STAR构建参考基因组用时参考

Bioinfoer

已于 2022-07-25 15:56:50 修改

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文章标签： c语言

于 2022-07-25 15:45:35 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/xiaozheng1213/article/details/125976361

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之前构建的参考基因组默认参数是sjdbOverhang 100，我手里的测序文件是150的，查看了STAR开发人员的解答说是"very minute changes"，出于严谨我还是选择了重新构建参考基因组。记一下时间
我使用的配置是100G内存，10线程

#PBS -l mem=100G
STAR   --runMode genomeGenerate      --runThreadN 10   --genomeDir /share2/pub/zhenggw/zhenggw/STAR_ref/   --genomeFastaFiles /share2/pub/zhenggw/zhenggw/STAR_ref/hg38/hg38.fa      --sjdbGTFfile /share2/pub/zhenggw/zhenggw/STAR_ref/hg38/hg38.refGene.gtf  --sjdbOverhang    149

半个小时结束了，还是很快的。