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RSS订阅转载 iMetaOmics期刊 第1卷第2期 在线正式发布
点击蓝字 关注我们iMetaOmics期刊第1卷第2期 正式发布iMeta第1卷第2期封面：同一健康同一健康。“微生物学组“与”同一健康“理念的交叉融合，就像“易经”的阴阳理论，将会构架我们这个世界的完整图景。这将改变我们对传统生物学的认知，从新认识生物-微生物-生态互作的整体生物学，帮助我们获得生物学圣杯。对人体而言，饮食、药物、气候、森林砍伐、大气质量（PM2.5等）、传染病、生态污染...
2024-12-13 07:03:45
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转载 Nature | 美国河流微生物基因组数据库（GROWdb）
在当前全球环境变化的背景下，河流作为连接陆地与海洋的重要纽带，承载着关键的生态功能。然而，与海洋微生物研究的深入相比，河流微生物的功能性研究一直处于相对薄弱的地位。这一缺口促使科学家们发起了一项大胆的计划——通过科学努力，创建了覆盖90%美国水系的微生物基因组数据库（GROWdb）。这一数据库不仅为河流微生物研究开辟了新领域，也为生态保护和可持续水资源管理提供了强有力的数据支持。相关研究成果发表在...
2024-12-13 07:03:45
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转载 iMeta | 被引超5700次，发文229篇，平均引用25.04，百引耗时8天(2024/12/11)
iMeta 被引超5700次，发文229篇，平均引用25.4，百引耗时8天(2024/12/11)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年12月11日，iMeta 己发表论文229篇，被引5734次，平均引用25.04，百引耗时8天！其中，2024年引用3688次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月2...
2024-12-13 07:03:45
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原创 MicrobiomeStatPlot | 物种和基因Spearman相关网络分析
简介在分析物种和基因相关性，或者分析多界物种与基因或者其它因子的相关性时，常常用到Spearman相关性网络来展示多个分组之间的相关性。这里从实际案例出发，尝试用Gephi和R软件实现物种和基因的Spearman相关性网络分析。标签：#微生物组数据分析 #MicrobiomeStatPlot #物种和基因Spearman相关网络分析 #R语言可视化#Species and Gene Spe...
2024-12-12 07:05:56
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转载 iMetaOmics | 基因组所刘永鑫组-易扩增子(EasyAmplicon)：用户友好的扩增子测序数据分析指南...
点击蓝字 关注我们易扩增子(EasyAmplicon)：用户友好的扩增子测序数据分析指南iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.42●2024年11月20日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所刘永鑫团队在iMetaOmics在线发表了题为“Unveiling microbial com...
2024-12-12 07:05:56
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转载 iMetaOmics | 江苏省农科院植物细菌团队-解析中国梨火疫菌特征及溯源分析
点击蓝字 关注我们全基因组学揭示中国梨火疫菌株遗传变异、质粒多样性及溯源分析iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.44●2024年11月29日，江苏省农业科学院刘凤权、赵延存和巩培杰等在iMetaOmics在线发表了题为“Comparative genomic analysis of ...
2024-12-11 07:01:36
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原创 MPB | 中南大学刘学端、马丽媛组-基于16S测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析...
基于16S rRNA测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析Analysis of Microbial Community Composition on Sulfide Mineral Surface Based on 16S rRNA Sequencing and RT-qPCR黄珊珊1，马丽媛2, 3, *，刘学端1, 31资源加工与生物工程学院，中南大学，长沙，湖南；2环境学院...
2024-12-11 07:01:36
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转载 视频回放 | 程全-论文发表：知己知彼
iMeta讲坛 第17期论文发表：知己知彼更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用15000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 兰大张东组：使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析高引文章▸▸▸▸iMeta | 唐海宝/张兴坦-用于比较基因组学分析的多功能分析套件JCVI1卷1期1卷2期1卷...
2024-12-11 07:01:36
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转载 iMeta 高被引论文66篇(12月更新版)
iMeta高被引论文66篇2024年11月，科睿唯安官网发布了最新ESI高被引阈值。在微生物领域中，iMeta共发表高被引论文66篇，占总文章数的30%。iMeta 2022年发表文章58篇，高被引15篇；2023年发表文章75篇，高被引20篇，2024年发表文章88篇，高被引31篇。2022年高被引文章01 Sangerbox：交互、友好的整合临床生信分析平台Sangerbox: A compr...
