【计算机视觉】openslide无root权限安装,或者Linux软件无root权限安装该怎么解决?

在医学图像中,通常使用数字扫描仪将病理图像存储到计算机上,即幻灯片的数字版本称为WSI(whole slide image)。因为WSI的分辨率比较大,常规处理方法通常无法完成对其进行处理,所以需要借助openslide库进行处理。

官方文档: https://openslide.org/api/python/#module-openslide

我们进行安装:

pip install openslide-python

但是会报错:

在这里插入图片描述
报错内容为:

ImportError: cannot import name '_convert' from partially initialized module 'openslide' (most likely due to a circular import) (/home/wangzk/workspace/sc_MTOP-master/openslide-python/openslide/__init__.py)

如果导入时发生报错,那一般是缺少依赖项。查阅网上的资料发现,大多数都是要求编译:

sudo apt install python-openslide

确实可以,但是,肯定会提示没有 libjpeg这个库包,于是在源码编译安装这个文件的时候又会提示 permission denied

在这里插入图片描述
网上的方法如下:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libtiff-dev
sudo apt-get install libglib2.0-dev
sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install libxgdk-pixbuf2.0-dev
sudo apt-get install libjpeg-devsudo apt-get install libpng-dev

我要是可以用sudo,还费这么大劲源码编译安装openslide干什么,直接sudo apt-get install openslide多好。

接下来的方法,我是亲测可以使用的:

安装OpenSlide C库。我们可以使用Conda或系统软件包管理器安装,也可以从源代码编译安装。

使用Conda安装:

conda install -c conda-forge openslide

在这里插入图片描述

conda install -c conda-forge openslide-python

在这里插入图片描述
完成以上步骤后,我们就可以在Conda环境中使用OpenSlide Python包了。请注意,OpenSlide Python包的导入方式为:

import openslide

在这里插入图片描述
显示为这样,并且不报错!

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