刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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NAR:gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

文章目录gcMeta全球微生物组数据存储和标准分析平台导读摘要正文图1.用户数据管理、分析及发布流程图2.数据库结构表1.平台内置工具图3.用户界面展示图4.gcMeta的工作流程图5.数据分析及可视化系统图6.系统结构中科院微生物所新闻稿Reference猜你喜欢写在后面 gcMeta全球微生...

2018-11-10 16:50:38

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CNS接连发文背书,原来生姜这么神奇

CNS接连发文背书,原来生姜这么神奇 作为中国人,我们都知道,常吃姜对身体好,自古就有喝姜汤驱寒治感冒等食疗方法,但究竟怎么个好法,为什么好,恐怕还真说不出个一二三,近期,国际著名期刊接连发文,给生姜背书——厉害了,Word姜。 调节肠道菌群 路易斯维尔大学的科研人员发表在Cell Host &...

2018-11-08 22:08:22

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Microbiome:16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响 Quantification of variation and the impact of biomass in targeted 16S rRNA gene sequencing studies Microbiome, [9.133] 原文链接: h...

2018-11-07 10:07:38

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Nature Protocols:整合高通量组学数据集鉴定潜在机制联系的计算框架

文章目录整合高通量组学数据集鉴定潜在机制联系的计算框架导读摘要关键点知识点1. 原始数据的序列处理和和输出文件图1. 整理人类表型、血清代谢组和肠道微生物组数据方法的流程图表1. 基于数据和知识的降维方法知识点2. 驱动物种分析背后的原理图2. leave-one-MGS-out方法鉴定驱动物种的...

2018-11-07 09:47:38

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Microbiome:高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫

文章目录高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫导读摘要主要结果表1. 引物的特征和特异性图1. 方法流程图表2. 生物或环境样本中单细胞真核和寄生虫鉴定的示例图2. 重建扩增序列与NCBI中序列的进化树方法PCR引物设计电子评估总结猜你喜欢写在后面 高通量测序全面检测生物或环境...

2018-11-04 19:53:19

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NAR:人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病

文章目录人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病导读摘要主要结果图1. 人类虚拟代谢(VMH)数据库概览图2. VMH的主要功能预览表1. VMH链接的数据库列表和简介猜你喜欢写在后面 人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病 The Virtual Metabolic ...

2018-11-04 18:14:07

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Nature Method :Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据

文章目录Striped UniFrac微生物组大尺度分析算法简介导读正文图1. 算法描述和性能评估结果如何使用猜你喜欢写在后面 Striped UniFrac微生物组大尺度分析算法 Striped UniFrac: enabling microbiome analysis at unpreced...

2018-11-04 18:04:11

阅读数:128

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原来益生菌是这么搞定致病菌的

原来益生菌是这么搞定致病菌的 众所周知,益生菌对人体有多种益处,尤其是可以帮助我们战胜致病菌,成为我们人类的抗菌贤内助,但如何战胜致病菌的机制还不是特别明确,近期,美国学者在著名的《Nature》杂志上发表题为《Pathogen elimination by probiotic Bacillus ...

2018-11-03 08:30:36

阅读数:139

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Nature Method:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析

文章目录HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析简介热心肠日报导读摘要主要图表图1. HUMAnN2分层式搜索在同类软件中准确率最高图2. 人类核心微生物组的贡献多样性图3. 海洋浮游生物界温跃层相关微生物的酶图4. HUMAnN2实现宏转录组定量和多组学整合总结Reference猜...

2018-11-02 15:28:02

阅读数:101

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Microbiome:土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环(一作解读)

文章目录引言实验设计结果1.微尺度下土壤微生物时空分布格局2. 退耕还林生态系统土壤多养分循环的潜在驱动因素3.总结“根瘤菌-植物-环境互作机理与生态效应”科研团队通讯作者简介共同通讯作者简介猜你喜欢写在后面 主编按:焦硕博士早年发表的《SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研...

2018-11-01 08:13:21

阅读数:121

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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面 欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们! 本文“宏基因组”原创,更...

2018-10-31 09:26:35

阅读数:300

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SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究

作者简介:焦硕,博士毕业于西北农林科技大学,目前在北京大学做博士后。 文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005 主编按:此文于2016年发表于Soil Biology and Biochemistry (IF=4.926),文章思路清...

2018-10-31 08:56:48

阅读数:116

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宏基因组学习交流5群成立

欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们! 本文“宏基因组”原创,更多文章点我跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯...

2018-10-27 20:46:22

阅读数:332

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Nature综述:人类微生物培养以及培养组学(Culturing the human microbiota and culturomics)

本文译者Wenzday,校稿宏基因组 人类微生物培养以及培养组学 Culturing the human microbiota and culturomics Jean- Christophe Lagier1, Grégory Dubourg1, Matthieu Million1, Frédér...

2018-10-23 15:50:24

阅读数:224

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没有云平台,又不会代码?MicrobiomeAnalyst:一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具

文章目录简介文章简介主要功能模块16S多样性分析展示数据上传及格式要求数据完整性检查数据过滤数据标准化分析主界面可视化堆叠柱状图交互饼形图Alpha多样性Beta多样性核心微生物组热图聚类聚类树图相关分析模式搜索单变量分metagenomeSeqRNAseq方法LEfse分析随机森林功能预测结果导...

2018-10-23 15:44:11

阅读数:324

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Nature :全球表层土壤中微生物组的结构和功能

文章目录Structure and function of the global topsoil microbiome全球表层土微生物组群落结构和功能热心肠日报导读摘要正文**图1. 真菌和细菌多样性在纬度上呈现不同模式****图2. ARGs的全球相对丰度可以通过生物和非生物因素的组合来解释**...

2018-10-19 08:33:59

阅读数:347

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EggNOG功能注释数据库在线和本地使用

文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在...

2018-10-18 12:39:26

阅读数:310

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Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读

文章目录MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis分析实战0.下载肠道宏基因组数据1.read_qc质控和去宿主2. 组装3. kraken物种注释(可选)4. 三种方法Bin5.Bin提纯6...

2018-10-17 10:02:06

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南方科技大学环境学院夏雨教授博士后一名(环境微生物方向)

南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名(环境微生物方向) 团队介绍 夏雨,香港大学博士,南方科技大学环境科学与工程学院助理教授。 研究方向集中于:利用新一代测序技术与生物信息学大数据分析相结合的手段研究环境微生物群落组成和协同作用关系对(1)致病菌的环境分布以及抗生素抗性基因在环境中的迁移转...

2018-10-13 22:07:28

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Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库布置

文章目录简介工作原理优势功能模块软件安装数据库配置**CheckM数据库****KRAKEN数据库****NCBI_nt****NCBI物种信息****人类基因组bmt索引**设置数据库位置参数简介Reference猜你喜欢写在后面 简介 MetaWRAP这是一套强大的宏基因组分析流程,专注于宏基...

2018-10-13 19:49:03

阅读数:1832

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