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阅读笔记17:METAPHOR: Metabolic evaluation for mouse blastocysts and oocytes

体外受精的胚胎植入率和发育成功率较低,只有大约30%的胚胎能成功植入并发育到足月,导致需要多次移植周期。现有的评估方法主要使用明场成像,但这种方法提供的生理信息有限。归一化直方图和相位图提供了互补的表征方法,能够详细描述胚胎和卵母细胞的代谢指纹。通过结合这两种技术,研究人员可以获得关于生物样本代谢状态的全面信息,并利用这些信息通过机器学习方法进行有效的分类。这种方法的应用不仅提高了分析的精度,还增强了对复杂生物过程的理解。
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发布博客 2024.07.11 ·
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阅读笔记16:Metabolomic Profiling of Poor Ovarian Response Identifies Potential Predictive Biomarkers

研究表明,使用基于LC-MS的代谢组学方法能够明确地区分POR患者与对照组的代谢差异,尤其是在尼克酸和尼克酰胺代谢途径上的显著差异,为POR的补充预测和治疗提供了新的见解。
原创
发布博客 2024.04.18 ·
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阅读笔记15:The functional landscape of the human phosphoproteome

研究提供了一个系统的方法来评估磷酸化位点的功能重要性,并创建了一个资源,以支持对几乎所有细胞过程中涉及的蛋白质调控的研究。尽管存在一些局限性,如功能得分可能未能完全准确地反映所有调控性磷酸化位点的重要性,但该方法为未来的功能研究和潜在的临床应用提供了重要的工具和数据支持。
原创
发布博客 2024.04.18 ·
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阅读笔记14:A non-invasive artificial intelligence approach for the prediction of human blastocyst ploidy

STORK-A 显示出以非侵入性方式预测胚胎倍性的能力,并显示出作为标准化补充品的未来潜力。
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发布博客 2024.03.28 ·
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阅读笔记13:Metabolic patterns in porcine oocytes during maturation

研究背景优化的代谢控制是卵母细胞发育的前提条件。迄今为止,大量研究主要集中在卵母细胞对外源底物的利用上,而对于在减数分裂成熟过程中内在调控机制的了解则较少。研究目标本研究通过集成代谢组学和转录组学的并行分析,旨在描绘猪卵母细胞成熟过程中全局代谢模式的动态变化。研究内容在三个不同时间点分离猪卵母细胞,共同绘制成熟过程中代谢模式的全局图景。研究结果特别地,研究识别了猪卵母细胞减数分裂过程中的新代谢特征,例如胆汁酸的降低、活跃的碳单元代谢和核苷酸代谢的逐步下降。
原创
发布博客 2024.03.12 ·
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阅读笔记12:(全文翻译)Oocyte quality and aging

众所周知,由于卵子的质量和数量随年龄相关的变化,女性的生育能力在生命的第四个十年期间会降低;尽管今天尝试怀孕的女性年龄在36至44岁之间有了显著增加。生殖衰老的原因和这一现象的生理方面仍然是一个谜。随着女性年龄的增长,在辅助生殖技术(ART)中,我们观察到获取的卵子数量和质量以及卵巢滤泡储备显著下降。这是由于纺锤体装置中断、氧化应激和线粒体损伤等因素导致的非整倍体增加所致。本综述的目的是研究有关衰老过程影响卵子质量和女性生殖能力的潜在作用的数据。
原创
发布博客 2024.02.16 ·
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阅读笔记11:Multi-omic profiling of primary mouse neutrophils predicts a pattern of sex- and age-related

这个数据集代表了跨越性别和年龄的大型多组学中性粒细胞资源,并识别了可以针对以改善免疫反应的中性粒细胞特征,作为性别和/或年龄的功能。
原创
发布博客 2024.02.04 ·
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阅读笔记10:综述Metabolomics as a tool to identify biomarkers to predict and improve outcomes in ART

本系统综述的目的是检查代谢组学在女性生殖领域,特别是卵泡液(FF)、胚胎培养基(ECM)和子宫内膜液的代谢组学应用的最新发现。据我们所知,没有其他系统综述研究过这一主题。
原创
发布博客 2024.02.04 ·
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阅读笔记9:Increased GDF9 and BMP15 mRNA levels in cumulus granulosa cells

GDF9和BMP15 mRNA的表达水平与年龄、体质指数(BMI)、卵母细胞成熟、正常受精率和裂分率显著相关。高质量胚胎组的GDF9和BMP15 mRNA表达水平显著高于非高质量胚胎组。怀孕组的GDF9和BMP15 mRNA表达水平显著高于非怀孕组。GDF9和BMP15 mRNA的表达水平可作为预测怀孕的分子标记。
原创
发布博客 2024.02.04 ·
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阅读笔记8:Identifying biomarkers for predicting successful embryo implantation

提供了由’omics’方法在人类着床研究中取得的主要成就的完整总结,强调了它们在改善生殖结果的潜力,同时全面阐明了着床机制。尽管’omics’提供了大量的生物标志物信息,但我们仍然没有足够的证据将所有’omics’数据与着床结果联系起来。
原创
发布博客 2024.02.03 ·
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阅读笔记7:Molecular mechanisms of ovulation: co-ordination through the CC

本综述旨在探讨排卵过程中,从促性腺激素激增到卵母细胞释放这一系列事件中的分子机制,包括细胞内信号传导、基因调控和组织结构的重塑。
原创
发布博客 2024.02.02 ·
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阅读笔记6:Biomarkers Assessing the Role of Cumulus Cells on IVF Outcomes: A Systematic Review

