扩增子分析
宏基因组扩增子分析,主要包括16S, 18S,ITS序列的高通量分析。主要基于Shell脚本,结合python、R相关软件包,实现大数据的分析,生成可操作表格。
刘永鑫Adam
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播,在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇,被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,14万+同行关注,分享原创文章3千余篇,累计阅读量超3千万,打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台,免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘,欢迎投稿。
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QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.11)
文章目录前情提要引用QIIME 2引用插件检索特定于插件的引用 Retrieving plugin-specific citations使用来源追溯列出引用 Using provenance to list citations方法描述和引用示例Example methods descriptions不好的方法部分 A bad methods section方法描述模板 A good methods sectionReference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微原创 2020-05-26 19:18:04 · 1622 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 31名词Glossary(2020.11)
文章目录前情提要名词解释Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析5粪菌移植分析练习FMTMicrobiome:粪菌移植改善自闭症6沙漠土壤分析Atacama soilmSyste原创 2020-05-25 20:18:08 · 785 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.11)
文章目录前情提要补充资源 Supplementary resources教学内容 Educational content应用生物信息学导论肠道检查:探索身体中的微生物群系微生物生态学统计分析指南译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome原创 2020-05-24 16:20:36 · 659 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.11)
文章目录前情提要数据资源 Data resourcesq2-feature-classifie使用的分类学分类器标记基因参考数据库Greengenes (16S rRNA)数据库的各种版本及下载链接如下:Silva (16S/18S rRNA)数据库UNITE (fungal ITS)数据库微生物组生物信息学评估 Microbiome bioinformatics benchmarking公共微生物组数据 Public microbiome dataSEPP多序列比对参考数据库 reference data原创 2020-05-22 10:11:01 · 3639 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 28社区Community(2020.11)
文章目录前情提要社区 Community论坛 QIIME 2 Forum用户支持 User Support技术支持 Technical Support社区插件支持 Community Plugin Support一般讨论 General Discussion开发人员讨论 Developer Discussion社区贡献 Community Contributions公告内容 Announcements其他生物信息学工具 Other Bioinformatics Tools想法和建议 Ideas and Su原创 2020-05-21 20:43:14 · 648 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.11)
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QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.11)
文章目录前情提要为QIIME 2开发新插件概述Overview插件组件Plugin components定义功能Define functionality创建一个函数并注册为方法 Create a function to register as a Method创建一个可视化函数 Create a function to register as a Visualizer开发插件的实例Instantiating a plugin注册一个动作 Registering an Action注册一个方法 Registe原创 2020-05-19 22:26:33 · 659 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins(2020.11)
文章目录前情提要可用插件alignment对齐:[用于生成和处理序列对齐](https://docs.qiime2.org/2020.2/plugins/available/alignment/)composition:[用于组成型分数据分析](https://docs.qiime2.org/2020.2/plugins/available/composition/)cutadapt:[用于从序列数据中除去接头,引物和其他不需要的序列](https://docs.qiime2.org/2020.2/plug原创 2020-05-18 12:29:32 · 865 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.11)
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QIIME 2教程. 23图形界面q2studio(2020.11)
文章目录前情提要图形界面`q2studio`Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析5粪菌移植分析练习FMTMicrobiome:粪菌移植改善自闭症6沙漠土壤分析Atacama s原创 2020-05-16 20:48:17 · 1753 阅读 · 0 评论 -
NatureProtocols:使用MicrobiomeAnalyst统计和功能分析微生物组数据
文章目录使用MicrobiomeAnalyst进行微生物组数据的全面统计、功能和元分析摘要背景Introduction分析流程和界面设计图1 MicrobiomeAnalyst工作流程概述。图2 全面的数据分析和报告生成与其他网页工具比较表1 比较MicrobiomeAnalyst和其他三种网页工具对微生物组数据分析的流程局限性实验设计综合分析16S rRNA丰度数据基因丰度数据的功能分析和网络可...原创 2020-03-23 21:09:50 · 5226 阅读 · 1 评论 -
16S扩增子数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能
文章目录简介开始前准备:注册/登陆新建BioProject数据上传批量提交样本信息01 提交者信息02 基本信息03 样本类型04 样本属性05 元数据信息实验样品信息测序样品信息06 文件上传07概况信息常见问题数据上传速度扩增子数据格式,单端或双端,是否包含引物和接头猜你喜欢写在后面简介GSA是Genome Sequence Archive的缩写,即基因组序列存档,由中科院基因组所主办。...原创 2020-02-20 15:55:47 · 3376 阅读 · 0 评论 -
微生物组-扩增子16S分析研讨会(2020.1)
文章目录课程简介课程大纲一、生信基础知识和技巧二、图表解读和绘制三、扩增子基础和分析流程四、可重复计算和统计绘图五、功能预测和机器学习六、网络和环境因子分析往期精彩回顾主讲教师刘永鑫 中科院遗传发育所 工程师陈同 易汉博基因科技 CEO周欣 中科院微生物所 博士在读助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2020年1月3-5日北京推出《...原创 2019-11-05 09:46:22 · 2044 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2020.11)
文章目录前情提要Python命令行模式Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome Biology:人体各部位微生物组...原创 2019-10-31 17:14:09 · 1711 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 21进化树推断q2-phylogeny(2020.11)
文章目录前情提要图形界面`q2studio`Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome Biology:人体各部位微...原创 2019-10-31 12:40:22 · 2749 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 20实用程序Utilities(2020.11)
文章目录前情提要命令行界面`q2cli`基本用法 Basic usage开启命令行补全Enable command-line tab completionBashZsh验证标签页完成 Verify tab completionReference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Inst...原创 2019-10-31 09:18:29 · 1210 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 19使用q2-vsearch聚类ASVs为OTUs(2020.11)
