在医学图像中,通常使用数字扫描仪将病理图像存储到计算机上,即幻灯片的数字版本称为WSI(whole slide image)。因为WSI的分辨率比较大,常规处理方法通常无法完成对其进行处理,所以需要借助openslide库进行处理。
官方文档: https://openslide.org/api/python/#module-openslide
我们进行安装:
pip install openslide-python
但是会报错:

报错内容为:
ImportError: cannot import name '_convert' from partially initialized module 'openslide' (most likely due to a circular import) (/home/wangzk/workspace/sc_MTOP-master/openslide-python/openslide/__init__.py)
如果导入时发生报错,那一般是缺少依赖项。查阅网上的资料发现,大多数都是要求编译:
sudo apt install python-openslide
确实可以,但是,肯定会提示没有 libjpeg这个库包,于是在源码编译安装这个文件的时候又会提示 permission denied

网上的方法如下:
sudo apt-get update
sudo apt-get install libtiff-dev
sudo apt-get install libglib2.0-dev
sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install libxgdk-pixbuf2.0-dev
sudo apt-get install libjpeg-devsudo apt-get install libpng-dev
我要是可以用sudo,还费这么大劲源码编译安装openslide干什么,直接sudo apt-get install openslide多好。
接下来的方法,我是亲测可以使用的:
安装OpenSlide C库。我们可以使用Conda或系统软件包管理器安装,也可以从源代码编译安装。
使用Conda安装:
conda install -c conda-forge openslide

conda install -c conda-forge openslide-python

完成以上步骤后,我们就可以在Conda环境中使用OpenSlide Python包了。请注意,OpenSlide Python包的导入方式为:
import openslide

显示为这样,并且不报错!
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