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2019-03-31 08:54:20
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转载 【疯狂的消化之旅】消化系统简介
本文转载自“消化界”,已获授权春节一过，单位的厕所里汇聚了来自全国各地的美食过年，堪称肠胃的重灾区，胡吃海塞一通后，各种消化系统问题就出来了……今天，我们就来讲一个，关于消化的故事：（图...
2019-03-31 00:00:00
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原创 2019微生物组—宏基因组分析技术研讨会第四期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年6月21-23日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第四期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习...
2019-03-31 00:00:00
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原创 WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
文章目录超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA序列聚类cd-hit基因预测ORF prediction蛋白COG注释作者简介参考文献猜你喜欢写在后面超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA撰文：周晗 中南大学审稿：刘永鑫 中科院遗传发育所（宏）基因组学是测序研究生物功能的新领域。如今测序技术一直在进步，成本也大幅下降，数据在大量增加，但数据分析是非常耗时的，并且（宏）基因组注释涉...
2019-03-30 21:00:54
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转载 东北大米为何如此好吃丨混乱博物馆
中国是水稻种植最重要的起源地。直到今天，依然有超过半数的中国人以大米为主食。水稻对于我们的意义，因而也常常超出一种普通食物的范畴，包含更多象征。比如长期以来宣传的著名农业科学家，几乎总是...
2019-03-30 00:00:00
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转载 人类的体温为何是37度丨混乱博物馆
我们已经太习惯自己的体温到视若无睹，除非中暑、发烧、寒冷，才懂得想念它。如果静下来思考我们的体温为何如此，会发现其中暗含着更加久远的故事：恒温动物异军突起，与变温动物争夺天下。这是一场考...
2019-03-30 00:00:00
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原创 Cell子刊：新生儿肠道微生物菌群研究
CHM：婴儿出生后第一年肠道微生物组的动态变化和稳定Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the F...
2019-03-29 00:00:00
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转载 微生物培养的福音：一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站！！！...
本文转载自“微生物生态”，己获授权，本平台编辑对内容进行测试和更新。今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站，网站名字叫KOMODO(Known Media Database)，没错，网...
2019-03-28 00:00:00
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原创 2019微生物组—宏基因组分析技术专题研讨会第四期
文章目录课程简介课程大纲一、分析平台搭建二、生信基础三、图表解读和绘制专题四、宏基因组学概述五、宏基因组学有参分析流程六、宏基因组无参分析流程七、高级分析与可视化实战学习完本课程，你能得到什么？主讲教师往期课程瞬间助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年6月21-23日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第四期，为大家提供一...
2019-03-27 06:59:28
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原创 Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
文章目录优先效应在生命早期肠道微生物组的装配中的作用热心肠日报摘要背景介绍图1.影响生态群落的四个过程生命早期肠道微生物组的装配扩散选择漂变多样化图2. 比较婴儿肠道中群落装配的假设模式婴儿肠道中的优先效应图3. 物种特征导致强烈优先效应的假设生命早期的物种池优先效应的影响图4. 有助于婴儿肠道定殖的微生物区域库的当地物种库未来研究的需要结论译者简介Reference拓展阅读译者简介猜你喜欢写在后...
2019-03-26 22:40:01
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原创 R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
文章目录柱状图用腻了？试试好看的弦状图弦图简介数据准备代码部分载入R语言包数据导入颜色设定画图保存以上图片Circlize包的所有参数(个性化设置)笔者个性化弦图作者简介猜你喜欢写在后面柱状图用腻了？试试好看的弦状图作者：郑伟 西北农林科技大学责编：刘永鑫 中科院遗传发育所弦图简介总体来讲，弦图是一种可视化微生物物种或基因相对丰度的方法。平时大多数时间我们看到的文章一般都用柱状图表示微生...
2019-03-25 17:03:38
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原创 NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库——处理未分类和并行分类(数据库文章阅读模板)
上方文章标题要求：包括杂志名缩写(一个词的杂志名不缩写，两个及上用实词首字母)和吸引人且有重要信息的语句，中间用中文冒号(：)分隔注：文中灰色部分（引用格式）为写作说明文字，帮助编辑规范Markdown语言创造笔记和完成必要的内容，在正式稿件中可删除目录[TOC]，用于把握全文的层级结构，方便导航；一般分为三级标题；一级为文章标题，二级为摘要、背景、结果、方法和结论等，三级为主要结果...
2019-03-25 06:47:43
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原创 Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
文章目录土壤微生物群落对有机/无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力摘要背景结果结论研究背景图1 矿质肥料和蔗渣的施用时间及本研究的主要结果研究结果土壤微生物多样性及组成多次脉冲扰动在时间序列上对土壤微生物群落的影响图2 蔗渣和氮肥施用后微生物群落组成动态与非生物因素有关的类群气候条件，土壤分析和二氧化碳排放图3 环境因子和微生物群落的冗余分析蔗渣微生物群落对土壤微生物群落的影响图4 施用蔗渣后土壤中蔗...
