微生物组—宏基因组分析专题培训7月开课啦!北京

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在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子、宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》

课程简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立11个月,分享专业技术原创文章近200篇,关注人数20000+,累计阅读超2百万次。

为满足广大读者进一步学习的需求,现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程,进一步学习和交流宏基因组学分析技术,手把手带您快速入门、节约宝贵的时间,助力科研成果早日产出。

课程涉及主要内容如下:

一、宏基因组学概述

  1. 背景:国际微生物组、中国微生物组计划
  2. 研究对象:人、动物、植物、环境
  3. 研究方法:培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组……
  4. 宏基因组学的研究热点:培养组、肠菌与疾病、宏基因组关联分析(MWAS)、多组学联合分析……

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二、宏基因组测序原理和实验设计

  1. 测序发展史与原理
  2. 样品制备、实验重复和测序数据量的选择
  3. 正确设计实验组与正/负对照
  4. 样品制作和建库中的误区、注意事项
  5. 宏基因组分析SCI文章的常用套路
  6. 宏基因组与扩增子优缺点比较

三、宏基因组常用结果解读

  1. 原始数据评估、组装结果好坏的判断
  2. 基于基因丰度样品、组间差异展示:相关性、PCA、PCoA、CCA等结果怎么看
  3. 差异物种展示和功能通路结果常用图
  4. 圈图用场景:多层级比例、差异、基因拼接展示、分类功能基因来源分布等
  5. 韦恩图、三元图展示三组及多组间相同与不同
  6. 网络图与分组、环境因子相关的意义

四、宏基因组分析流程讲解及实战

  1. 实验设计的编写原则
  2. U/Vsearch扩增子分析流程——Windows笔记本也能轻松完成分析
  3. 基于PICRUST的16S预测宏基因组
  4. HiSeq数据的质控:fastqc, kneaddata Trimmomatic, MultiQC, khmer
  5. 物种和功能组成量:metaphlan2, humann2
  6. 宏基因组拼接和评估:megahit, SPAdes、quast
  7. 基于kmer样品和组间差异分析:sourmash
  8. 基因注释:Prokka、MetaGeneMark
  9. 构建非冗余基因集:cd-hit
  10. 基因丰度估计:bowtie2, bwa, salmon等方法快速基因丰度定量,后续可进行PCA、PCoA、CCA等整体组间差异比较;也可进一步进行edgeR、metastat、Lefse进行组间差异基因分析;
  11. 物种注释:获得非冗余基因集物种注释信息,结合第8步丰度值可进行组间差异物种分析;
  12. 基因功能分类注释:代谢通路(KEGG),同源基因簇(eggNOG)注释,结果8中丰度进行组间差异功能比较;

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五、高级分析与可视化实战

  1. R语言统计绘图与可重复计算
  2. 宏基因组中鉴定单菌(分箱bin):Maxin, metabin
  3. Bin结果评估及可视化:CheckM, VizBin
  4. 宏基因组可视化:Circos、Anvi’o
  5. 有参宏基因组分析:MetaPhlAn2、Humann2
  6. 在线绘图:Echart、METAGENassist
  7. 在线流程:MEGAN、MG-RAST、EBI-metagenome、
  8. 网络分析: igraph、WGCNA、Cytoscape
  9. 其它常用:Graphlan、Krona、iTol

你能得到时什么

深彻理解生物测序数据的基本思想

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宏基因组分析三种模式全面的解决方案,以及结果的统计分析

  • 16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
  • 宏基因组数据Humann2定量物种和功能
  • Denovo宏基因组拼接和binning
  • 结果的差异比较和可视化

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主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时,照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点,半封闭式教学
报到时间:开课当天课前半小时内

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 原价 6999 元/人,
    截止 2018-06-29 4199 元/人
    之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决,提供培训期间午餐)
  2. 名额有限,本次课程报名满40人后自动关闭报名通道,目前己有澳大利亚、广州、广西、武汉等30余名朋友报名,仅剩不到十个名额了。
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

暑期促销优惠活动

2018年6月底前报名且成功缴费的用户,不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序),更可同时享受如下四重优惠。

  1. 赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
  2. 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
  3. 多人(N,10>N>1)组团报名并同时缴费,每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
  4. 零元学习588元微生物扩增子实战分析,学员预先购买课程,待完成宏基因组线下课程者,返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。

*注意事项

  1. 需自备笔记本电脑,系统不限(推荐使用Windows 10系统,8G内存,Google Chrome浏览器)。课程实战练习提供云计算平台。
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊。
  3. 上课期间禁止录音,录像。
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款。
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
  6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/
点击阅读原文跳转报名页

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宏基因组相关学习资源

自学能力强、基础好的同学,如果把我们之前分享的资料全部掌握的话,应该可以自行解决本领域的绝大多数分析问题。

教程系列

有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用

统计分析及可视化
- Krona绘制物种或功能组成圈图
- microbiomeViz:绘制lefse结果中Cladogram
- MMinte:预测微生物群体内代谢物互作

如果基础知识体系不完善,自学存在困难的小伙伴,急时上车也是不错的选择。

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为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外1700+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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