2018年02月_刘永鑫Adam

原创宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事

注：点击文中蓝色链接，查看相关类型文章参考格式和内容。公众号简介宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前...

2018-02-27 13:28:37 509

原创纽约西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

宏基因组按：宏基因组学是近年最火的研究领域之一，表观遗传学更是十余年热度不减，而将两者很好的结合开创宏表观组的房刚老师绝对是本领域的大佬，两篇NB持续保持领先优势。作为本领域的同行，这项研究非常值得作为基础知识学习。而想在本领域做出创新的博士，一定不要错过这次千载难逢改变命运的机会，也许下一篇NB的一作会是你。话不多説，赶快看正文。还不了解这个前沿的领域，快阅读一下房老师宏表观组最...

2018-02-27 00:50:58 930

转载新年开工——相关性分析了解一下？

本文转载自“态昌基因”，己获授权。岁月不仅仅在你的脸上留下痕迹，还使你发胖~大哥大嫂过年好呀~春节过得怎么样呀，有没有被亲戚们的热情感动到啊看着长辈和晚辈们亲切的眼神此时的小昌只想发自肺...

2018-02-26 00:00:00 742

原创 Cell：人体细菌到究竟有多少，再作报告必引此文

关于人体细菌与人体细胞的比例，有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。以色列魏茨曼科学研究所的Ron Milo和Shai Fuchs教授2016年1月在Cell，发表的评论采用最新研究数据，对人体细菌和细胞数量重新计算的结果为接近1：1。目前发表2年，Google统计引用285次。...

2018-02-25 17:30:49 3491

原创人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？

关于人体细菌与人体细胞的比例，有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。以色列魏茨曼...

2018-02-25 00:00:00 1442

转载考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来

我们之前推荐的科普视频图文解读《肠道菌群在人体中的作用》中介绍了考拉这个靠吃屎长大才获得拥有吃桉树叶的惊人能力(母亲的便便拥有分解单宁的细菌)。今天推荐此文进一步供大家了解这个神奇的动...

2018-02-24 00:00:00 399

桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形，图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合，如可用于比较不同簇间关系，可以用来表示各个节点之间转换。Sankey plots are a type of diagram that is convenient to illustrate how flow of information, resources etc. separates and joins, mu...

2018-02-22 16:09:48 6616

转载 KEGG在线数据库使用攻略

本文转载自“美吉生物”，己获授权。KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功...

2018-02-22 00:00:00 14165 2

转载菌群与疾病的关系探讨之一：先有鸡还是先有蛋？

本文转载自“态昌基因”，己获授权。掐指一算，小昌也是有十几年菌群研究项目经验的老司机了，本以为做的多会的多，结果却是做得越多疑问越多，所以小昌对菌群研究的评价就是“这里的水很深啊”。很多...

2018-02-21 00:00:00 272

转载 R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记，原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw作者简介 Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/往期回顾一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubrR语言聚类分析–cluster, f...

2018-02-18 13:34:20 54036 3

原创 ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变化。实例1. neuroscience coalesced from other related disciplines to form its own field. From...

2018-02-17 14:47:48 10897

原创 R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前关注人数1.5万，累计阅读超百万。公众号：宏基因组(meta-genome)往期回顾扩...

2018-02-15 11:17:13 1550

转载土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难，却造就全球7千万后裔

中国文化充满了对饥饿的感悟，在传承千年的歌词诗赋之中，或是在老少皆知的革命记忆。现如今的我们也体会过饥饿的感觉，大抵是为了减肥熬了几天，嘴便馋得受不了。又或是看到饥荒的报道，会为屏幕那端...

2018-02-15 00:00:00 318

转载第一轮通知 | 5月11-13日，中国肠道大会！

创新亮点规模最宏大：三位院士领衔，众多国际国内大咖参会，讲者预计超过百位，参会人员预计突破2500人；学科最交叉：横跨临床诊疗、基础研究、产业转化、媒体传播等众多领域，充分体现肠道健康和...

2018-02-14 00:00:00 424

转载 Nature Reviews：全新的益生元定义和范围

本文转载自“态昌基因”，己获授权。不知道好学的你是不是被副标题吸引进来的，“膳食纤维属不属于益生元”为了延长你们的阅读时间，小昌决定向《歌*》节目中的 *涛导演学习一下，卖个关子，走...