2024-12-10 07:03:01
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原创 MicrobiomeStatPlot | 散点图教程Scatter plot tutorial
散点图简介散点图（Scatter Plot） 是一种统计图形，用于展示两个变量之间的关系。它通过二维坐标系中的点来表示观察数据，每个点的位置由两个变量的取值决定，横坐标表示自变量（X 轴），纵坐标表示因变量（Y 轴）。散点图的应用：相关性分析,判断两个变量之间是否存在某种关联，以及这种关联是正相关、负相关还是无关。模型拟合,通过观察散点图，可以选择合适的回归模型（如线性回归、非线性回归等）来拟合数...
2024-12-09 07:01:18
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转载 【线上研讨会预告】中山大学杨建荣教授带您领略高通量测序技术在耐药基因研究中的应用(12.12 10:00)...
邀请函尊敬的老师：您好！感谢您一直以来对贝瑞基因的关注与支持。我司将于2024年12月12日 10:00-11: 30举办线上研讨会。本次会议邀请到中山大学中山医学院杨建荣教授带来报告“对抗菌素耐药基因点突变表型效应的全覆盖高通量测定与进化预测”。敬请莅临！会议时间2024年12月12日10:00-11:30贝瑞基因科技服务2024年12月5日抗生素的发现是20世纪医学史上最辉煌的成就之...
2024-12-09 07:01:18
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原创 MPB | 中科院南土所褚海燕组-结构方程模型在土壤微生物生态学中的应用
结构方程模型在土壤微生物生态学中的应用 Applications of Structure Equation Modeling (SEM) in Soil Microbial Ecology杨腾1，褚海燕1,2,*作者单位：1.中国科学院南京土壤研究所，土壤与农业可持续发展国家重点实验室，江苏，南京；2.中国科学院大学，北京*通讯作者邮箱: hychu@issas.ac.cn引用格式：杨腾, 褚...
2024-12-09 07:01:18
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转载 2024菊花展开展(12.7-15中国农业科学院深圳综合试验基地)
点击蓝字关注我们盼望着，盼望着，一年一度的菊花展终于来啦！基因组所（大鹏湾实验室）2024菊花展将于12月7日至15日在中国农业科学院深圳综合试验基地展出。本届菊花展共展出菊花12万株，涵盖400余个品种，以切花菊和球菊为主。一簇簇一团团，色彩缤纷、形态各异的菊花开的正盛，延伸数亩，等待着你的到来。本次展出的除了多彩绚丽的菊花外，还有另外一种菊科植物——向日葵，也在此时开得正盛。放眼望去，宽大而饱...
2024-12-08 07:01:50
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原创 MPB | 山大倪金凤组-黄翅大白蚁后肠几丁质降解微生物的分离与培养
黄翅大白蚁后肠几丁质降解微生物的分离与培养Isolation and Cultivation of Chitin-degrading Microorganisms from the Hindgut of Macrotermes barneyi张硕1, #，蒋宇彤1, #，孙新新1, 2,，倪金凤1, *1微生物技术研究院，微生物技术国家重点实验室，山东大学，青岛市，山东省；2转化医学研究联合实验室...
2024-12-07 07:03:55
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转载 iMeta | 汤步富/罗鹏/黄昭-靶向SLC7A11增强肝细胞肝癌消融中的免疫反应
点击蓝字 关注我们靶向SLC7A11通过树突状细胞介导的抗肿瘤免疫反应提高肝细胞肝癌的射频消融疗效iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文:iMeta(IF 23.8)●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.248●2024年11月20日，复旦大学中山医院汤步富、南方医科大学珠江医院罗鹏和华中科技大学附属同济医院...
2024-12-07 07:03:55
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转载 收藏！2020-2024国家杰青、优青及首届杰青延续名单全汇总
杰青、优青基金是国家及各省市为促进青年科学和技术人才的成长，加速培养造就一批进入世界科技前沿的优秀学术带头人而特别设立的科学基金，是各个科研单位竞相争夺的青年科技人才。科奖在线对近5年（2020年-2024年）国家杰青、优青及首届杰青延续名单进行汇总整理，仅供参考：2024年度国家杰青、杰青延续资助、国家优青名单2024年度国家杰青名单汇总（来自公众号：科学家之家）2024年度国家优青名单汇总（来...
