之前构建的参考基因组默认参数是sjdbOverhang 100,我手里的测序文件是150的,查看了STAR开发人员的解答说是"very minute changes",出于严谨我还是选择了重新构建参考基因组。记一下时间
我使用的配置是100G内存,10线程
#PBS -l mem=100G
STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 10 --genomeDir /share2/pub/zhenggw/zhenggw/STAR_ref/ --genomeFastaFiles /share2/pub/zhenggw/zhenggw/STAR_ref/hg38/hg38.fa --sjdbGTFfile /share2/pub/zhenggw/zhenggw/STAR_ref/hg38/hg38.refGene.gtf --sjdbOverhang 149
半个小时结束了,还是很快的。