。

封面美美的生物女博士,就是“生信媛”创始人,纯实验背景,自学生信一年,华丽变身生信媛。如果你想自学生信,不如照本文推荐的内容学习,应该比我之前推荐的方法好很多。

生物女博士还翻译整理了生信入门了经典教材《Biostar handbook》,并获原作者授权。想学生信的马上收藏吧,自学三月就能变身。

Biostar handbook

本课程的作者István Albert,是一名生物信息学教授,任职于宾夕法尼亚州立大学的,也是这个大学Bioinformatics Consulting Center 的主任。其课程深受学生欢迎,并于2014年因其出色的课程在宾夕法尼亚州立大学获得Paul M. Althouse Outstanding Teaching 的奖项。而这些学习资料结集为1本书——Biostar Handbook。同时主持Graduate Certificate Program in Applied Bioinformatics的开展等等多项工作。

另外,他是生信方面有名的网站Biostar(https://www.biostars.org/)的创始人。

详细导读见:
手把手教你入门生信——The Biostar Handbook

全部课程一共30节,翻译整理为15篇文章,只要坚持完成肯定会有极大收获。

Biostar课程目录

点击蓝色链接,学习详细内容。

《【课程预告】手把手教你入门生信——TheBiostarHandbook》by生物女博士

《课程1、2-Linux中生信分析常用命令入门》

《课程3、4-NCBI的EntrezDirect和SRAtoolkit的安装及使用》

《课程5、6-编写可重复使用的脚本》

《课程7、8-二代测序质控:fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk》

《课程9、10-测序文件的质控&在线序列比对》

《课程11、12-下载序列,建blast数据库以及本地blast》

《课程13、14-常用的mapping软件bwa&sam格式简介》

《课程15、16-samtools简介&利用readseq对GenBank文件格式转换》

《课程17、18-awk进行简单的编程&序列比对软件bwa和bowtie2》

《课程19、20-利用samtoolsmpileup和bcftools进行SNPcalling》

《课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释》

《课程23、24-SNPcalling》

《课程25、26-bedtools的安装和使用》

《课程27、28-RNAseq分析》

《课程29、30(大结局)-差异表达分析以及用ErmineJ做GO》

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