2024-12-07 07:03:55
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转载 iMetaOmics期刊 第1卷第2期封面：同一健康
点击蓝字 关注我们同一健康：“微生物学组“与”同一健康“理念的交叉融合，就像“易经”的阴阳理论，将会构架我们这个世界的完整图景。这将改变我们对传统生物学的认知，从新认识生物-微生物-生态互作的整体生物学，帮助我们获得生物学圣杯。对人体而言，饮食、药物、气候、森林砍伐、大气质量（PM2.5等）、传染病、生态污染、生活方式（旅游、锻炼等）等对人体与微生物组互作以及健康的影响，就像“易经“中的八卦，影响...
2024-12-06 07:04:51
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原创 MPB | 南农成艳芬等瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存
瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存Isolation and preservation of anaerobic fungi from the rumen徐尧1，成艳芬 1*，朱伟云1消化道微生物实验室，南京农业大学，江苏*通讯作者邮箱: yanfencheng@njau.edu.cn引用格式：徐尧, 成艳芬, 朱伟云. (2021). 瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存. // 微生物组实验手册.Bio-...
2024-12-06 07:04:51
873
转载 功能分析|clusterProfile包用于宏基因组学和代谢组学等多组学数据中的功能富集分析...
不定时分享科研干货，设置????就不会错过有用的内容啦，需要的小伙伴可以及时去文末领取今日份code~科研方法分享Sharing of scientific research methodsY叔团队2024年7月在Nature protocols发表“使用clusterProfiler 来表征多组学数据”，该文章通过3个例子包括代谢组学和宏基因组学数据中的功能富集分析、毛竹中与耐寒性有关的转录因子分析、...
2024-12-05 07:01:45
298
转载 PBJ | 染色体工程新篇章II—韩方普组应邀撰写植物染色体工程综述文章
20世纪80年代两位著名的小麦遗传学家Moshe Feldman和E.R. Sears提出“未来谷物改良的最大希望寄予野生基因资源的开发利用”(Feldman and Sears., Scientific American, 1981)。野生基因的利用引起广泛重视，上个世纪小麦远缘杂交的工作在全世界广泛开展，合成大量双二倍体。木原均(Hitoshi Kihara)最早提出染色体组概念并建立其分析方...
2024-12-05 07:01:45
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转载 中南大学郭朝晖/徐锐团队ES&T内封面:矿区水系沉积物中由光电子协助的微生物砷酸盐还原新机制...
中南大学郭朝晖/徐锐团队ES&T内封面:矿区水系沉积物中由光电子协助的微生物砷酸盐还原新机制第一作者：郭朝晖（中南大学冶金与环境学院教授）第二作者：曹杰（中南大学冶金与环境学院博士研究生）通讯作者：徐锐（中南大学冶金与环境学院副教授）通讯单位：中南大学冶金与环境学院合作作者：张洪林、何乐乐、高寒冰、朱霖翱、贾美莹、杨朝晖、熊炜平合作单位：湖南大学环境科学与工程学院、中南林业科技大学生命与环...
2024-12-05 07:01:45
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转载 iMeta | 被引超5600次，发文229篇，平均引用24.49，百引耗时5天(2024/12/3)
iMeta 被引超5600次，发文229篇，平均引用24.49，百引耗时5天(2024/12/3)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年12月3日，iMeta 己发表论文229篇，被引5608次，平均引用24.49，百引耗时5天！其中，2024年引用3578次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月26...
2024-12-04 07:04:18
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转载 iMeta公众号文章目录（2024.11.3）
列表目录iMeta—微生物组与生物信息顶刊iMeta高被引论文生物信息/微生物组期刊iMeta相关资讯iMetaOmics相关资讯iMeta最新文章中文版+视频iMetaOmics最新文章中文版+视频第3卷第5期(2024.10)第3卷第4期(2024.8)iMetaOmics 第1卷第1期(2024.9)第3卷第3期(2024.6)第3卷第2期(2024.4)第3卷第1期(2...