2019-03-24 22:13:13
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转载 东北大米为何如此好吃
本文转载自“混乱博物馆”,已获授权中国是水稻种植最重要的起源地。直到今天，依然有超过半数的中国人以大米为主食。水稻对于我们的意义，因而也常常超出一种普通食物的范畴，包含更多象征。比如长期...
2019-03-23 00:00:00
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原创 GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记
文章目录Graphlan可视化进化树GraPhlAn简介素颜vs美化认识软件参数分支控制，一般不做控制组合命令控制注释阴影的半径一般全局参数节点基本参数节点对应的形状节点注释枝条参数环参数进化树实战构建OTU丰度和物种文件说明准备需要展示的数据构建三列注释文件，主要是节点注释构建四列注释文件，主要是环注释总体环修饰 指标可以保存基本小修即可graphlan出图，三条命令三张图问题：分支节点未命名或...
2019-03-21 21:52:28
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原创 2019微生物组—16S扩增子分析培训第四期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年4月12-14日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第四期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学...
2019-03-21 00:00:00
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原创 PNAS：皮肤微生物群综合分析揭示人类皮肤的独特性并为其在哺乳动物的系统发育共生现象提供证据...
PNAS-综合分析皮肤微生物组揭示人类皮肤独特性并提供哺乳动物系统发育共生的证据Comprehensive skin microbiome analysis reveals the un...
2019-03-21 00:00:00
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原创 FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
宏基因组研究揭示大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维的能力撰文：和平鸽 中科院动物研究所责编：刘永鑫 中科院遗传发育所原文连接Guo W, Mishra S, Zhao J, Tan...
2019-03-21 00:00:00
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原创 MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析(高通量测序应用于病原体和害虫诊断——综述与实用性建议)...
高通量测序应用于病原体和害虫诊断——综述与实用性建议High‐throughput identification and diagnostics of pathogens and pes...
2019-03-21 00:00:00
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原创 MER：高通量测序应用于病原体和害虫诊断——综述与实用性建议
文章目录高通量测序应用于病原体和害虫诊断——综述与实用性建议译者的话摘要关键词1 前言2 新兴方法2.1 定量方法2.2 基因芯片2.3 高通量测序技术应用于物种鉴定2.4 宏基因组与宏转录组3 高通量技术应用于个体鉴定4 以活的生物为目标5 高通量测序方法的技术偏差6 基于高通量测序技术的实用性建议6.1 实验设计6.2 样品准备6.3 分子标记与引物选择6.4 扩增6.5 对照与重复6.6 数...
2019-03-20 17:09:00
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转载 AI科研绘图1：零基础入门和基本图形绘制
Adobe illustrator是一种应用于出版、多媒体和在线图像的工业标准矢量插画的软件，是一款非常好的图片处理工具，简称AI。作为一只实验狗，总要想办法展示自己的数据结果，漂亮的配...
2019-03-20 00:00:00
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原创 Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌(作者解读)
文章目录根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物叶际病原菌导读摘要背景结果和讨论1 病原菌影响的土壤对植物形态的影响2 叶部病原菌入侵对土壤细菌群落的影响3 病原菌侵染对植株分泌物的影响4 根系分泌物同植物抗病性的关系结论材料方法病原菌驱动土壤的培育处理土壤抗病性评估微生物样品收集和激素水平的测定PCR扩增和测序数据处理过程和下游分析使用PCR检测土壤中病原菌Pst土壤化学性质的测定根系分泌物收集和GC-M...
2019-03-19 20:09:41
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原创 德国耶拿大学植物微生物组实验室急招博士生项目，申请截止19年3月20日
文章目录Doctoral Researcher Position as part of the Jena Cluster of Excellence "Balance of the Microverse" (3.5 years, 65% TV-L E13):Project: The basis of resilience in leaf microbiota.We expect:We offer:...
2019-03-18 22:27:17
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转载 战斗在生物信息学前沿的科学“游击战士”—— 纪念郝柏林院士
本文转载自GPB官方公众号(GPBees)，已获授权 著名物理学家和生物信息学家、中国科学院院士、原理论物理研究所所长（任期：1990 - 1994）郝柏林教授于2018年3月...
2019-03-17 00:00:00
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转载 AI科研绘图2：模式图的基本画法
经过上次对基本元素和工具的学习（AI科研绘图（一）：零基础入门和基本图形绘制），我们基本上掌握了最常用和基础的工具的用法。在学术论文中常常需要添加一些简单的插图作为示意图，例如植物、细胞...
2019-03-17 00:00:00
1386
转载 中国肠道大会 | 3天日程，220+报告，肠道新知一次听够！
目录⊙大会的三大组织亮点⊙部分国内外参会大咖⊙日程及已确定嘉宾⊙热心肠之夜等精彩活动⊙拼房、组团参会等会务服务1大会的三大组织亮点亮点一：规模宏大，肠道新知一次就能听够我们为学术环节设置...
