命令行整理

提取fastq文件中的一部分序列来进行测试：

zcat ERR022075pe.fasta.gz | head ­1500000 > subset.fasta

The gene models in GTF format，我们现在只想要二号染色体的相关信息：

cat genes.gtf | grep “^chr2” > genes-chromosome2.gtf

统计fastq reads的碱基数目：

cat test.fastq | paste - - - - | cut -f 2 | tr -d '\n' | wc -c 

统计fasta文件中序列的条数：

awk '/>/ { count++ } END { print count }' test.fasta

方法二：

cat test.fasta | grep ">" | wc -l