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分子动力学模拟
文章平均质量分 59
卡吧熊
这个作者很懒,什么都没留下…
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lammps模拟——FCC晶体中的ISF,ESF,twin转变
ISF是晶体在生长或变形过程中,由于堆垛顺序发生错误而形成的局部层错。在FCC晶体中,正常的堆垛顺序是ABCABC...,而ISF则是这种顺序中的一个或多个层发生了偏移,如ABAB或ACAC等。如下图,ISF的形成相当于在正常堆垛顺序中抽出一个B层原子,所以又被称为抽出型参错。原创 2024-08-03 11:45:36 · 661 阅读 · 0 评论 -
atomsk建模——孪晶建模的记录
孪晶是指两部分晶体取向沿着一个对称面成镜面对称关系。Atomsk软件建立孪晶相对比较简单,只需要确定一个晶体取向即可,atomsk会自动镜像另一部分晶体。原创 2024-07-27 22:09:34 · 328 阅读 · 0 评论 -
lammps模拟——NiTi纳米压痕模拟出现黏附现象
金刚石压头则一般认为是刚体,所以在C-C间一般不施加无势函数,在本次模拟中也尝试了SiC的tersoff势和FeC的EAM势,但暂未发现C-C间势函数对模拟结果有明显影响,所以后文中模拟均未在C-C势中施加势函数。使用Morse势做纳米压痕发现基体和压头会出现黏附现象。常用的有Morse势和lj势。原创 2024-07-26 15:06:20 · 541 阅读 · 0 评论 -
lammps模拟——NiTi纳米压痕模拟PH曲线异常
所以划分牛顿层、恒温层、固定层时还按照初始基体模型的高来(原始模型高60埃米),就会导致有个别原子没有被包括进去,从而导致PH曲线表现异常。可以看到,我在原代码的基础上,将固定层、牛顿层的区域进行了扩大,尽可能的将原子包括进来,从而保证能够得到正确的PH曲线。将经过升温模拟的NiTi模型作为初始模型进行纳米压痕模拟,模拟结束后发现PH曲线异常,其中有个别数据点异常大,如下图。经过升温模拟后,原子排布不再是紧密规律的堆叠在一起,原子位置会有些移位。正常的PH曲线应该如下图。原创 2024-07-26 14:35:34 · 379 阅读 · 0 评论 -
atomsk建模——任意取向模型的注意点
例如用Atomsk建立[1-10] [11-2] [111]取向的NiTi模型,数时,沿给定 [hkl] 方向的最短晶格向量实际上是 1/2[hkl]。=5.2,而是2.6,得到的模型中Ti:Ni=4:2,明显不是我们想要的。需要注意的是,得到的原子坐标不能马上使用,因为使用merge命令的时候。时,沿 [hkl] 方向的周期减少到 1/2[hkl]。,所以此步骤目的是为了观察晶胞的原子分布,具体的原子坐标。[111]方向得到的尺寸并不是预期的3。但我们可以根据晶格的对称性推导出最小的晶胞。原创 2024-07-26 14:06:33 · 464 阅读 · 0 评论 -
atomsk建模入门案例
注意如何使用关键字“box”来指定简化坐标。该晶粒的取向为X=[111], Y=[112], Z=[110]#--------------使用mirror命令生成Al_cell晶体的镜像Al_mirror.xsf(沿着Y方向)-------------------------------#-------------例如,在200x200x200 Å3内生成一个包含12个晶粒的多晶:------------------------------------------原创 2024-07-25 16:10:26 · 591 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟——氮气建模(非金属体系)
1、打开“Materials Project”网站,首先点击“N”元素,进行搜索,显示结果在下面。本案例中已第一个结果为例,点击“mp-154”,这是一个具有立方结构的N2。大课题组的同学咨询怎么使用atomsk或者lammps建立氮气的模型,由于之前一直做的是金属体系的建模,没有设计过非金属体系建模。咨询老师得知,对于这种常见的气体建模,一般都能找到对应的CIF文件,这时就可以使用atomsk进行扩胞。对于非金属体系建模,MS明显比atomsk还有lammps更加适用。2、下载CIF文件,如图步骤操作。原创 2024-07-25 16:06:52 · 463 阅读 · 0 评论