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育种数据分析之放飞自我
个人公众号:育种数据分析之放飞自我
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模型中AIC和BIC以及loglikelihood的关系
asreml中,用于比较模型的LRT检验,会给出P值,但是这只能表示两个模型达到显著与否,而不能表示哪个模型优秀。常用的参数有AIC,BIC,loglikelihood,本篇介绍一下这几个参数的含义,以及是如何计算的1. AIC的解释赤池信息准则(Akaike Information Criterion,AIC)AIC是衡量统计模型拟合优良性的一种标准,由日本统计学家赤池弘次在1974年提出,它建立在熵的概念上,提供了权衡估计模型复杂度和拟合数据优良性的标准。通常情况下,AIC定义为:AIC=−2原创 2022-01-20 08:47:29 · 9782 阅读 · 1 评论 -
GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵(kinship矩阵)
GRM矩阵,全称:genetic relationship matrix (GRM)。GCTA计算GRM有两种方法默认的Yang,–make-grm-alg 0Van的方法:–make-grm-alg 1GCTA计算GRM有两种形式默认的二进制形式:–make-grm,或者 --make-grm-bin文本格式(三元组):–make-grm-gz1. GCTA计算GRM:二进制下面这两个命令,是等价的。--make-grmor--make-grm-binEstimate原创 2022-01-17 18:58:49 · 3948 阅读 · 0 评论 -
GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示
本篇,用书籍中的数据和结论,用R语言的一般线性模型和混合线性模型,做一下一年多点的联合方差分析的演示。1. 参考书籍《农业试验设计与统计分析》这本书是压箱底的好书,里面是用最原始的方式(公式推导和分解)介绍农业试验设计与统计分析相关的知识点,这次使用第九章 多点试验结果的联合分析,第一节,一年多点随机区组试验结果的分析的数据,作为演示。2. 什么是联合方差分析联合方差分析是一个比较内行的、比较封闭的、也可以说是比较专业的称谓,它主要应用于农业多点试验,用来评价品种的平均表现、对环境变化的反应特点以原创 2021-12-14 21:47:30 · 1390 阅读 · 0 评论 -
GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值
本节,介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型,定义残差异质,计算最佳线性无偏估计(blue)1. 试验数据数据来源: Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017.数据及代码下载,请关注公众号:育种数据分析之放飞自我,进入知识星球进行相关下载和学习该数据有62个重组自交系(R原创 2021-12-13 20:27:42 · 679 阅读 · 0 评论 -
GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值
本节,介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue)1. 试验数据数据来源: Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017.数据及代码下载,请关注公众号:育种数据分析之放飞自我,进入知识星球进行相关下载和学习该数据有62个重组自交系(RIL),在4个地点原创 2021-12-12 10:12:00 · 1992 阅读 · 0 评论 -
GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans)
本节,介绍如何使用R语言的lm拟合一般线性模型,计算最小二乘均值(lsmeans)1. 试验数据数据来源: Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017.数据及代码下载,请关注公众号:育种数据分析之放飞自我,进入知识星球进行相关下载和学习该数据有62个重组自交系(RIL),在4个地点进行原创 2021-12-12 10:11:39 · 2397 阅读 · 0 评论 -
育种 | 遗传相关--数据代码演示
一些育种的基本概念,需要看教科书理解一下。这次我读起教科书,用实际数据演示一下如何计算遗传相关及显著性。参考书:Raphael A.Mrode编著,于向春 张豪 主译《线性模型在动物育种值预测中的应用》 第三版陈国宏, 张勤. 动物遗传原理与育种方法[M]. 中国农业出版社, 2009.1. 多性状模型为何更优在育种过程中,经常对多个性状进行选择,这些性状可能有遗传相关。2. 遗传相关的原因3. 如何计算遗传相关及显著性5. show me the code...原创 2021-06-18 21:35:21 · 2187 阅读 · 1 评论 -
lme4包中的lmer函数语法介绍
1. 模型解释lmer常用模型公式如下:mod= lmer(data = , formula = y ~ Fixed_Factor + (Random_intercept + Random_Slope | Random_Factor))data,为数据集y,为观测值,所要分析的性状,因变量Fixed_Factor,为固定因子()内为随机因子Random_intercept,为随机截距,即认为不同群体因变量的分布不同(通俗的解释:有的人生下来起点高,是富二代,有的人是一般群众,起点低)R原创 2021-05-12 20:47:29 · 12789 阅读 · 1 评论 -
如何计算环境遗传相关 | 育种中的基因与环境互作
基因与环境互作1. 环境参考:http://www.isbreeding.net/common/UploadFiles/file/teaching/%E6%95%B0%E9%87%8F%E9%81%97%E4%BC%A0%E6%95%99%E5%AD%A62013/Ch7.pdf宏环境Macro-environment环境 (Environment): 环境定义为影响一个基因型表现的一组非遗传因素。非生物因素, 如土壤的物理和化学特性、气候因子(如光照,降雨量和温度)等生物因素, 包含原创 2021-05-10 22:07:22 · 1822 阅读 · 0 评论 -
遇到bug不要慌,都是小场面。
1. 澄清今天早上准备跑步,看到外面雾蒙蒙的,好像是下雨了。也只是好像下雨了,不一定真下呢,毕竟眼见不一定为实,一定要亲身实践,小马过河才可以。所谓不淋雨不知道雨是真实的,不挨揍不知道铁拳的味道,等到下楼雨滴滴到脸上头上的那一刻,我就怂了,上去,这天还去跑步就是一个铁憨憨!所以,澄清:不是不跑步,而是没有跑步的条件,把怂说成敬业是职场老油条的典型标志,...原创 2020-11-17 12:11:34 · 440 阅读 · 0 评论 -
Error in data.table data vv lapply vv functionx eval parse text = x
asrmel4r报错截图:Error in `[.data.table`(data, , `:=`((vv), lapply(vv, function(x) eval(parse(text = x), : Supplied 10023 items to be assigned to 1084 items of column 'ainv'. If you wish to 'recycle'...原创 2020-05-18 18:48:14 · 842 阅读 · 0 评论