使用 ggseg 对大脑分区统计结果进行可视化，如对皮层厚度差异T值进行可视化

已于 2022-11-01 09:12:44 修改
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分类专栏： 神经科学工具箱 脑科学核磁共振成像 脑网络的图论分析 文章标签： 人工智能 python 开发语言
于 2022-10-23 21:03:41 首次发布
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本文介绍了ggseg包在神经影像学中的应用，用于对大脑皮层厚度差异T值等统计结果进行可视化。讲解了ggseg的安装、默认分区模板的使用、如何可视化统计结果以及参数调节，并提及了ggsegExtra包用于扩展更多模板。

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使用 ggseg 进行可视化

下面介绍如何使用 ggseg 包对分区统计结果进行可视化的基本方法。
下面先看效果图
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统计显著性脑区显示
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一、ggseg介绍

ggseg 是ggsegmentation 的缩写。ggseg 包适用于那些需要轻松绘制结果或分段数据概述的人。在神经影像学中，我们经常进行分析，根据不同类型的分类图谱将大脑分割成不同的区域。首先，我们专注于来自流行软件 Freesurfer 的两个图谱，即 Desikan-Killany 皮质图谱 (dk) 和皮层下分割图谱 (aseg)。这两个分割图集自动运行在通过 Freesurfers recon-all 命令运行的任何结构 T1 加权 MRI 图像上，这是许多人拥有的数据。它可以为您提供每个 MRI 图像的区域平均值和图集中每个区域的厚度，您可以尽情地使用这些值进行分析。

二、基于脑区的分析方法

基于脑区的分析（Region-based 或 ROI-b

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使用ggseg进行大脑分区统计结果的可视化
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使用 ggsegExtra 对大脑分区统计结果进行可视化，如在Glasser360分区模板，Yeo2011模板，Schaefer分区模板上统计结果可视化
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
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<think>好的，用户询问的是FreeSurfer中recon-all命令里stats和aseg的用法和含义。首先，我需要回忆一下FreeSurfer的基本处理流程，recon-all是整个流程的核心命令，负责从结构MRI数据中重建大脑表面并生成各种统计信息。 接下来，需要明确aseg指的是什么。我记得aseg是自动分割的子皮层结构，全称应该是Automatic Subcortical Segmentation，它主要处理的是像海马、丘脑这样的深部灰质结构。这部分通常会生成一个体积统计文件，比如aseg.stats，里面包含各个子皮层区域的体积数据。 然后是stats部分，这里可能指的是recon-all在处理过程中生成的各种统计文件。除了aseg.stats，还有像lh.aparc.stats和rh.aparc.stats，这些是皮层区域的统计信息，比如厚度、面积等。用户可能想知道如何调用这些统计数据和它们的用途。 还要考虑用户的使用场景，可能是进行神经影像分析的研究人员或者学生，他们需要处理MRI数据并提取特定区域的统计信息。深层需求可能是如何利用这些统计结果进行后续分析，比如在研究中比较不同群体的脑区体积差异。 需要确认命令的具体用法，比如在recon-all的不同阶段，stats和aseg是在哪个步骤生成的。例如，aseg通常在-recon-all流程的早期阶段完成，而stats可能在皮层分割后生成。用户可能需要知道如何单独运行这些步骤，或者如何提取这些统计文件。 另外，可能需要提醒用户一些常见的参数或选项，比如使用-qcache生成曲面数据，或者如何指定输出目录。还要注意引用相关的文档，比如FreeSurfer的官方指南，确保信息的准确性。 最后，生成相关问题时要围绕aseg和stats的扩展应用，比如如何可视化这些结果，或者如何处理统计文件中的数据，确保问题对用户有进一步的帮助。</think>在FreeSurfer处理流程中，`recon-all`命令的`stats`和`aseg`模块主要用于生成皮层/皮层下结构的量化统计数据。以下是具体解析： ### 1. aseg（自动子皮层分割） - **功能**：自动分割海马、杏仁核、丘脑等40+个皮层下结构，生成： - 二值标签文件：`mri/aseg.mgz` - 体积统计表：`stats/aseg.stats` - **典型应用**： ```bash recon-all -s <subject_id> -autorecon1 -aseg # 单独运行aseg模块 ``` 输出包含各结构的体素数量、标准化体积（mm³）和百分比体积[^1] ### 2. stats（统计模块） - **组成**： - `aparc.stats`（基于Desikan-Killiany图谱的34个皮层区域） - `aparc.a2009s.stats`（Destrieux图谱的74个精细分区） - 包含厚度、曲率、表面积等形态学指标 - **数据格式**： ```text # ColHeaders StructName NumVert SurfArea GrayVol ThickAvg ThickStd... bankssts 1523 876.1 2104.5 2.76 0.31... ``` ### 3. 联合应用示例 通过`recon-all`完整流程后，可使用统计工具提取特定区域数据： ```bash asegstats2table -s subject1 subject2 --meas volume --tablefile subcortical_vol.csv aparcstats2table -s subject1 --hemi lh --meas thickness --parc aparc -t cortical_thickness.csv ```
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