2019-03-16 00:00:00
353
转载 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
本文转自"宇宙实验媛"，已获授权说到动物模型，大家肯定都不陌生。仓鼠、豚鼠、大小鼠，谁不知道，没摸过鼠毛还没见过鼠跑吗？！很多微生物组学研究也都是依赖各种鼠模型完成的。但...
2019-03-14 00:00:00
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原创 2019微生物组—宏基因组分析专题培训第三期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年3月22-24日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第三期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学...
2019-03-13 00:00:00
835
原创 TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
文章目录植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁摘要植物-土壤在自然和农业系统中的反馈系统间的桥梁农业系统中的植物-土壤反馈:提高可持续性和生产力优化耕作制度抗病性和虫害控制资源利用效率自然系统中的植物-土壤反馈:生物多样性和生态系统功能管理解读复杂的植物-土壤相互作用扰动后生态系统的恢复力植物-土壤反馈的多功能性结束语及未来的挑战补充知识点参考文献猜你喜欢写在后面2018年《生态和进...
2019-03-12 22:02:14
6363
转载 Nature：要想真正研究宿主-肠道微生物的相互作用，必须将相对定量变成绝对定量...
本文转自“上海天昊生物”，已获授权英文题目:Quantitative microbiome profiling links gut community variation to mic...
2019-03-12 00:00:00
1883
转载 Peer J：整合高通量绝对丰度定量方法解析土壤细菌群落及动态
本文转自“上海天昊生物”，已获授权英文题目:Assessing soil bacterial community and dynamics by integrated high-thr...
2019-03-12 00:00:00
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原创 Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
文章目录微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展微生物比较基因组代谢途径致病机制次级代谢产物噬菌体操纵子/复制起点预测基因组可视化宏基因组多序列比对Reference猜你喜欢写在后面微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展原标题：Recent developments of software and database in microbial genomics ...
2019-03-11 10:23:58
2737
转载 第七届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛
第七届“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛会议简介 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛旨在加强从事 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者之间的联系，...
2019-03-11 00:00:00
482
原创 Microbiome：微生物组名词定义
文章目录微生物组相关词汇定义作者摘要Microbiota 微生物群Metataxonomics 宏分类组Metagenome 宏基因组Microbiome 微生物组Metabolomics 代谢组学Metabonomics 宏代谢组学Metatranscriptomics 宏转录组学Metaproteomics 宏蛋白质组用词不当和正确使用术语Reference猜你喜欢写在后面微生物组相关词汇定...
2019-03-10 22:06:15
12867
原创 Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布(一作解读)
主编按：大家还记得焦硕博士吧，2018年末在平台邀请下分享了其在《Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环》和《SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究》发表的两篇文章解读。2019年焦博士的另一篇一作Microbiome于2月1日上线，宏基因组邀请第一作者为大家继续带来原汁原味的中文一作解读。环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布Enviro...
2019-03-10 13:41:46
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转载 幽门螺杆菌感染会增加代谢综合征和糖尿病风险，竟然“男女有别”？
背景幽门螺杆菌感染是发展中国家常见的感染，其可导致胃肠道疾病，如消化性溃疡和胃癌等。幽门螺杆菌主要通过效应蛋白细胞毒素相关基因 A（CagA）和空泡细胞毒素A（VacA）影响宿主，其干扰...
2019-03-10 00:00:00
688
原创 Microbiome：芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)
文章目录日报文章思路总结摘要主要结果图1. 三类样本的细菌组成图2. 宏基因组中肠杆菌群体结构和丰度图3. 叶际和根际中肠杆菌科的核心微生物组图4. 芝麻菜抗性组评估图5. 可食用植物部分细菌的主要抗生素抗性结论材料方法样品取材扩增子测序与肠杆菌16S基因片段处理样品准备16S扩增与测序生物信息方法处理序列宏基因组测序和分析样品准备宏基因组测序序列质量控制比对参考序列序列组装物种和功能分析抗生素抗...
2019-03-09 22:22:49
16326
转载 等我搞研究发财了，我就......
来源丨小木虫（emuchnet）01 "等我搞研究发财了，就和你离婚"他淡淡地说。听完后，她心里暖暖的，她想，没有比这更天长地久，海枯石烂的承诺了。—2017年度...
2019-03-09 00:00:00
228
转载 起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅
本文经授权转发自微信公众号「新原理研究所」（ID：newprincipia）在过去的100年间，我们的宇宙观发生了天翻地覆的变化。曾经我们以为宇宙是亘古不变的，但现在我们知道，它诞生于1...
2019-03-09 00:00:00
249
转载 生命简史
本文经授权转发自微信公众号「新原理研究所」（ID：newprincipia）你一定也曾好奇过，地球上的生命究竟是如何起源和演化的？它又是如何从简单的原核细胞不断地演化成复杂的多细胞？如此...
2019-03-09 00:00:00
223
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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