2024-12-04 07:04:18
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原创 MicrobiomeStatPlot | 桑基图教程Sankey plot tutorial
桑基图简介桑基图又称桑基能量分流图或桑基能量平衡图，是一种特定类型的流程图，是一种表现数据间包含和权重关系流向的统计图标，常见的布局形式有左右流向布局和上下流向布局，其中线条的粗细代表了数值的大小，线条的颜色代表不同的分支种类，通过线条流动的位置和归属，来表现各类别数据之间的包含关系。桑基图的起始流量和结束流量相同，所有主支宽度的总和与所有分出去的分支宽度总和相等，保持能量的平衡；各主支和分支不同...
2024-12-04 07:04:18
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转载 iMeta 讲坛17 | 前2%顶尖科学家程全-论文发表：知己知彼(陈汉清/杨华主持12月5日19点)...
iMeta讲坛 第17期论文发表：知己知彼01报告人简介程全 副主任医师中南大学湘雅医院程全，中南大学湘雅医院神经外科副主任医师，特聘副教授，博士生导师，目前以第一作者或通讯作者发表论文100余篇，总被引5020余次，H指数37，7篇为ESI高被引，2篇为ESI热点论文。2019-2023年全国神经外科领域学者论文学术影响力排名TOP10，全球2023年前2%科学家。目前担任国家、省自然科学基金、...
2024-12-04 07:04:18
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转载 中国科学院微生物所高程组合作揭示青藏高原草甸退化对丛枝菌根共生的影响...
近日，New Phytologist 刊登了中科院微生物所真菌学国家重点实验室高程等完成的研究工作“Xizang meadow degradation alters resource exchange ratio, network complexity, and biomass allocation tradeoff of arbuscular mycorrhizal symbiosis”题 ...
2024-12-03 07:01:45
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原创 MPB | 军科院杨瑞馥、毕玉晶等-培养组学方法优化(视频)
培养组学方法优化Optimization of Culturomics Methods常宇骁1，侯凤仪1, #，毕玉晶1, *，杨瑞馥1, *1军事科学院军事医学研究院，微生物流行病研究所，北京*通讯作者邮箱：byj7801@sina.com；13801034560@163.com#共同第一作者引用格式：常宇骁, 侯凤仪, 毕玉晶, 杨瑞馥. (2021). 培养组学方法优化. // 微生物组实验...
2024-12-03 07:01:45
961
转载 iMetaOmics | 上科大刘雪松组开发CD4 TCR特异性预测工具Pep2TCR
点击蓝字 关注我们Pep2TCR：通过迁移学习和集成方法准确预测CD4 T细胞受体结合特异性iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.43●2024年11月9日，上海科技大学刘雪松团队在iMetaOmics在线发表了题为“Pep2TCR: accurate prediction of C...
2024-12-03 07:01:45
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转载 iMetaOmics | 香港中文苏奇组-抗菌多肽开发中的见解: 一个多学科视角的观察
点击蓝字 关注我们抗菌多肽开发中的见解：一个多学科视角的观察iMeta主页：http://www.imeta.science综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.41●2024年11月5日，香港中文大学陈思哲和苏奇在iMetaOmics在线发表了题为“Insights into the identification of antimicrobia...
2024-12-02 08:19:53
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转载 报告 | 刘永鑫-iMeta系列期刊助力生命、医学、环境科研生态构建(南京大学12.2 14:30)...
更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用15000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法高引文章▸▸▸▸iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集 ...
2024-12-02 08:19:53
34
转载 JHM | IF12.2：河南农大王亚楠和许学斌、胡屹解密中国166家医院废水中耐药基因和质粒...
近日，河南农业大学动物医学院（国家动物免疫学国际联合研究中心）王亚楠与复旦大学公共卫生学院(公共卫生安全教育部重点实验室)胡屹、上海市疾病预防控制中心许学斌等合作，在Journal of HazardousMaterials（中科院一区Top，IF=12.2）发表了题为“Deciphering antibiotic resistance genes and plasmidsin pathoge...
2024-12-01 07:07:18
63
原创 MPB | 扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫样品采集及计数方法
反刍动物瘤胃原虫样品采集及计数方法Methods of Sampling and Counting of Ruminal Protozoa甄永康，高健，王梦芝*动物科学与技术学院，扬州大学，扬州，江苏*通讯作者邮箱：mengzhiwangyz@126.com 引用格式：甄永康, 高健, 王梦芝, 王洪荣. (2021). 反刍动物瘤胃原虫样品采集及计数方法. // 微生物组实验手册.Bio-10...