共发现446项研究,其中42项符合资格。19项研究将CCs中的遗传和生化生物标志物与卵子质量相关联。19项研究将CCs中的遗传和生化生物标志物与胚胎质量相关联。22项研究评估了CCs中的遗传和生化生物标志物与临床结果的关系。发现卵子质量、胚胎质量和怀孕率与CCs中特定基因的mRNA表达增加有正相关。
原创
发布博客 2024.02.01 ·
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生信学习笔记1:学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据(从入门到掌握)

正交偏最小二乘法是PLS的一个变体,它增加了一个正交滤波器,用于去除预测变量和响应变量之间不相关的变异。OPLS的关键优势在于它能够区分预测变量中与响应变量相关和不相关的变异。通过这种分离,OPLS可以提供更清晰的模型,使解释和分析结果变得更加简单。
原创
发布博客 2024.01.31 ·
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阅读笔记5:Polyamine metabolite spermidine rejuvenates oocyte quality by enhancing mitophagy

探讨了精胺酸对老年小鼠卵子质量的具体影响及其潜在机制。研究首先指出代谢调节在卵巢发育中的重要性,并通过代谢组学分析揭示了精胺酸水平在老年小鼠中的显著下降。然后,通过补充实验验证了精胺酸对卵子质量的改善效果,并探讨了这一效果的剂量依赖性。最后,通过微转录组分析和相关实验探讨了精胺酸通过自噬和线粒体自噬改善卵子质量的机制。
原创
发布博客 2024.01.31 ·
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阅读笔记4:Metabolic co-dependence of the oocyte and cumulus cells: essential role in determining oocyte

在卵泡的滤泡腔内,卵母细胞依赖其周围的体细胞(即卵丘细胞)提供代谢支持。卵母细胞的发育能力(即卵母细胞的质量)与代谢紧密相关。过去十年里,科学家在理解卵母细胞-卵丘细胞复合体(COC)在滤泡生长和成熟的最后阶段的代谢过程方面取得了显著进展。某些代谢条件(如肥胖)或辅助生殖技术(如体外成熟,IVM)扰乱了COC的代谢,为代谢调控卵母细胞质量提供了洞见。
原创
发布博客 2024.01.30 ·
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阅读笔记3:Metabolic signatures in human follicular fluid identify lysophosphatidylcholine as a predictor

通过代谢组分析,本研究揭示了人类卵泡液中不同发育阶段的代谢特征,特别是突出了LPC的重要性。LPC在FF和血清中的浓度可能作为卵巢反应指标,提供有关FF中代谢物与生殖临床指标关系的新信息。
原创
发布博客 2024.01.29 ·
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阅读笔记2:Characterization of Metabolic Patterns in Mouse Oocytes during Meiotic Maturation

主要发现:发现了减数分裂成熟期间的代谢特征,如多不饱和脂肪酸(PUFAs)水平的下降和活跃的丝氨酸-甘氨酸-一碳(SGOC)代谢途径。通过功能性方法进一步识别了影响减数分裂成熟的关键目标,并证明了SGOC网络在成熟卵母细胞中对表观遗传标记的控制。研究意义:提供了关于卵母细胞成熟过程中代谢组和蛋白质组动态变化的广泛资源。
原创
发布博客 2024.01.29 ·
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阅读笔记1:Multi-omics reveal the metabolic patterns in mouse cumulus cells during oocyte maturation

研究背景:卵丘细胞和所包围的卵母细胞之间的双向通信对于两者的发展和功能至关重要。然而,卵丘细胞中的代谢框架尚未被系统性描述。研究方法:研究者从卵丘-卵母细胞复合体(COCs)中在三个关键时间点(停滞的GV阶段,hCG后0小时;减数分裂恢复GVBD阶段,hCG后3小时;以及第二减数分裂期,hCG后12小时)分离出卵丘细胞,并进行了时间性的代谢组和蛋白质组分析。主要发现:综合多组学分析揭示了小鼠卵母细胞成熟过程中卵丘细胞的全局代谢模式。
原创
发布博客 2024.01.29 ·
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如何写好一篇paper(秃头记)

参考来源:在期刊发表文章时,你一定用到的论文写法攻略最近在写paper,头秃。。。虽然也看了不少paper,也看了一些sci writing的课程,但是实际操作起来还是又感觉自己不能很好地讲理论用于实践哦于是决定先写一篇笔记,来重温一下理论写作框架和各部分要求:1. 论文标题:要简短,准确,没有歧义,并且通过title就给paper一个独有的个性来吸引读者,并且要包含这个study的主题。2.introduction:已知的是什么?未知的是什么?我们为什么要进行这个study?.
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发布博客 2021.06.29 ·
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2021 paper reading (一) Identification of Novel Astroviruses in Domestic Cats

之前已经在猫中发现了两种星状病毒,虽然缺乏明确的证据,但建议与肠炎有关。使用粪便样本中病毒核酸的宏基因组下一代测序,我们确定了两种新的猫星状病毒,称为猫星状病毒 3 和 4。1. Introduction2. Materials and Methods2.1. Ethics2.2. Sample Collection2.3. Viral Nucleic Acid and Total RNA Isolation and Sequencing2.4. Genome Assembly ..
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发布博客 2021.06.26 ·
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