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刘永鑫Adam
刘永鑫，中国农科院基因组所研究员，iMeta期刊执行主编，宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播，在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇，被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著，由300多位同行参与，共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号，14万+同行关注，分享原创文章3千余篇，累计阅读量超3千万，打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台，免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘，欢迎投稿。
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riverplot绘制桑基图
桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形，图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合，如可用于比较不同簇间关系，可以用来表示各个节点之间转换。Sankey plots are a type of diagram that is convenient to illustrate how flow of information, resources etc. separates and joins, mu...原创 2018-02-22 16:09:48 · 6955 阅读 · 0 评论 -
R画月亮阴晴圆缺：corrplot绘图相关系数矩阵
今天是十五元宵节，即是和家人团聚的机会，也是赏月的好日子。 但作为科研汪的我，在狗年应更加努力，争取在狗年旺旺，从加班狗中脱颖而出。分享一个相关分析可视化实战，祝大家元宵节快乐！先给大家送一个我画的假蓝月亮，不管你看着像不像，反正我觉得像。之前我们分享了关于相关分析的原理，还有ggcorrplot包的使用。相关性分析方法基础：Spearman、Kendall和Pear...原创 2018-03-01 22:10:22 · 24744 阅读 · 3 评论 -
用ggvegan包进行db-RDA微生物环境因子分析
本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下 编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。β多样性是指在地区尺度上，物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即沿着某一环境梯度，物种替代的速率、物种周转率等。排序的过程是将样品或微生物物种排列在一定的空间， 使得排序轴能够反映一定的生...原创 2018-03-19 20:40:29 · 16461 阅读 · 3 评论 -
你知道R中的赋值符号箭头和等号的区别吗？
作者：陈亮 单位：中国科学院微生物研究所你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？作为一门高级语言，R语言拥有独特的语法，比如今天说道的赋值符号。在其他语言里，赋值符合通常用一个等号(=)表示，而在R语言里，承担这个任务的可以是箭头(<-)符号，也可以是等号（=）。这就导致许多R语言初学者，分不清R语言中的赋值到底是使用箭头（<-）还是等号（=）？许多早...原创 2018-04-09 20:05:05 · 13827 阅读 · 1 评论 -
多元回归树分析Multivariate Regression Trees，MRT
作者：陈亮单位：中国科学院微生物研究所多元回归树分析多元回归树（Multivariate Regression Trees，MRT）是单元回归树的拓展，是一种对一系列连续型变量递归划分成多个类群的聚类方法，是在决策树(decision-trees)基础上发展起来的一种较新的分类技术。同一般回归模型一样,MRT也需要因变量(响应变量，群落学中一般是物种数据)和自变量(预测变量，一般为...原创 2018-04-09 21:37:01 · 13917 阅读 · 13 评论 -
水稻微生物组时间序列分析精讲1-模式图与主坐标轴分析
写在前面上周五我们分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》的文章，大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言，累计收到41个小伙伴的留言求精讲。我们也争取花时间把此文的原始代码整理并精讲，祝有需要的小伙伴能有收获。本系列按原文4幅组图，共分为4节。本文是第一节，模式图与主坐标轴分析。先回顾一下图1的内容。图1. 水稻根系微生物随时间变化吗？...原创 2018-04-19 14:36:13 · 3338 阅读 · 5 评论 -
RandomForest：随机森林预测生物标记biomarker——分类
随机森林简介R randomForest包安装与加载分类Classification分类结果主坐轴分析随机选取2/3预测，1/3验证无监督分类分层抽样Reference猜你喜欢写在后面随机森林简介如果读者接触过决策树（Decision Tree）的话，那么会很容易理解什么是随机森林。随机森林就是通过集成学习的思想将多棵树集成的一种算法，它的基本单元...原创 2018-04-24 22:22:49 · 10735 阅读 · 0 评论 -
RandomForest：随机森林预测生物标记biomarker——回归
关于随机森林的简介和应用理论，请阅读之前分享的文章：一文读懂随机森林在微生态中的应用关于随机森林进行分类的入门实战，请阅读 之前分享的 - 《RandomForest：随机森林预测生物标记biomarker——分类》，大家可以学习此文，实现分组挖掘两组或多组的特异Features，也可以展示特征的贡献度，获得分类评估的准确度，以及使用新数据进行预测，无监督的随机森林等基础技能。...原创 2018-04-30 23:54:49 · 7906 阅读 · 1 评论 -
R中控制输出数值的小数点位数round，和有效数字位数signif
小数点位数roundround(x, n) # x为数字、n为保留的位置 示例> x=3.1415926> round(x,3)[1] 3.14如果位数太长，需要科学计数法时，用round会自动变零，不适合> y=0.000000000013> round(y,3)[1] 0有效数字倍数signifsignif(y, n) # y为数字、n为保留的位置 示例> y=0.000000000原创 2017-11-06 09:56:14 · 51742 阅读 · 2 评论 -
一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
本文转载自“EasyChart”，己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggplot2的部分语法是很晦涩的。为此Alboukadel Kassambara创建了基于ggplo转载 2017-12-27 12:34:10 · 7994 阅读 · 1 评论 -
