RNAseq数据分析--第5-7课

最新推荐文章于 2024-05-23 09:39:52 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 数据挖掘
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RNAseq有无参考序列的差别

  • RNAseq分析流程图
    11
  • RNAseq分类
  • RNA比对回到基因上，最好是同一个个体，因为可能存在个体差异，一个人中存在而在参考基因组上不存在，那就没办法比对回去。由于个体是非常难得到的，所以选择参考基因组。但如果某物种未存在参考基因组，那就只能用RNAseq Denovo
    22
  • 有无参考序列的差别
  • 基因融合是通过不同染色体的外显子组合成为新的转录本
    55

真核RNAseq和原核RNAseq的差别

  • 原核生物基因组特点
    原核生物
  • 原核生物的基因结构
    原核生物基因结构
  • 真核生物基因结构
    真核生物基因
  • 原核特点
    原核特点

参考序列的下载

  • 参考序列要求
    要求
    44

GTF和BED文件格式

  • GTF(制表符分隔)
  • bed文件能够获取一个转录本多个外显子的起始位置
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高通量测序数据分析：RNA-seq
qq_41134363的博客
06-20 2万+
深度测序相关数据库与数据格式 SRA toolkit 一、NCBI 和EBI、DDBJ组成INSDC，数据内容相同所以找NCBI就行。 （一）NCBI常用数据库 GenBank：遗传序列数据库，收集了所有公开的DNA序列及其注释 GEO (Gene Expression Omnibus) ：收集整理各种表达芯片数据，后来加入了甲基化、lncRNA、miRNA、CNV等其他芯片，还有高通量测序数据...
转录组系列——RNA-seq数据分析软件的安装
weixin_44560756的博客
12-01 3209
如果有人看，请跳过纯吐槽：最近脑子比较乱，忙的还不是自己喜欢做的东西，还发生了一些事，所以比较丧。之前还给老板保证了若这一年做不出成果就不毕业了，现在想想，只想对自己呵呵。数据还没挖出来，坑倒先挖了一个。反思一下，还是自己太急于求成，对数据理解的不够深，只会跑跑流程，嗯，那就重头来过吧。顺便治治拖延症了，先给自己立个flag：周更！ 环境准备 我的是Mac，自带Unix环境。用Mac终端神器hom...
RNA-seq数据分析
yiyaaaaaaaa的博客
03-02 7538
一、数据收集 1.NCBI GEO数据库收集相关RNA-seq数据 样本信息以及引用文献可以点击对应链接查看 2.SRA Run Selector 查看数据单双端类型（SINGLE or PAIRED)及分组信息 可以点击Accession List下载对应的SRR_Acc_List.txt 二、RNA-seq 处理流程 使用HISAT, StringTie and Ballgown处理流程 <一>下载并解压SRA文件 1.根据下载的SRR_Acc_List.txt下载原始sra文件至SRR
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
RNA-seq数据分析相关
weixin_40740750的博客
02-19 904
mRNA-seq数据分析
RNA-seq数据分析实用方法(2015)
10-11
RNA-seq数据分析实用方法，包含了RNA-seq数据分析的各个方面。
Zika-RNAseq-Pipeline：开放的RNA-Seq数据分析管道教程，其中包含最近处理Zika病毒研究中的数据的示例
02-04
一个开放的RNA-Seq数据分析管道教程，其中包含最近处理Zika病毒研究[第1版； 裁判员：2批准]。 F1000研究2016，5 ：1574（doi： ） 浏览笔记本 要查看具有更丰富显示效果的IPython笔记本，请单击 交互式运行RNA-seq...
matlab匹配滤波代码-Tabula-Muris-Processing-single-cell-RNAseq:用于处理和分析单细胞RNAse
05-24
用于处理和分析单细胞RNAseq数据的管道 我们分析的关键步骤如下。 另请参见有关其他在线分析的手稿。 有关技术细节，请联系Tianyuan Lu（）或Jessica C. Mar博士（）。 前处理 原始计数数据可从的Tabula Muris研究中...
Python库 | toil_rnaseq-3.3.0a1.dev127-py2.7.egg
02-21
`toil_rnaseq` 是一个基于Python的开源库，专为RNA-seq（RNA测序）数据分析设计。这个库是`Toil`工作流管理系统的一个组件，用于处理大规模生物信息学任务。`Toil`是加利福尼亚大学圣克鲁兹分校生物信息学研究组开发...
RNA-seq数据上游分析流程（从原始数据开始）
热门推荐
weixin_40640700的博客
03-25 2万+
数据分析的基本思路 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种类型，以及每种类型有多少个样本） （2）对芯片数据进行质量控制评价及处理（如果质量差的话，每个样本都应该处理）， 可以用软件Fastqc+Trimmomatic配合使用,也可以用其它软件替换 （3）用TopHat2 + Cufflinks+Hisat系列软件进.
