生物信息百Jia软件（十八）：spades

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通哥点评
SPAdes序列拼接软件是序列拼接软件中的后起之秀，拼接效果很不错，目前很多拼接软件已经都不在更新了，而spades却持续进行更新。该软件使用非常简单，并且支持多种数据格式，还支持混合拼接，使用起来非常方便。对于小基因组拼接有很好的拼接效果，不过经过更新，目前对于大基因组，甚至多倍体的基因组也有不错的效果。

一、功能分类：
序列拼接

二、软件官网：
http://bioinf.spbau.ru/spades
https://github.com/ablab/spades

三、软件介绍:
SPAdes是一款非常好用的软件，而且该软件不仅支持illumina测序数据，而且还可以用于Ion Torrent测序数据，PacBio测序数据、sanger数据，Nanopore。并且可以加入其它序列拼接结果，作为辅助。使用简单，非常适合用于混合组装来改善拼接效果。软件使用起来也并不难。因为之前对于Ion Torrent测序数据并没有官网软件，这里经过测试，发现SPAdes非常适合Ion Torrent数据的拼接。而且，SPAdes还可以用于二倍体杂合基因组的拼接。

四、下载安装：
git clone https://github.com/ablab/spades.git