如何下载生物数据(二):利用ftp下载参考基因组

本文介绍了如何使用FTP协议下载生物数据,特别是从NCBI下载人全基因组参考序列和gff文件。推荐使用FileZilla作为FTP工具,详细步骤包括添加FTP地址、浏览目录和拖拽文件到本地。注意NCBI的目录结构可能变动,需确认下载版本。
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前面我们介绍了如何进行生物数据的检索,当得到了数据的下载地址之后,接下来就可以开始下载了,那么下载数据的方式有很多种,最常用的就是使用浏览器进行下载,不过浏览器使用的是http(s)协议,下载速度慢,而且如果突然中断,断点续传也比较麻烦,这次我们介绍更好用的ftp协议下载方式。

FTP下载
FTP 是File Transfer Protocol(文件传输协议)的英文简称,相比于http协议,更加稳定,传输速度也更快。
很多网站提供ftp协议的数据下载。

#例如ncbi的ftp地址为:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/
#embl的ftp地址为:
ftp://ftp.ensembl.org/pub/
访问ftp服务器需要四个元素。

ftp的地址,

用户名和密码,可以匿名访问,Anonymous,也就是数据是公开的,不需要要填写。

端口号,ftp默认端口号是21,一般也不用填写;

连接工具,有很多工具,这里面我们使用filezilla作为演示。

其实ftp的地址是可以直接通过浏览器或者资源管理器进行访问的。通过浏览器访问非常不方便,不能直接下载整个文件夹,而且不能断点续传。
通过windows系统的资源管理器,也可以访问,那么就是这种文件夹的形式,这个看起来比较工整,可以直接拖拽文件夹,但是访问速度比较忙。

第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍...........................................................................................................1 1.1 远程登陆...................................................................................................................................1 1.2 文件的复制、删除和移动命令................................................................................................7 1.3 目录的创建、删除及更改目录命令........................................................................................9 1.4 文本查看命令.........................................................................................................................11 1.5 文本处理命令.........................................................................................................................13 1.6 改变文件或目录的权限命令..................................................................................................16 1.7 备份与压缩命令.....................................................................................................................18 1.8 磁盘及系统管理.....................................................................................................................20 1.9 软件安装简介.........................................................................................................................22 1.10 其他......................................................................................................................................23 第2 章 数据的基本处理........................................................................................................................25 2.1 测序原理介绍..........................................................................................................................25 2.2 峰图转化 Phred ......................................................................................................................27 2.3 Phd2Fasta ...............................................................................................................................32 2.4 载体屏蔽 cross_match ........
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