star安装与使用

程序的使用，关注解压文件之后的/bin目录（此目录下会有你需要的可执行程序），以及doc目录，以及ReadMe文件。其实关注打开目录之后的文件就行啦

wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz

tar -xzf 2.5.3a.tar.gz

cd STAR-2.5.3a

ls

在展示的目录中，cd source

在此目录中执行命令   make STAR

20180328

1 出现问题了，问题：

error : unrecognized command line option "-std=c++11",类似的错误出现了相同的好几行

解决：

好像是c++版本过低，先module load gcc/4.8.2，再make STAR

2 在进行建索引的过程中出现问题了

genomeGenerate.cpp:167:genomeGenerate : exiting because of *OUTPUT FILE* error : could not create output file Star_Index/chrName.txt

Solution : check that the path exists and you have write permission for this file

解决：在当前目录中创建Star_Index目录

3 之后又出现问题了

可能是因为genome_frag.fa太大，要加--limitGenomeGenerateRAM a(a的值大于95156900565)

 

用的命令：

/storage/juntaosdu/razor-storage/juntaosdu/wangqi/Star/STAR-2.5.3a/source/STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir Star_Index --genomeFastaFiles /storage/juntaosdu/razor-storage/juntaosdu/wangqi/genome_frag_new_new.fa --limitGenomeGenerateRAM 100000000000

/storage/juntaosdu/razor-storage/juntaosdu/wangqi/Star/STAR-2.5.3a/source/STAR --outSAMstrandField intronMotif --runThreadN 10 --genomeDir  /storage/juntaosdu/wangqi/Star_Index --readFilesIn SRR307911_1_ne.fastq SRR307911_2_ne.fastq