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QIIME 2教程. 18序列双端合并read-joining(2020.11)
文章目录前情提要序列双端合并的另一种方法`read-joining`数据下载序列合并查看合并序列的数据质量和摘要序列质控Deblur查看Deblur特征表导入双端合并的序列导入序列查看导入含质量读长数据的摘要Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作...原创 2019-10-30 17:09:28 · 4529 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体q2-vsearch(2020.11)
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QIIME 2教程. 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal(2020.11)
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QIIME 2教程. 15样品分类和回归q2-sample-classifier(2020.11)
文章目录前情提要预测样本元数据`q2-sample-classifier`预测样本分类**基于模型来预测样品**预测样本连续型元数据嵌套交叉验证为所有样本提供预测**分类的验证和可视化****回归的验证和可视化**最佳实践:不应该使用`q2-sample-classifier`做的事情Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析...原创 2019-10-28 11:43:48 · 1409 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 14数据评估和质控q2-quality-control(2020.11)
文章目录前情提要数据评估和质控`q2-quality-control`下载数据基于对齐过滤序列质量评估已知组成的样品评估序列质量Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微...原创 2019-10-26 20:17:48 · 2224 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 13训练特征分类器Training feature classifiers(2020.11)
文章目录前情提要训练特征分类器下载并导入参考序列提取参考序列训练分类集测试分类集分类真菌ITS序列Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving Pic...原创 2019-10-25 14:25:08 · 4355 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 12数据筛选Filtering data(2020.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 12数据筛选下载实验相关数据过滤特征表按数据量过滤偶然因素的过滤基于标识符的过滤基于元数据的筛选基于物种过滤表和序列过滤序列过滤距离矩阵Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老...原创 2019-10-24 12:34:29 · 5339 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 11元数据Metadata(2020.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV行话和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据译者注:元数据编写注意事项使用元数据使用QIIME2对象作为元数据**合并原数据**探索特征元数据Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可...原创 2019-10-23 09:26:02 · 4567 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2教程. 10数据导出Exporting data(2020.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome...原创 2019-10-22 09:28:17 · 4199 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.11)
声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,请阅读英文原版 https://docs.qi原创 2017-08-04 23:16:24 · 6360 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 08差异丰度分析gneiss(2020.11)
点击上方蓝色「宏基因组」关注我们!专业干货每日推送!声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时原创 2017-08-04 23:05:07 · 4620 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2教程. 07Cell帕金森小鼠Parkinson‘s Mouse(2020.11,最佳实战)
QIIME2. 7元数据 Metadata in QIIME 2本节分析需要完成1QIIME2安装和2分析实战Moving Picture。什么是元数据Metadata元数据是实验设计的描述信息表或统计结果,是分析原始数据必须的基本信息。 元数据是从原始数据中获得生物学发现的关键。在QIIME2中,样品的元数据包括技术细节,如DNA条形码用于区分样品、样品描述,如分类、时间点、取样部分等。对于特征原创 2017-08-03 19:48:44 · 7782 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2020.11)
科学网对Markdown排版支持较差,对格式不满意的用户请跳转至 CSDN 或“宏基因组”公众号阅读;声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chin原创 2020-12-27 16:39:10 · 7586 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT)(2020.11)
声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新 阅读英文原版 https://docs.原创 2017-08-02 22:20:39 · 6015 阅读 · 2 评论 -
QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2020.11)
声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新阅读英文原版 https://docs.qi原创 2020-12-24 23:50:22 · 20573 阅读 · 6 评论 -
QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)
声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新阅读英文原版 https://docs.qi原创 2017-07-26 14:51:07 · 8223 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2020.11)
本文主要内容翻译自QIIME2官方教程 https://docs.qiime2.org/2017.6/tutorials/moving-pictures/ ,根据自己的服务器环境Ubuntu 16.04,添加或修改部分代码,并添加自己的理解。启动QIIME2对于上文扩增子分析QIIME2. 1简介和安装提到了两种常用安装方法,我们每次在分析数据前,需要打开工作环境,根据情况选择对应的打开方式。# 创原创 2017-07-16 15:09:04 · 22989 阅读 · 3 评论 -
QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.11)
QIIME2 https://qiime2.org/简介QIIME2是微生物组分析软件QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版),全部python3全新编写,并于明年全面接替QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)。优点更易于安装:QIIME1的安装让无数生信人竞折腰,现在官方发布了docker,下载即可运行;使用方法多样:支持命令原创 2017-07-14 12:43:16 · 82343 阅读 · 87 评论 -
宏基因组扩增子3统计绘图:中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图)
本网内容首发“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号阅读注:文为蓝色字均为文章链接,可点击直达写在前面优秀的作品都有三部分曲,如骇客帝国、教父、指环王等。扩增子系列课程也分为三部曲:第一部《扩增子图表解读》:就是本文中的内容,加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析流程》:学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》原创 2017-08-30 10:33:02 · 14882 阅读 · 6 评论