使用 ggseg 对大脑分区统计结果进行可视化，如对皮层厚度差异T值进行可视化

已于 2022-11-01 09:12:44 修改
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分类专栏： 神经科学工具箱 脑科学核磁共振成像 脑网络的图论分析 文章标签： 人工智能 python 开发语言
于 2022-10-23 21:03:41 首次发布
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使用 ggseg 进行可视化

下面介绍如何使用 ggseg 包对分区统计结果进行可视化的基本方法。
下面先看效果图
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统计显著性脑区显示
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一、ggseg介绍

ggseg 是ggsegmentation 的缩写。ggseg 包适用于那些需要轻松绘制结果或分段数据概述的人。在神经影像学中，我们经常进行分析，根据不同类型的分类图谱将大脑分割成不同的区域。首先，我们专注于来自流行软件 Freesurfer 的两个图谱，即 Desikan-Killany 皮质图谱 (dk) 和皮层下分割图谱 (aseg)。这两个分割图集自动运行在通过 Freesurfers recon-all 命令运行的任何结构 T1 加权 MRI 图像上，这是许多人拥有的数据。它可以为您提供每个 MRI 图像的区域平均值和图集中每个区域的厚度，您可以尽情地使用这些值进行分析。

二、基于脑区的分析方法

基于脑区的分析（Region-based 或 ROI-based analysis）指的是分析中的最小单位是脑区。比如，FreeSurfer 的 recon-all 流程默认会输出 Desikan-Killiany atlas (DK 68). 68 个脑区的平均皮层厚度，这 68 个 脑区划分的依据是 DK 分区模板。如果我们根据这 68 个脑区的皮层厚度进行后续分析，那么这就是一个基于脑区的分析思路，因为最小分析单位是脑区

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使用 ggsegExtra 对大脑分区统计结果进行可视化，如在Glasser360分区模板，Yeo2011模板，Schaefer分区模板上统计结果可视化
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
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