2024-12-01 07:07:18
744
原创 MicrobiomeStatPlot |环形柱状图教程Ring bar plot tutorial
环形柱状图简介环形柱状图（circular barplot）是将柱状图的柱子排列成环形的一种图表形式。它可以在视觉上给人以更具吸引力和不一样的展示效果，尤其适合展示带有周期性或循环性质的数据。例如，可以用来表示一天24小时内的活动模式、一年12个月的变化趋势等.与传统的柱状图不同，环形柱状图的柱子不是沿着水平或垂直轴排列的，而是沿着一个圆的周围排列。环形柱状图能在有限空间内展示更多的类别。标签：#...
2024-12-01 07:07:18
740
转载 NC｜南京土壤所梁玉婷组揭示基于交叉喂养的微生物铝耐受性机制
喹诺酮介导的代谢交叉喂养增强酸性土壤微生物功能菌群铝耐受性的机制Quinolone-mediated metabolic cross-feeding develops aluminium tolerance in soil microbial consortiaArticle，2024年11月22日，Nature Communications，[IF=14.7]DOI：https://doi.or...
2024-11-30 07:46:16
112
转载 天津大学乔建军团队在FEMS Microbiol.Rev发表综述：功能微生态系统的组装：从分子回路到群落...
背景介绍微生物总是以群落的形式存在，随着对微生物相互作用、生态和进化的更好理解，越来越多的研究正专注于工程化不同的微生物组。但由于生物系统的动态变化和微生物群落的复杂性，需要针对不同的应用设计相应的控制策略来调节、协调和稳定微生物群落。对各种微生物群落的调节可大致分为串扰策略和正交策略。串扰调控广泛存在于自然微生物生态系统中，如人类肠道生态系统中的细胞间通信，自然群体感应（QS）相关通路的分析可作...
2024-11-29 07:03:05
69
转载 iMeta | 被引超5500次，发文229篇，平均引用24.03，百引耗时3天(2024/11/28)
iMeta 被引超5500次，发文229篇，平均引用24.03，百引耗时3天(2024/11/28)根据 Dimensions 网站统计，截止2024年11月28日，iMeta 己发表论文229篇，被引5503次，平均引用24.03，百引耗时3天！其中，2024年引用3491次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线，至2022年9月2日获得100+次引用，耗时193天；2022年10月...
2024-11-29 07:03:05
31
转载 iMeta | 中山大学李文均组-朱雀菌门的混合营养生活方式
点击蓝字 关注我们宏基因组分析揭示朱雀菌门的混合营养生活方式iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文:iMeta(IF 23.8)●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.249●2024年11月23日，中山大学李文均、刘兰和焦建宇等在iMeta在线发表了题为“Metagenomic analysis sheds ...
2024-11-29 07:03:05
54
转载 iMetaOmics | 北京协和医院杨启文组-ramR基因突变增强免疫激活和依拉环素耐药性...
点击蓝字 关注我们ramR突变对增强肺炎克雷伯菌的免疫激活和提高对依拉环素耐药性的双重作用iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imo2.39●2024年11月9日，中国医学科学院北京协和医院杨启文课题组在iMetaOmics在线发表了题为“Dual role of ramR mutatio...
2024-11-29 07:03:05
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转载 iMeta 讲坛16 | 陈实富-高性能生信软件开发和开源实践(11.28晚7点线上)
iMeta讲坛 第16期面向产业的高性能生信软件开发和开源实践01报告人简介陈实富 正高级工程师中国科学院/海普洛斯陈实富，博士，正高级工程师。海普洛斯集团创始人、首席技术官，广东省肿瘤基因组学和肿瘤生物信息学工程技术中心主任。2019年深圳市青年科技奖获得者，以项目负责人身份获2022深圳科技进步奖，连续入选全球前2%顶尖科学家榜单（肿瘤学和生物信息学）和中国高被引学者（计算机科学）。开源项目组...
2024-11-28 07:01:43
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转载 《Nature Microbiology》| 双歧杆菌如何成为早期健康的关键
标题：Primary succession of Bifidobacteria drives pathogen resistance in neonatal microbiota assemblyDOI：10.1038/s41564-024-01804-9.作者团队通过对1,288名英国新生儿的纵向粪便宏基因组学研究，探讨了新生儿肠道微生物群的组装过程以及双歧杆菌作为初始定植者在塑造早期生命中微生...
2024-11-28 07:01:43
62
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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