R语言聚类分析--cluster, factoextra
R语言聚类分析–cluster, factoextra本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ对于有很多(成百上千)研究对象时，把对象分组是最常用的研究手段。而通过观察值进行聚类是非常有效的方法，可以按事物观察值有效的合理分组，再进一转载 2018-02-06 20:50:28 · 55110 阅读 · 8 评论 -
视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形
写在前面你见过随月份变化的温度拆线图你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图互联网中铺天盖地的词云线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结甚至是随心所欲的力导向布局图今天不是带你来看图，而是带你画图的。只安成功安装recharts包，半小时带实现以上全部图型。视频教程相关内容太多，文字传达不便，故录了一个小视频，帮助大家理解原创 2018-02-07 14:15:10 · 4352 阅读 · 0 评论 -
R语言交互式可视化包CanvasXpress
作者简介刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前关注人数1.5万，累计阅读超百万。公众号：宏基因组(meta-genome)往期回顾扩...原创 2018-02-15 11:17:13 · 1620 阅读 · 0 评论 -
ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram
感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变化。实例1. neuroscience coalesced from other related disciplines to form its own field. From...原创 2018-02-17 14:47:48 · 11208 阅读 · 0 评论 -
R语言添加p-value和显著性标记
R语言添加p-value和显著性标记，原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw作者简介 Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/往期回顾一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubrR语言聚类分析–cluster, f...转载 2018-02-18 13:34:20 · 55460 阅读 · 3 评论 -
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文
关于测试数据共享文件声明百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改为jpg才通过审核)时为避免被和谐，采用后台回复获取可更新下载链接的方式。而扩增子、宏基因组、网络教程的测序数据为方便大家使用，直接将链接贴在正文中，半年来累计下载转存超过5000次，为大家参考格式准备数据、自学分原创 2018-01-16 00:04:41 · 14523 阅读 · 0 评论 -
比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord
线性判别分析LDA线性判别分析，英文Linear Discriminant Analysis, 以下简称LDA。LDA在模式识别领域（比如人脸识别，舰艇识别等图形图像识别领域）中有非常广泛的应用，在生物学大数据研究中同样也有广泛应用，比如前几个月的Sicence封面文章哈扎人菌群研究就使了此方法，因此我们有必要了解下它的算法原理[1]。LDA的思想LDA是一种监督学习的降维技术，也原创 2018-01-07 09:15:40 · 9550 阅读 · 2 评论 -
16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun
之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： - PICRUSt预测宏基因组： 优点是高引流行，但缺点是数据太旧，GreenGene数据库13年5月后再无更新。 - FAPROTAX预测元素循环：主要基于物种名预测元素循环相关功能。 - bugbase预测细菌表型：主要原创 2018-01-03 09:46:18 · 18777 阅读 · 6 评论 -
ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品
ggrepel解决标签之间重叠问题简介有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少也需要6次以上生物学重复，如人类这种无法控制基因型和生活环境的研究对象，实验组至少30个起才容易发现有统计为意义的差异菌。而在样品比较、样品筛选时又必须看清这些点名字，用于筛选掉一些记录错误、未报抗生素使用或隐性疾病等原创 2018-01-02 20:13:12 · 12555 阅读 · 1 评论 -
ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+主成分丰度和相关
写在前面https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接，点开一看居然是一条命令出帅图，真是太实用了。我立即使用本领域的OTU表上进行了测试，效果很好，现分享给大家，欢迎大家留言补充。ggbiplot简介ggbiplot是一款PCA分析结果可视化的R包工具，可以直接采用ggplot2来原创 2017-12-21 14:27:36 · 60307 阅读 · 9 评论 -
编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
写在前面个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。之前分享过我个人的Shell语言和Perl语言脚本写作模板，今天再分享一下我的R语言模板，一次性解决困扰新手的众多问题，如包安装、命令行参数解析、文件读取、Anova组间统计和箱线图展示、表格和矢量图输出等原创 2018-01-18 22:54:04 · 3950 阅读 · 0 评论 -
R堆叠柱状图各成分连线画法：突出展示组间物种丰度变化
作者：朱微金 李陈浩堆叠柱状图连线画法提出问题18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图，添加组间各成分连线，可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图：我在很多文章中也见过，一直没有学会具体的做法。这回正好身边的人会做，就问了一个作者，结果回复是origin画的，有个选项就原创 2018-02-01 18:32:41 · 16462 阅读 · 4 评论