2018-02-12 00:00:00 583

原创 Windows不用虚拟机或双系统，轻松实现linux shell环境：gitforwindows

windows缺少shell命令支持用过Linux服务器分析数据的小伙伴，一定对Linux强大Shell命令所折服，经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。还有想学习Linux Shell命令的小伙伴，一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全，虚拟机效率太低，服务器也是不每个人都会买的。现在方便了，Github推出了一款软件 gitforwind...

2018-02-11 23:04:18 8078 1

原创 Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。文中摘要提到：1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）一直是研究微生物多样性以及进化生物学系统发育树构建的标准标记基因。然而，由于SSU rRNA 数据库收录的全长SSU...

2018-02-10 22:39:33 9279

转载看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！

（本文仅适合有一定心理承受能力的成年人阅读）在描绘寄生生物的科幻作品中，恐怕《寄生兽》会是最有意思的一个。《寄生兽》中，来自宇宙的寄生生物大规模感染人类，他们蚕食人类的大脑，并寄生于...

2018-02-10 00:00:00 619

转载使程序在Linux下后台运行，程序运行前后台切换

转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html，有修改。一、为什么要使程序在后台执行我们计算的程序都是周期很长的，通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务器。所以使程序在后台跑有以下两个好处：1：我们这边是否关机不影响服务器的程序运行。（不会像以前那样...

2018-02-08 17:54:18 18094

转载原核转录组非编码RNA研究

本文转载自“美吉生物”，己获授权说到非编码RNA，可能大家会想到真核生物中miRNA 、lncRNA和circRNA。确实~“真核非编码RNA三剑客”现阶段进展突飞猛进，佳作不胜枚举。而...

2018-02-08 00:00:00 2728

原创视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面你见过随月份变化的温度拆线图你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图互联网中铺天盖地的词云线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结甚至是随心所欲的力导向布局图今天不是带你来看图，而是带你画图的。只安成功安装recharts包，半小时带实现以上全部图型。视频教程相关内容太多，文字传达不便，故录了一个小视频，帮助大家理解

2018-02-07 14:15:10 4011

转载 R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析–cluster, factoextra本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ对于有很多(成百上千)研究对象时，把对象分组是最常用的研究手段。而通过观察值进行聚类是非常有效的方法，可以按事物观察值有效的合理分组，再进一

2018-02-06 20:50:28 54043 8

原创堆叠柱状图各成分连线画法：突出展示组间物种丰度变化

堆叠柱状图连线画法提出问题18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》。其中的图3基于堆叠柱状图，添加组间各成分连线，可...

2018-02-06 00:00:00 2915

转载微生物样本取样及微生物基因组DNA提取建议

本文转载自“锐翌基因”，己获授权。想得到好的测序结果，首先得有个高质量的DNA样品，所以取样与DNA提取是大家普遍关心的问题。今天，给大家准备了各种微生物样本的取样和基因组DNA提取方法...

2018-02-05 00:00:00 5475

转载生信宝典文章集锦，你想看的都在

本文转载自“生信宝典”，己获授权。生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互...

2018-02-04 00:00:00 501

转载 R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

本文转载自“R语言中文社区”，己获授权。作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客:https://ytlogos.github.io/往期回...

2018-02-02 00:00:00 1701

原创宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路，零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)，老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。写在前面 (Introduction)很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但根本看不懂，更谈何对文章的全面理解。本系列文章以数据分析中常用的8种图为例，包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图等。通过结合具体实例来详细讲解，定能让你对此类文

2018-02-01 18:34:27 4386

原创 R堆叠柱状图各成分连线画法：突出展示组间物种丰度变化

作者：朱微金李陈浩堆叠柱状图连线画法提出问题18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》。其中的图3基于堆叠柱状图，添加组间各成分连线，可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图：我在很多文章中也见过，一直没有学会具体的做法。这回正好身边的人会做，就问了一个作者，结果回复是origin画的，有个选项就

2018-02-01 18:32:41 15905 4

原创你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1802)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众...

2018-02-01 00:00:00 267

刘永鑫的博客——宏基因组公众号