blast+本地化报错:BLAST options error:File swissprot does not exist

1.首先下载安装ncbi-blast(最新版本)

下载地址:Index of /blast/executables/blast+/LATEST

按照提示安装即可

2.下载比对数据库:

下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

如果一开始进去失败:先进入https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/然后依次选择blast以及db即可

3.swissprot库本地化

因为nr库太大,下载时间长,这里我选择使用swissprot库。一开始我是直接在2的地址下下载了swissprot.tar.gz然后将其解压得到swissprot数据文件放到了blast的bin目录里

4.报错:BLAST options error

做成本地数据库时先win+R,输入cmd,再切换到blast的bin目录下执行指令:makeblastdb -in swissprot -dbtype prot -title "swissprot" -out swissprot

结果不出意外的话就要出意外了,得到了如下报错:

明明库已经下载了并且就在bin目录里,为什么说它不存在?我也不懂,直到我看了别人的指路文章,发现别人库的压缩包比我少了tar,我下载的是swissprot.tar.gz ,她们的是swissprot.gz,虽然不太懂区别在哪,但我决定试试swissprot.gz形式的,于是回到第3步,我们在介里选择FASTA/https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/icon-default.png?t=N7T8https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

然后dddd(懂得都懂):

5.重新本地化swissprot库

还是像3步骤里说的一样,解压后放在相应目录下

可以明显发现只有一个数据文件,然后像4步骤一样,最后执行:makeblastdb -in swissprot -dbtype prot -title "swissprot" -out swissprot    大功告成!!!

执行完成之后,会发现文件夹里多了一些数据文件:

为了验证swissprot.tar.gz、swissprot.gz有啥不同,(毕竟它们数据文件大小有差异),我试着把pdbaa.tar.gz解压后的数据文件与pdbaa.gz解压并本地化后生成的数据文件进行覆盖操作,最后得到如下结果:(35M是pdbaa.gz的大小,104M是pdbaa.tar.gz大小)

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