RNA-seq数据分析_未完成
Rys_Ben_Blogs
02-06 366
RNA-seq分析流程
RNA-seq 分析流程 —— 概述
dxs18459111694的博客
05-23 1714
接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seqshort-readlong-read而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法
不同转录组测序方法总结
linkequa的博客
01-03 1万+
1，有参与无参的区别 有参和无参指的是有无参考基因组，对于没有参考基因组的物种，采用如下的处理方法： 无参考基因组的真核生物转录组项目使用Illumina测序平台，获得测序原始数据后，首先进行质控拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、SNP、SSR标记开发等分析。在此基础上，也可以进行多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等，用于发现功能基因，为下一步研究提供方向。 2，globin去除与否 珠蛋白（globin）是一类能够通过铁卟啉环可逆性结合氧的呼吸性蛋白质，广泛存在于细菌、真菌、植物.
转录组测序（RNA-seq）的数据如何分析？
weixin_55372631的博客
04-03 1万+
经过富集分析后，我们就可以从富集到的GO term或者Pathway中寻找关键基因，通过一个GO term和Pathway里面的基因往往小于100个，至此我们就又将上千条基因的范围缩小到了100条以内。对GO term或者Pathway里面的基因进行范围的缩小也有两个方法，一种方法是根据基因的注释或者文献来找到GO term或者Pathway里面的关键基因（2-3个），另一种方法需要有相应的表型数据，与GO term或者Pathway里面基因进行相关性分析，找出与表型高度相关的基因。
RNAseq分析全过程
weixin_73362123的博客
11-24 3479
本次实操数据来自下面的文章，是量化环境葡萄糖对转录组的影响，比较低糖和高糖环境下胰岛转录组的变化，胰岛来源小鼠。
RNA-seq数据分析（分析策略，比对，转录组组装，转录本定量）
weixin_43927366的博客
03-13 4222
分析策略通过综合分析RNA-seq分析流程中不同步骤的工具性能发现不同的分析工具和方法对分析结果的准确度和分析时间影响巨大。HISAT2表现出最快的速度和最准确的拼接比对，但是没有STAR的敏感度高。StringTie在速度和准确度上都优于Cufflinks。长读段方法如IDP和Iso-Seq会识别许多短读段技术没有识别到的多外显子转录本，但是会丢失一些单外显子转录本。通常，在从头组装工具中，Oases表现最佳。不经过比对的工具如和kallisto。
RNA-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
11-03 1万+
文章目录RNA-seq 数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引reads的比对情况统计计数 counts差异基因分析 RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 可以安装 conda,在后续其他软件安装时非常好用。可自行百度进行安装 可根据文献调研，转录组数据分析所需软件列表： 质控 fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt
原始文库数据分析
bio_meimei的博客
07-03 1360
文章目录clean data解压使用工具trinity，从头组装 clean data解压 测序公司给出的数据都是clean data，所以可以直接进行解压 gunzip *.gz 解压之后进行组装 使用工具trinity，从头组装 使用Trinity之前需要安装bowtie2和salmon最新版本， bowtie2安装： sudo apt install bowtie2 salmon安装： ...
RNAseq数据分析--RNA-Seq数据质控
xjw的博客
12-29 3898
目录RNA-seq数据质控测序数据处理RNAseq测序FAQ RNA-seq数据质控 在数据分析之前，需要对数据质量控制 数据质控指标 碱基含量分布（应该满足碱基互补配对） 碱基质量分布 质量值>=Q20 : 好碱基 质量值<Q20: 坏碱基 测序质量软件 测序数据处理 adapter接头 去除N碱基过多的reads 去除低质量 如下图所示，低于20的值转为0；高于20的值转为1；计算0的个数占比高于30%，那么去掉该reads 数据过滤，注意是pair
rnaseq数据分析R语言
最新发布
05-30
而R语言是一种广泛应用于数据分析和统计建模的编程语言，因其强大的统计分析能力和丰富的数据可视化功能而被广泛使用。在RNA-Seq数据分析中，R语言可以帮助我们进行数据清洗、差异表达分析、通路分析等操作。以下是...
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