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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

原创 宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事

注:点击文中蓝色链接,查看相关类型文章参考格式和内容。 公众号简介 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 本公众号每日推送,工作日...

2018-02-27 13:28:37

阅读数 168

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原创 纽约西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

宏基因组按:宏基因组学是近年最火的研究领域之一,表观遗传学更是十余年热度不减,而将两者很好的结合开创宏表观组的房刚老师绝对是本领域的大佬,两篇NB持续保持领先优势。作为本领域的同行,这项研究非常值得作为基础知识学习。而想在本领域做出创新的博士,一定不要错过这次千载难逢改变命运的机会,也许下一...

2018-02-27 00:50:58

阅读数 429

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原创 Cell:人体细菌到究竟有多少,再作报告必引此文

关于人体细菌与人体细胞的比例,有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。 以色列魏茨曼科学研究所的Ron Milo和Shai Fuchs教授2016年1月在Cell,发表的评论采用最新研究数...

2018-02-25 17:30:49

阅读数 1572

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原创 riverplot绘制桑基图

桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形,图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合,如可用于比较不同簇间关系,可以用来表示各个节点之间转换。 Sankey plots are a type of diagram that is convenient to illustrate how flow of ...

2018-02-22 16:09:48

阅读数 2782

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转载 R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记,原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan:伪码农,R语言爱好者,爱开源。 个人博客: https://ytlogos.github.io...

2018-02-18 13:34:20

阅读数 12949

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原创 ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线:突出展示组间物种丰度变化。 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种,最初开发用于代表网络结构的时间变化。 实例1. neuroscience coalesced from ot...

2018-02-17 14:47:48

阅读数 3202

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原创 R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介 刘永鑫,博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目...

2018-02-15 11:17:13

阅读数 715

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原创 Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows

windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全,虚拟机效率...

2018-02-11 23:04:18

阅读数 4950

评论数 1

原创 Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下 编辑:metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到:1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)一直是...

2018-02-10 22:39:33

阅读数 3916

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转载 使程序在Linux下后台运行,程序运行前后台切换

转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html,有修改。 一、为什么要使程序在后台执行 我们计算的程序都是周期很长的,通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务...

2018-02-08 17:54:18

阅读数 8260

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原创 视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换,不再为选择类型纠结 甚至是随心所欲的力导向布局图 今天不是带你来看图,而是带你画图的。只安成功安装recharts包,半...

2018-02-07 14:15:10

阅读数 1417

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转载 R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析–cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”,己获授权,宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ 对于有很多(成百上千)研究对象时,把对...

2018-02-06 20:50:28

阅读数 16073

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原创 宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路,零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络),老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但根本看不懂,更谈何对文章的全面理解。 本系列文章以数据分析中常用的8种图为例,包括:箱线图、...

2018-02-01 18:34:27

阅读数 1006

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原创 R堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化

作者:朱微金 李陈浩 堆叠柱状图连线画法 提出问题 18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图,添加组间各成分连线,可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图: 我在很多文章中也见过...

2018-02-01 18:32:41

阅读数 5433

评论数 2

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